Bioinformatics, 協議, DNA 核糖核酸蛋白質Proteomics
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科學是情況; 正房子由石頭做成, 如此是科學由情況做成; 但堆石頭不是房子並且情況的一件收藏品不一定是科學。~Henri Poincar3e
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OMIM 資料庫是人的基因和基因混亂目錄由同事博士勝者A. McKusick 和他的創作和編輯在約翰斯·Hopkins 和在別處, 和被開發為萬維網由NCBI, 全國中心對於生物工藝學資訊。資料庫包含原文資訊和參考。它並且包含豐富連結對MEDLINE 和順序記錄在Entrez 系統, 和連結對額外相關資源在NCBI 和在別處。
OMIM 也許被獲取直接地從NCBI 主頁(http://www.ncbi.nlm.nih.gov) 由點擊在OMIM 連結在藍色酒吧在頁的頂層。
我將描述對您關於怎樣存取網站和進入搜索術語檢索OMIM 記錄。我簡要然後覆核OMIM 記錄的格式化和引導用戶通過是可利用的許多超鏈接。
** 注意"synuclein" 將是規定被使用為例在這個協議過程中。* *
1 。打開瀏覽器和去NCBI 主頁(http://www.ncbi.nlm.nih.gov) 。
2 。更改搜索拉下來從GenBank 到OMIM 。輸入搜索術語或術語正文框, 可以由布爾運算符耦合"並且," "或," 或"不是。" 各個搜索術語可能, 反過來, 合格以便它只與OMIM 記錄比較的特殊部份。一旦您進入了搜索術語, 提交搜索由按去按鈕, 或由擊中進入在鍵盤。
3 。選擇OMIM 項利益由點擊在對應的OMIM 登錄號。為這實例, 存取詳細的OMIM 項為阿爾法synuclein 由點擊在hyperlinked 登錄號(* 163890) 。
4 。選擇怎麼觀看OMIM 項。下拉菜單在顯示按鈕旁邊將允許用戶更改在視圖之間; 一旦渴望的視圖從下拉菜單被挑選, 用戶應該然後點擊顯示。默認值顯示是詳細的。每個選項, 但沒有所有選項將是可利用的為各OMIM 項。用戶注意立即, 有一些多餘被建立入OMIM 界面, 某些資訊可能被查找在更多比單程。詳細的OMIM 記錄的一個完全說明可能被查找。
5 。從項的詳細的視圖, 點擊出現在供選擇稱謂和符號之下在OMIM 記錄的頂層附近的基因映射所在地4q21 連結(或在超鏈接明顯的基因映射在導航條在頁的左邊) 。OMIM 基因映射存在基因的細胞遺傳的地點被描述在OMIM 有一個發布映射地點。列表開始在p telomere 染色體1 和繼續通過對q telomere 染色體22 。這被基因然後跟隨被查找在X 和Y 染色體。標頭在表的頂層以及細胞遺傳的範圍提供基因範圍的細節被顯示在圖表, 被顯示在圖表。為顯示目的, 基因被顯示在組20 。當基因和其它基因一樣共享細胞遺傳的地點, 他們由主要符號排序。當有唯一一個染色體地點和沒有細胞遺傳的範圍地點, 基因是列出的在染色體的末端。在這種情況下, 表從SNCA 基因開始, 並且其細胞遺傳的地點被列出作為4q21 。表從OMIM 基因映射被獲取的基因總將開始。
6 。從OMIM 基因映射頁, 你可能與OMIM 疾病映射鏈接由點擊在連結在頁的頂層。區分疾病映射從基因映射的基本的功能是, 疾病映射存在所有列出的基因在按字母順序而不是染色體命令。OMIM 超鏈接可利用在OMIM 記錄左邊
