Bioinformatic工具能預測蛋白質的結構在2維數(第2)或三維數(三維)。 這可能不是蛋白質，然而它是預測酶口袋的一個好起點和蛋白質蛋白質交往域的實際結構的一個實際表示。 使用X-射線結晶學技術，在預測以後，蛋白質結構的確認可以做。
(為第2個預測請參見我們的蛋白質構建預測Bioinformatic工具數據庫;
并且蛋白質結構預測Bioinformatic用工具加工三維預測的數據庫。; 并且我們的檢索蛋白質結構數據的數據庫從三維的數據庫。
實驗數據在預測蛋白質結構可以被用於幫助。 下列是在蛋白質結構分析可能幫助的實驗：
-二硫鍵的本地化(提供嚴密的克制在半胱氨酸的地點在空間的)
-可能產生提示向二級結構結構的您的蛋白質利益的分光學數據
-站點可能給予重要洞察力殘滓是重要的在酵素或蛋白質蛋白質配合的束縛位置或者域的有效的站點的處理的突變形成實驗， (替代胺基代丙酸丙氨酸用多種氨基酸然後檢查蛋白質的功能)。
-得到過帳平移modifictions實驗數據(即磷酸化和glycosylation站點可能建議一定是外部可訪問的和可能因而是表面殘滓)的殘滓
-蛋白水解的分裂站點。
記住此數據，當執行蛋白質結構的預測是重要的時，作為此是證明的experimentally.0的結構上的數據
問題結構預測是否與實驗結果一致。 這可能測試預測的蛋白質結構的正確性。
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