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蛋白質和抗體Microarrays
探知方法和未指明的捆綁
未指明的捆綁對列陣需要減到最小並且這由浸沒典型地做列陣在遲鈍的清液白蛋白基於的緩衝(BSA) (31) 。
Analyte 束縛和留成在蛋白質列陣進行通過熱力學上被驅動的約束結構相似與核酸目標的雜交對探針。 但是, 一定的目標的檢測對蛋白質比那可觀地複雜DNA microarray 檢測(9) 。 各種各樣的探知方法當前被審查。 例如, ELISA 第一次使用檢測蛋白質為補白列陣(66,67) 並且玻璃列陣(68) 。 ELISA 基於的探知方法有蛋白質抗體交往非特異性不利, 導致許多假的正。 放射性同位素標記由Ge 等 使用。 (22), 放射性同位素標記學習蛋白質–蛋白質, 蛋白質–DNA, 蛋白質–藥物交往在補白列陣。 朱· 等。 被使用的放射性同位素標記�&辦不同的基體kinase 檢驗由使用被淨化的酵母kinase 蛋白質在列陣(36) 。 檢測更喜歡的方法是熒光檢測因為這些方法常規是安全的, 極端敏感, 簡單, 可能有非常高分辨率。 這些探知方法是還與標準microarray 掃描器兼容。通常, 芯片是或者直接地被探查與一個螢光分子(即一個fluorescently 被標記的蛋白質或小分子, 由使用一根被標記的探針(即生物素), 可能然後被檢測在第二個步驟使用一種fluorescently 被標記的親合力試劑(即streptavidin) (16,56) 。其它螢光標記的方法是輾壓圈子放大作用(RCA), 並且是極端敏感的(32) 。
雖然proteomes 在比較之下可能被標記可比較的時�&以fluorophores, 這些化學反應的增殖率是窮和干涉以蛋白質抗體交往存在額外複雜(9) 。並且, 不均勻標記蛋白質可能由執行演講雙重顏色ratiometric 檢驗, 一個內部標準是存在為各目標蛋白質被評定(9) 。 標記的蛋白質不利以fluorophores 是檢驗的定量準確性的減少, 因為標籤的並網也許修改蛋白質的黏合性(9) 。
雖然直接蛋白質標記的探知方法廣泛仍然被應用, 內在問題被提及任意導致對標籤探知方法的增長的用途為蛋白質microarrays 。 這些方法是質量光譜(女士), 原子強制顯微學(AFM) (70), 和表面plasmon 共鳴(SPR) (71) 。
非標記的方法有好處作為一個直接檢測途�&為抗體microarrays 因為標記分子影響蛋白質活動。SELDI (表面改進的laser desorption/ionization)
質量光譜使用檢測低密度一些被獲取的蛋白質(69) 。蛋白質被獲取在金屬表面列陣(SELDI 蛋白質列陣) 並且被汽化使用雷射束。 分析使用質量光譜資料然後執行為了顯露這些蛋白質的身分。
原子強制顯微學(AFM) 方法用途表面拓撲學更改辨認被獲取的蛋白質在抗體列陣(70)
。 當兔子IgG 被固定在金表面和束縛對其免費抗體, 山羊螞蟻兔子IgG, AFM 檢測在高度的增量, 和因而能評定束縛交往。 然而為了學習抗原抗體交往–動能學, 實時探知方法將是有用。 表面plasmon 共鳴(SPR) 成熟入一個多才多藝的檢測工具學習感受器官ligand 交往–動能學以大範圍分子量、親合力和約束費率(72-74) 。商業SPR 芯片是可利用的然而他們的檢測解決方法是有限的。 傳感器表面與64 個各自的鉗製站點在一個唯一流電池被開發了(75) 。 抗體列陣生理傳感器並且被開發學習抗原動能學束縛使用一支平面波導管作為探知方法。運用這個方法, 組顯示出, 重大信號強度能達到從地點一樣小像直�& 200 毫米。它被預計因此, 這個途�&將是適當的為高生產量和並行動能學研究。(76) 。
檢測的 範圍
其它差額在蛋白質和DNA microarrays 之間是, 蛋白質含量在一個唯一生物範例或電池裡是magnitute 幾定貨大於那為mRNAs 。 因而蛋白質芯片探測器系統必須有檢測運算的一個非常大範圍 – 由系數1014 年決定, 與104 比較為mRNA 。 因而抗體以nanomolar 親合力對一個特殊目標將由這個目標出現飽和以micromolar 濃度, 不�&檢測pico- 或femtomolar 指標層。 如此容納罕見和豐富的蛋白質大概將要求分開的列陣(7,8,9) 。
多抗體以變化的親合力為目標也許被安置在列陣然而研究的不同的面積表示, 只20% 排列的抗體提供蛋白質的評定以低濃度(33) 。
其次: 蛋白質生產為蛋白質列陣
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