電腦工具給予更好的洞察力在演變
什麼使一個人與黑猩猩不同? 研究員從歐洲分子生物學Laboratory’s 歐洲Bioinformatics 學院[ EMBL-EBI ] 來了一個重要步驟離正確地答復這樣演變問題較近。在科學的現期雜誌他們揭露系統的錯誤在比較另外種類基因順序得知他們的演變關係的現有的方法。他們存在避免這些錯誤和提供準確洞察入DNA 和蛋白質順序的演變的一個新建計算工具。結果質詢我們的瞭解對怎樣演變發生並且建議, 順序銷售量比被假設公用。
“Evolution 那麼慢慢地發生, 我們無法學習它由簡單觀看它。That’s 為什麼我們得知關係在種類和演變之間路線和結構由比較基因順序, ” 組領導說Nick ・Goldman, 在EMBL-EBI 。
構成所有生存事DNA 的四份信函編碼更改隨時間; 例如單個或幾封信可能不正確地被複製[ 替換件], 丟失[ 刪除] 或被獲取[ 插入] 。這樣更改可能導致功能和結構變化在基因和蛋白質裡和最後新建種類的形成。重建這些變化活動的歷史記錄顯露演變路線。
多個順序比較開始以他們的對準線。字符用共享共同的祖先被符合的不同的順序並且字符收益和損失被標記作為空白。因為這個程式計算上是重的, 多對準線累進經常被建立從幾pairwise 對準線。它是不可能的, 然而, 判斷如果長度差額在二個順序之間是一個刪除在一個或插入在另一順序。為多個順序的正確對準線, 區別在這兩個活動之間是關鍵的。現有的方法, 那失敗做那, 導致對演變路線的有缺陷的瞭解。
“Our 新建方法避過這些錯誤由考慮到什麼我們已經知道演變關係, ” L5oytynoja 說Ari, 發展工具在Goldman’s 實驗室。“Say 我們比較人DNA 並且黑猩猩和can’t 告訴如果刪除或插入發生了。解決這個我們的工具自動祈求關於對應的順序的資訊在緊密地相關的種類, 譬如大猩猩或短尾猿。如果他們和黑猩猩一樣顯示空白, 這建議插入在humans.”
研究結果達到以新建技術建議, 插入比被假設公用, 當刪除頻率由現有的方法過高估計了。其它技術這些系統的錯誤的一個可能的原因是, 他們原始被開發了為結構符合蛋白質順序。分子生物學焦點轉移, 然而, 和瞭解功能變化在染色體上要求考慮sequences’ 特定的設計方法; 歷史記錄。這樣途徑將顯露進一步臭蟲在對演變的我們的瞭解今後, 可能也許質詢順序演變的常規照片。