7 。回到頁顯示顯示視圖為synuclein 項由點擊後面按鈕兩次從疾病映射頁。在左手框架, 有承認用戶容易地駕駛通過詳細的OMIM 記錄的多超鏈接。特定, 連結把用戶帶對說明, 克隆, 基因功能, 映射的, 分子遺傳學, 動物設計, Allelic 變形, 參考, 納�&人, 創建日期, 和編輯記錄的歷史記錄部分。一個視圖列表連結在Allelic 變形之下與allelic 變形列表鏈接作為用戶, 而不是變形的一個詳細的說明。
8 。基因映射連結為OMIM 基因映射提供用戶其它途�&
9 。在基因映射之下連結是超鏈接被標記LocusLink 。點擊在這個連結帶來用戶給相關的LocusLink 頁在NCBI 網站。LocusLink 提供一個唯一查詢界面對各種各樣的類型資訊關於一個指定的基因所在地, 譬如表現型、映射地點, 和同源對其它基因。LocusLink 查尋空間當前包括資訊從人、滑鼠、匯率、果蠅, 和zebrafish 。
10 。回到頁顯示顯示視圖為synuclein 項。
11 。在左手框架的底層, 有超鏈接被標記LinkOut 。點擊在這個連結帶來用戶給LinkOut 資源。LinkOut 是被設計提供與各種各樣相關的外部聯機資源, 包括全文發行, 生物資料庫的用戶直接連接數, 消費者健康資訊, 研究工具的NCBI 實用程式, 並且更多。收效的連結被編組入三個類別: 醫療, 分子生物學資料庫, 和"其他。"
NCBI's 基因和疾病。NCBI's 基因和疾病資料庫是一個極端有用的資料庫為醫師、研究員和科學家。這個資料庫是一個持續的工作成績的一部分映射和描繪疾病由變化在一個基因或變化的結果造成在幾個基因譬如哮喘和糖尿病。基因和疾病站點與從SNCA 項被鏈接在OMIM 被彌補二個部分。附註的第一部分位於大中間盤區包含疾病的概覽。第二個部分, 在左邊, 包含額外連結對資訊關於SNCA 和帕金森的疾病。最相關的資訊源從一個臨床立場被查找在資訊分部, 往左手sidebar 的底層。這個部分包括連結對一般資訊為臨床工作者、醫師和患者。它並且包括Medline 加上當選擇提供一個連結對臨床試驗頁的功能。
染色體資料庫。染色體資料庫(GDB) 是正式中央程式庫為genomic 映射的資料起因於人的染色體主動性。人的染色體主動性是全世界研究工作成績分析人的DNA 結構和確定人的基因的地點和順序。支持這個項目, GDB 存儲和副牧師資料全世界生成了由那些研究員參與人的染色體項目的映射的工作成績(HGP) 。GDB 的Synuclein 連結顯示所有資訊被存儲從GDB 在SNCA (沒被顯示) 。資訊被顯示包括供選擇基因符號、基因的細胞遺傳的地點和資源被使用映射它, 核酸連結為SNCA 基因, 蛋白質連結為SNCA 基因, 相關amplimers 和克隆、多形性、克隆、表現型和同源連結, 和額外外部連結。
加的夫人的基因變化資料庫。加的夫人的基因變化資料庫(HGMD) 站點代表企圖校對知道的發布基因損害負責任對人的被繼承的疾病入全面參考來源。加的夫人的基因變化資料庫提供實用診斷重要性的資訊對研究員和診斷員在人的分子遺傳學, 醫師感興趣對一個特殊被繼承的情況在一個指定的患者或系列, 和基因顧問。為SNCA, 資料庫文件二胡話變化, 對帕金森疾病貢獻。網站為變化映射、DNA 當地順序, 和SNCA 項並且提供超鏈接在染色體資料庫(GDB), GenAtlas, 和OMIM 。
傑克遜實驗室滑鼠染色體資料庫。傑克遜實驗室滑鼠染色體資料庫包括關於基因描述特性的資料和命名原則, 映射, 基因同源在哺乳動物之中, 順序連結、表現型、allelic 變形和突變體, 和張力資料。滑鼠染色體資料庫提供染色體地點、替代名稱、多形性資訊, 和基因的哺乳動物的同源在OMIM 資料庫。
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