蛋白質交往和路

交往的自動化的檢測和驗證由Co Co-Evolution (忠告) 採取蛋白質順序或順序成對列表作為輸入和使用orthologous 順序估計相似性在蛋白質的演變歷史記錄上。這是被建議的t - [讀 更多 忠告]

提供幾個工具包括WIT2 、EMP 、MPW 、SENTRA 和PatScan; 其它工具是還可利用的。- [讀 更多 Argonne 國家實驗室- 計算生物資料庫]

ArrayXPath 是一個基於網際網路的服務為匹配microarray 基因表達式配置文件以已知的生物路。輸入是一個成群的基因表達式配置文件在一種製表符被劃定的文本格式。輸出包括路繪製。- [讀 更多 ArrayXPath]

交往、分子複雜和路的存儲完整說明; 研究員能提交新紀錄。- [讀 更多 困境- Biomolecular 交往網路資料庫]

有: TRANSFAC - 副本系數資料庫; Patho DB - 的副本系數和束縛位置的變化的表單是病理性地相關的; S/MARt DB - 絞刑臺矩陣事務處理資料庫; TRANSPATH - 基因管理路資料庫。- [讀 更多 BIOBASE 基因章程資料庫]

關於基因功能、proteomic 路, 和試劑替換的資訊; 非常清楚路繪製; 能尋找路由稱謂或瀏覽一個組織的列表。- [讀 更多 BioCarta]

BioCyc 是pathway/genome 資料庫的一件收藏品從文件派生了或者(EcoCyc 和MetaCyc) 或計算上(ie. HumanCyc) 。EcoCyc 使用形象化基因格式、生物化學的回應, 和路為E. 桿菌染色體; MetaCy - [讀 更多 BioCyc 知識圖書館]

關於反應的資訊和特異性、過帳平移修改、結構、穩定, 和參考對其它資料庫; 釋放為院。- [讀 更多 BRENDA - 全面酵素資訊系統]

CNplot 是可能被使用為大規模網路的網路形象化工具, 只要他們前成群。- [讀 更多 CNplot: 前成群的網路的形象化]

Cytoscape 是形象化平臺至於使用以分子交往網路。交往資料可能集成以其它狀態資料譬如基因表達配置文件。輸入對Cytoscape 包括交往成對列表, 和tab/space delimi - [讀 更多 Cytoscape]

互動的蛋白質(垂度) 資料庫允許用戶尋找互動的蛋白質。結果列表可能被搜索並且/或者形象化(靜態或動態地) 。用戶能提交新建蛋白質蛋白質交往和更新資料庫項。- [讀 更多 垂度]

酵素命名原則資訊程式庫; 相互參照的有用的選擇對其它資料庫; 釋放為研究目的唯一。- [讀 更多 酵素- 酵素命名原則資料庫]

集成系統為資料分析以關於表達式和基因網路的資訊, 並且包含transcriptional 管理地區資料庫(TRRD) 。- [讀 更多 GeneExpress2.1]

iHOP (資訊Hyperlinked 超出蛋白質) 是允許你駕駛通過基因和蛋白質網路根據PubMed 摘要目錄的系統。為各基因搜索, iHOP 報告句子從摘要關聯它其它g - [讀 更多 iHOP]

IntEnz 的目標是創建唯一關係資料庫包含酵素資料從三個不同來源: 酵素命名原則的標準版本包括推薦標準生物ch 國際聯盟的命名原則委員會- [讀 更多 IntEnz: 聯合關係酵素資料庫]

的蛋白質orthologs 資料庫(interologs) 並且蛋白質與被保存的管理關係相處融洽橫跨種類(regulogs) 。包含資料為C. elegans 、果蠅、Arabidopsis, 和酵母。- [讀 更多 Interolog/Regulog 資料庫]

InterWeaver 是工具使用二個途徑檢測潛在蛋白質交往由搜索為和解釋證據可得到從聯機資料庫。第一途徑查找同源染色體為順序和尋找互動的貿易夥伴- [讀 更多 InterWeaver]

捕捉知識關於交往根據資訊路的路映射、分子目錄、染色體映射和基因目錄。KEGG 包括幾個資料庫, 包括BRITE (蛋白質蛋白質交往), 路(交往網路為- [讀 更多 KEGG: 基因和染色體京都百科全書]

Curated 資料庫以一個重點在實驗被驗證的分子交往資料從科學文獻收集了。對哺乳動物的有機體的重點。- [讀 更多 薄菏- 一個分子交往資料庫]

慕尼黑蛋白質順序項目的情報中心有: 黴菌染色體分析、工廠染色體bioinformatics, 結構genomics 、proteomics 和染色體註釋。項目和資料庫有: CYGD, MNCDB, NGFN, MPPI, SIMAP, QUIPOS, MATDB, M - [讀 更多 MIPS]

PathBLAST 是為蛋白質交往網路交叉形式比較的一個工具。PathBLAST 上一個短的蛋白質交往路徑作為輸入和搜索反對一個可利用的蛋白質蛋白質interation 網路由用戶指定。- [讀 更多 PathBLAST]

路獵人工具(PHT) 用途最短的路徑分析重建和形象化生物化學的路。用戶能查找最短的路徑在二種代謝產物之間, 或查找所有可及的產品或educts 為一種指定的代謝產物。- [讀 更多 路獵人工具]

路礦工是為尋找基因列表關聯的一個工具在已知的路資料從KEGG 、BioCarta, 和GenMAPP 。並且提供統計分析。- [讀 更多 路礦工]

路資源列表(PRL) 是150+ 連結資料庫對資源為蛋白質蛋白質交往, 新陳代謝和發信號路、副本系數和基因交往網路、路繪製, 蛋白質順序, 和蛋白質複合- [讀 更多 路資源列表]

Reactome 是人的生物路和進程資料庫範圍從新陳代謝的基本的過程對複雜管理路。資料是curated 由生物學家和隨後同輩覆核為準確性和一貫性。參照w - [讀 更多 Reactome - 生物進程knowledgebase]

限制酵素資料庫、一資訊收集關於限制酵素的和相關蛋白質。- [讀 更多 REBASE]

字符串(為互動的Genes/Proteins 檢索的搜索工具) 是蛋白質蛋白質interaction/association 資料庫。已知的和被預言的交往是包括的。交往從現有的資料源被派生和文件和法郎- [讀 更多 字符串]

Taverna 是為創建和運行bioinformatics 工作流的一個工具。- [讀 更多 Taverna]

基因和實際交往資料庫; 包含交往資料從幾genome/proteome 寬學習, MIPS 資料庫, 和困境; 為圖解看提供一個強有力的形象化系統交往。- [讀的 更多 網格- 常規程式庫為交往資料集]

對圖解代表實際和基因生物交往的申請; 被耦合與交往資料集(網格) 常規程式庫; 可利用為Unix 和視窗。- [讀的 更多 Osprey 網路形象化系統]