Bioinformatics, 協議, DNA 核糖核酸蛋白質Proteomics
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蛋白質和抗體Microarrays
二主要蛋白質芯片格式化現在被使用, 包括載玻片和nanowells (8,27) 。 由於很多個幻燈片緊持方法只最公用和最主要的型將被提及在這兒。
它重要, 蛋白質芯片保留蛋白質在活動狀態在高密, 是與多數商業arrayers 和掃描器兼容, 和可能被列印在這樣時�&, 蛋白質保留在一個被潤濕的環境(8,27) 。(參見圖2) 。
載玻片芯片
載玻片有好處, 他們是與標準microarray 設備和檢測設備兼容被使用為DNA 芯片。 他們是還低廉的。 多數研究現在使用載玻片。 但是, 他們有一種高蒸發費率和是易受可能的cross-contamination (8,27) 。
第一方法為蛋白質列陣的創建在玻璃由Mirzabekov 等開發了。 列陣由固定的蛋白質引起了在附有玻璃表面的微小的膠凝體口袋裡。 各種各樣的immunoassays 、抗原檢測, 和enzymatic 檢驗被執行了。 由於3D 矩陣結構, 蛋白質鉗製是非常高效率的(28-30) 。
在其它研究中, 蛋白質附有了玻璃表面被激活與起反應與主要胺物的交互相聯的座席(31) 。 蛋白質被察覺了在保留蛋白質在一個濕環境和防止失水的40% 丙三醇解決方法。 確定, 他們的蛋白質microarrays 是可行的為生物化學的檢驗, 他們測試三已知的蛋白質蛋白質交往、三種已知的kinase 基體回應, 和三已知的蛋白質ligand 交往使用fluorophore 被標記的蛋白質、radiolabeled ATP, 和綜合ligands 被耦合對fluorescently 被標記的遲鈍的清液白蛋白(BSA), 各自地。 在大多實驗, 他們辨認一個唯一地點在一一些10,000 個地點之內包含一其它蛋白質的很小數量的蛋白質被察覺了然而在一個實驗。 這個工作展示了蛋白質microarrays 潛在在大規模生物化學的檢驗然而他們的研究分析蛋白質的一個非常小編號並且小說活動未被辨認。
其它研究使用了載玻片為幾蛋白質抗原的檢測。 Analytes 被察覺了被對待的玻璃表面在高密使用一個手察覺的設備或一個microarray 機器人。 被察覺的analytes 被檢測了使用抗體附有oligonucleotide 底漆和輾壓圈子放大作用回應。 技術有一種高敏感性、一個寬力學範圍, 和優秀地點對地點增殖率
(32) 。
多數組直接地現在排列蛋白質並且抗體無格式載玻片(31,33-35) 並且察覺被執行在一個濕氣受控環境裡(8) 。
Microwell/Nanowell 芯片
與標準microarray 和檢測設備然而對準線兼容被要求。 這個方法是versatible 為基於解決方法的檢驗和多要素回應。 蒸發被減少並且沒有cross-contamination 。 並且這些芯片是相對地低廉的(8,27) 。
朱·等, 被製造一個未結結構, 即nanowells 在polydimethylsiloxane (PDMS) 表面由標準載玻片(36) 支持。
這些芯片包括一一些microwells 在一個一次性的硅樹脂彈性體, poly(dimethylsiloxane) (PDMS) (37) 。Microwell 列陣允許不同的analytes 的小數量密集地被包裝在一塊唯一芯片, 依然是實際分離在隨後成批處理期間。蛋白質共價地附有了井使用crosslinker 3-glycidoxypropyltrimethoxysilane (GPTS) (38) 。
被獲取的分子可能從nanowells 容易地被收回。 當用金子蓋在nanowells, 它被預計, 高生產量質量光譜和表面plasmon 共鳴分析可能執行。 specialzed 設備必需裝載nanowells 在高密這個技術的最偉大的不利是(8,27) 。
其次: 蛋白質和抗體附件方法- Microarray 芯片的創建
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