Bioinformatics, 協議, DNA 核糖核酸蛋白質Proteomics
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也參見蛋白質主題Bioinformatic 工具我們的連結資料庫
蛋白質主題和域是蛋白質的重要因為他們提供線索至於蛋白質的posible 功能, 並且可能的交往。如果蛋白質例如有一個域為DNA 捆綁, 您�&預言那, 蛋白質也許行動由束縛對DNA 順序。
附註關於蛋白質主題和蛋白質域資料庫搜索: 多數蛋白質是模件以幾個域。 如果您的蛋白質或未知的proteni 與蛋白激□是最相似, 這不一定意味, 這是kinase - 它是可能的二蛋白質共享幾個其它域(ie. 幾個SH3 域) 。
參見蛋白質主題Bioinformatic 工具我們的連結資料庫
CDD 被保存的域資料庫。蛋白質經常包含幾個模塊或域, 每個以分明演變始發地和功能。NCBI's 被保存的域資料庫是多順序對準線的一件收藏品為古老域和全長蛋白質。CD 搜索服務可以被使用辨認被保存的域當前在蛋白質查詢順序。
CDD 鍵盤檢索 搜索被保存的域資料庫由Keyword 在Entrez Pubmed 。
InterPro InterPro 是的蛋白質系列、域和功能站點資料庫可識別的功能被查找在知道的蛋白質裡可能嚮未知的蛋白質順序被應用。
PROSite PROSITE 是蛋白質系列和域資料庫。它包括生物幫助可靠地辨認對的重大站點、模式和配置文件哪個知道的蛋白質系列(若有) 一個新建順序屬於。
Pfam Pfam 是多順序對準線和被隱藏的Markov 設計的大收藏量包括許多公用蛋白質域。Pfam 版本7.7b (2002 10月) 包含對準線和設計為4832 個蛋白質系列, 根據Swissprot 40 和Sp TrEMBL
ProDom 蛋白質域資料庫
PairsDB 自動域分解算法(ADDA) 使用生成蛋白質域系列資料庫以所有蛋白質順序完全覆蓋範圍。順序被分裂成域並且域被編組入蛋白質域系列在一個完全地自動化的進程中。當前資料庫包含域為超過1.5 百萬個順序在超過40 000 個域系列。特別是, 有與不重�&curated 域資料庫Pfam 、SCOP 和InterPro 的3828 個新穎的域系列。資料isfreely 可利用為下載和查詢通過萬維網界面。參見:
PairsDB 域系列搜索
PairsDB 域系列瀏覽
列印 列印是蛋白質指印綱要。指印是一個組被保存的主題使用描繪蛋白質系列; 其診斷力量由瑞士PROT/TrEMBL 綜合的迭代掃描提煉。通常主題不重�&, 而是被分離沿順序, 雖然他們也許是接觸的在3D 空間。指印比能選拔主題可能更加靈活地和強大輸入蛋白質摺�&和功能, 充分的診斷有力派生從相互環境由主題鄰居提供。
命中主題掃瞄 命中 是一個自由資料庫致力於蛋白質域。這並且是工具的一件收藏品為關係的調查的在蛋白質順序和主題之間被描述在他們。這些主題由預報因子的一件異種收藏品定義, 當前包括正則表達式、廣義配置文件和被隱藏的Markov 設計
巧妙的 簡單模件結構研究工具。 目標: 允許域的自動確定和註釋在user-supplied 蛋白質順序。
PROClass ProClass 資料庫是一個non-redundant 蛋白質資料庫被組織根據系列關係依照由ProSite 模式和PIR superfamilies 集體定義。ProClass 資料庫可能促進蛋白質系列情報檢索, 揭幕域和系列關係, 並且分類multi-domained 蛋白質, 由結合全球和主題相似性入一份唯一系列組織計劃。
日內瓦大學的 ExPASY 瑞士PROT 搜查的索引分子生物學伺服器: 包含SWISS-PROT 搜查的索引。
ExPASY PROSITE PROSITE 是蛋白質系列和域資料庫。它包括生物幫助可靠地辨認對的重大站點、模式和配置文件哪個知道的蛋白質系列(若有) 一個新建順序屬於。
TIGRFAM 資料庫 是蛋白質系列根據被隱藏的Markov 設計或HMMs 。
eMotif 搜索 eMOTIFS 從多順序對準線被派生在BLOCKS+ 資料庫。
主題: 能搜索多個資料庫包括: PROSITE 模式, PROSITE 配置文件, 塊, ProDom, 列印, Pfam, Pfam_fs 為片段, 和一個用戶定義的配置文件圖書館。
HMM 搜索 - 主題搜索蛋白質順序使用蛋白質域Pfam-A 資料庫- Sanger 中心(英國) 。
HMM 搜索 - 主題搜索蛋白質順序使用蛋白質域Pfam-A 資料庫- WUSTL (美國) 。
�&柱 - 主題對準線和搜索工具- Pasteur 安裝(法國) 。
MEME - 多個EM 為主題Elicitation - Pasteur 學�&(法國) 。
主題 - 模式搜索服務- 衣阿華狀態U (美國) 。
PatternFind - 順序模式搜索模式搜索的幾個資料庫包括: 瑞士Prot, TrEMBL,
瑞士Prot 接合變形, trEST, trGEN,
trome, 當前ENSEMBL peptides 為所有種類, 微生物完全proteomes, RefSeq 釋放, RefSeq 每週更新, PATTINPROT - 查詢順序模式搜索- 波蘭人生物Informatique Lyonnaise (法國), Pratt2.1 - 模式發現工具, 普拉特- U 赫爾辛基(芬蘭), 普拉特- Pasteur 安裝(法國), 普拉特- 安裝Informatik-U Bergensis (挪威), 普拉特- EBI (英國) 。
PROSITE - 配置文件主題搜索ProSite 資料庫。
PROSITE 搜索 - Genestream - IGH 蒙彼利埃(法國) 。
ScanProsite - 掃描蛋白質順序反對PROSITE DB - ExPASy (瑞士) 。
PHYTOPROT 常規程式在PHYTOPROT 之後包括在進行(想像) 蛋白質順序"所有由所有" 比較以BIOFACET 軟體, 編譯順序(Mohseni-Zadeh 等, Recomb 2003) 字符串根據他們的相似性並且最終顯示2a la Prodom 域共享由順序在各個字符串
Integr8 Arabidopsis Thalania 提供關於蛋白質的資訊使用鍵盤檢索。包含域資訊在搜索之內。
寄生生物主題搜索 寄生生物主題資料庫。資料庫: 所有Leishmania, Leishmania 專業Friedlin, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, 所有Crithidia, 所有kinetoplastids, 變形體falciparum, 所有變形體, 弓形體gondii, 所有Apicomplexa, 所有Schistosoma, 所有Filarioidea 。
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