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核糖核酸附屬結構預言。2' 核糖核酸結構使用M 摺疊, mfold 、bioinformatic 工具聯機和軟體預言核糖核酸可摺疊和簪子循環。
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CARNAC - http://bioinfo.lifl.fr/carnac 預言的伺服器保存了同源RNAs 的附屬結構要素。一套的輸入核糖核酸順序不必需早先被排列。- [讀 更多 CARNAC] |
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DEQOR - http://cluster-1.mpi-cbg.de/Deqor/deqor.html 援助在小干涉的RNAs 的工具(siRNAs) 設計和質量管理為核糖核酸干涉(RNAi) 並且基因沉默。它評估潛在siRNA 順序禁止有力並且辨認有一高sil - 的基因地區 [讀 更多 DEQOR] |
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ERPIN - http://tagc.univ-mrs.fr/erpin/ ERPIN (容易的核糖核酸配置文件確定) 作為作為輸入核糖核酸順序對準線和附屬結構註釋, 將辨認各種各樣已知的核糖核酸主題(譬如tRNAs 、5S rRNAs 、SRP 核糖核酸, C/D 配件箱snoRNAs 、雙髻鮫主題、miRNAs 和othe - [讀 更多 ERPIN] |
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ILM - http://cic.cs.wustl.edu/RNA/ 提供重複循環符合的伺服器並且最大數量衡量了符合的算法為pseudoknot 包含核糖核酸附屬結構預言。算法運用熱力學和比較資訊, 和可能因而被使用為或者排列或- [讀 更多 ILM] |
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Kinefold - http://kinefold.u-strasbg.fr/ Kinefold 計算(和賦予生命) 核糖核酸順序摺疊的動能學包括pseudoknots 。- [讀 更多 Kinefold] |
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Mfold - http://www.bioinfo.rpi.edu/applications/mfold/old/rna/ 預言核糖核酸附屬結構從順序; 不預言pseudoknots - 參見PKNOTS 。- [讀 更多 Mfold] |
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MolMovDB - http://molmovdb.org/ 大分子運動(MolMovDB) 資料庫包含生氣蓬勃的蛋白質和核糖核酸結構的一件收藏品協助大分子靈活性的探險。軟體為結構分析是還可利用的。- [讀 更多 MolMovDB] |
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MOLPROBITY - http://kinemage.biochem.duke.edu/molprobity/main.php?use_king=1 MOLPROBITY 是可能計算和顯示位的結構分析和驗證程式, H 接合, 和van der Waals 交往為蛋白質、核酸, 和複雜知道的結構。- [讀 更多 MOLPROBITY] |
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PKNOTS - http://www.genetics.wustl.edu/eddy/software/#pk 預言pseudoknot 結構在核糖核酸順序; 來源代碼唯一。- [讀 更多 PKNOTS] |
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RDfolder - http://rna.cbi.pku.edu.cn:1977/rna/index.php 實施二個方法的核糖核酸附屬結構預言程式, 你根據了任意堆積和其他根據螺線區域配電器。- [讀 更多 RDfolder] |
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RNAfold - http://www.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi 預言核糖核酸附屬結構從順序; 注意順序長度限額。- [讀 更多 RNAfold] |
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RNAsoft - http://www.rnasoft.ca/ 軟體為RNA/DNA 附屬結構預言和設計- [讀 更多 RNAsoft] |
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Sfold - http://sfold.wadsworth.org 伺服器與為小干涉的RNAs (Sirna), antisense oligonucleotides (Soligo), 和trans 劈開ribozymes 合理的設計的三個工具(Sribo) 。第四個工具, Srna, 退回輸出包括常規摺疊的功能。- [讀 更多 Sfold] |
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siDirect - http://design.RNAi.jp/ 伺服器為計算是適合為哺乳動物的核糖核酸干涉的小干涉的核糖核酸(siRNA) 順序(RNAi) 。站點接受一個順序作為輸入和退回siRNA 候選人列表。- [讀 更多 siDirect] |
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siRNA 選擇伺服器 - http://jura.wi.mit.edu/bioc/siRNA 伺服器援助短的干涉的RNAs (siRNAs) 設計由提供資訊在穩定、一潛在siRNA 的SNPs 和特異性。- [讀 更多 siRNA 選擇伺服器] |
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siRNAdb - http://sirna.cgb.ki.se/ 這種資源包括siSearch 、AOSearch, 和為我的提供一個平臺siRNA 資料庫的一siRNAdb, 並且尋找未指明的符合對您的siRNA (小干涉的RNAs) 。- [讀 更多 siRNAdb] |
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SStructView - http://smi-web.stanford.edu/projects/helix/sstructview/ 核糖核酸附屬結構瀏覽器附屬程式; 必須是聯合入網頁被實施; 能與多計算鏈接後端處理。- [讀 更多 SStructView] |
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踐踏 - http://www.cellbio.unige.ch/RNAi.html T7 RNAi Oligo 設計員(被踐踏) 援助在DNA oligonucleotides 設計為短的干涉的核糖核酸(siRNA) 綜合與T7 核糖核酸polymerase 。它採取DNA 順序的輸入和輸出DNA oligos 列表為定貨。- [讀 踐踏] |
| 維也納核糖核酸程式包 - http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/ 包括一個C 編碼圖書館和幾個獨立程式為核糖核酸附屬結構預言和比較。- [讀 更多 維也納核糖核酸程式包] |
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