Bioinformatics, 協議, DNA 核糖核酸蛋白質Proteomics
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蛋白質本地化重要因為蛋白質功能也許地方化對特定面積在電池裡面或在蜂窩電話細胞器之內。這些bioinformatic 程式和資料庫包含資訊和能預言何處蛋白質也許地方化根據了信號順序或本地化順序被包含在蛋白質之內。也參見我們的連結目錄- 類別 蛋白質亞細胞本地化Bioinformatic 工具
有趣的蛋白質本地化紙: 預言的蛋白質亞細胞本地化: 通過, 存在, 和遠期。
細菌(Prokaryotes - Gram-positive 和負)
也參見我們的連結目錄- 類別 蛋白質亞細胞本地化
ESLPred (Bhasin 和Raghava 2004) 用途支持傳染媒介設備和PSI-BLAST 分配eukaryotic 蛋白質到中堅力量、mitochondrion 、細胞質, 或細胞外空間。
亞細胞 本地化預言LOCHom 資料庫根據順序同源。 當前預言蛋白質的亞細胞本地化從以下資料庫: SWISS-PROT 蛋白質、Arabidopsis thaliana (工廠), Caenorhabditis elegans (蠕蟲), 果蠅melanogaster (飛行), Mus musculus (滑鼠), 和Homosapiens (人的) 亞細胞蛋白質本地化資料庫。
HSLpred (Bhasin 等2005) 是運用支持傳染媒介設備和PSI-BLAST 生成預言為4 個本地化站點為人的蛋白質的本地化預言工具。
LOCSVMPSI (Xie 等2005 年, NAR 在按裡) 是合併演變資訊其預言的一個eukaryotic 本地化預言方法。方法使用PSI-BLAST 和支持傳染媒介設備生成預言為12 個本地化站點。
被預言的 亞細胞本地化LOC3d 資料庫為eukaryotic PDB 鏈子。亞細胞本地化當前被預言運用�&個不同的方法: predictNLS (核本地化信號), LOChom (使用同源), LOCkey (使用關鍵字) 並且LOC3d (神經網路基於的預言) 。被報告的本地化根據預言指定的蛋白質本地化有最高的信心的方法。
LOCtree (Nair 和Rost 2005) 。LOCtree 是一個eukaryotic 和prokaryotic 本地化預言工具可利用在立方體站點。本地化預言資料庫由CUBIC's 伺服器做是還可利用的和下述。
NucPred (Heddad 等2004) 使用核本地化信號出現被辨認通過一個基因編程的算法作為其分類方法的基本類型。
Predotar 被設計預言線粒體和plastid 出現瞄準peptides 在工廠順序。
predictNLS (Cokol 等2000) 使用核本地化信號主題預言是否蛋白質也許地方化對中堅力量
PSLT (史考特·等2004) 是預言人的蛋白質本地化根據motif/domain co 出現時間的一個貝葉斯network-based 方法。工具不線上可以得到, 然而其預言為9793 人的蛋白質在SWISS-PROT 是可利用的為下載從PSLT 站點。
pSLIP (Sarda 等2005) 用途支持傳染媒介設備和氨基酸多個physiochemical 屬性分配eukaryotic 蛋白質到六個本地化站點的當中一個。
Proteome 分析員的亞細胞本地化伺服器 (Lu 等2004) 這臺專業伺服器可利用在便士Proteome 分析員站點能分類Gram-negative, Gram-positive, 真菌、植物和動物蛋白質對許多本地化站點。預言資料庫是還可利用的和下述。
pTARGET (Guda 和Subramaniam 2005) 使用氨基酸構成和本地化特定Pfam 域分配eukaryotic 蛋白質到九個本地化站點的當中一個。
蛋白質漫遊者 (Boden 和Hawkins 2005) 像分泌分類eukaryotic 瞄準的信號, mitochondrion, 葉綠體或其他。
SecretomeP (Bendtsen 等2004) 預言被藏匿通過一個非傳統的分泌結構的eukaryotic 蛋白質。
SignalP (Bendtsen 等2004) 預言傳統N 終端信號peptides 在prokaryotic 和eukaryotic 蛋白質裡。
SubLoc (華和太陽2001) 用途支持傳染媒介設備分配prokaryotic 蛋白質到細胞質, periplasmic, 或細胞外站點, 和eukaryotic 蛋白質到細胞質, 線粒體, 核, 或細胞外站點。SubLoc 的一個被修改的版本使用在PSORT-B v.1.1 區分細胞質和非細胞質蛋白質。
TargetP (Emanuelsson 等2000) 預言信號peptides 、葉綠體運輸peptides 、和線粒體瞄準的peptides 為植物蛋白, 和信號peptides 和線粒體瞄準的peptides 出現出現為eukaryotic 蛋白質。
位於 是a curated 安置資料描述蛋白質膜組織和亞細胞本地化從RIKEN FANTOM3 滑鼠蛋白質順序集的資料庫。膜組織由高生產量, 計算管道通知單預言。亞細胞地點由手工覆核確定了由高生產量, 基於螢光免疫檢驗法的檢驗和同輩被覆核的發行。
亞細胞 本地化預言LOCHom 資料庫根據順序同源。 當前預言蛋白質的亞細胞本地化從以下Arabidopsis thaliana (工廠) 。
PSORT 工廠順序蛋白質亞細胞本地化資料庫為工廠。
Arabidopsis 亞細胞Proteomic 資料庫(SUBA)
工廠特定資料庫搜索由Gene Family
PSORT PSLpred (Bhasin 等2005) 是運用支持傳染媒介設備和PSI-BLAST 生成預言為5 個本地化站點為Gram-negative 細菌的本地化預言工具。
LOCtree (Nair 和Rost 2005) 。LOCtree 是一個eukaryotic 和prokaryotic 本地化預言工具可利用在立方體站點。本地化預言資料庫由CUBIC's 伺服器做是還可利用的和下述。
大提琴 (于·等2004) 用途支持傳染媒介設備根據n peptide 構成分配Gram-negative 蛋白質到細胞質、內在膜、periplasm 、外面膜或細胞外空間。
SubLoc (華和太陽2001) 用途支持傳染媒介設備分配prokaryotic 蛋白質到細胞質, periplasmic, 或細胞外站點, 和eukaryotic 蛋白質到細胞質, 線粒體, 核, 或細胞外站點。SubLoc 的一個被修改的版本使用在PSORT-B v.1.1 區分細胞質和非細胞質蛋白質。
SignalP (Bendtsen 等2004) 預言傳統N 終端信號peptides 在prokaryotic 和eukaryotic 蛋白質裡。
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