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3D-pssm - http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~3dpssm/ 蛋白質摺疊認識使用1d 和3d 順序配置文件被耦合與附屬結構和溶劑化潛在資訊。- [讀 更多 3D-pssm] |
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BioInfo3D - http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/ BioInfo3D 是工具的一件收藏品為對蛋白質的結構蛋白質交往的分析, 包括工具為結構對準線和預言的。- [讀 更多 BioInfo3D] |
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BSDD - http://iris.physics.iisc.ernet.in/bsdd/ BSDD (原生質細分市場顯示裝置) 搜索為和顯示用戶定義的順序主題在知道的蛋白質結構裡。這個萬維網基於的工具合併RASMOL 圖解包為形象化。- [讀 更多 BSDD] |
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CaspR - http://igs-server.cnrs-mrs.fr/Caspr/index.cgi CaspR 是為建立結構設計的一個萬維網工具為蛋白質順序使用分子替換和同源塑造。軟體實施使用T-COFFEE 引起對準線, 做模型者導致同源設計, 和的一個自動化的途徑- [讀 更多 CaspR] |
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CATH - http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath_new/index.html 自動化的蛋白質結構分類資料庫根據選件類(c), 結構(a), 拓撲結構(t) 和同源superfamily (h) 。- [讀 更多 CATH] |
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CE-MC - http://cemc.sdsc.edu 創建所有對所有pairwise 對準線使用一個組合擴展名程式和然後運用蒙特卡洛優化方法的一臺多臺蛋白質結構對準線伺服器舉辦迭代全球優化。結果被格式化使用JO - [讀 更多 CE-MC] |
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ClusPro - http://nrc.bu.edu/cluster/ ClusPro 是為自動計算二個蛋白質結構相接的一個工具由用戶供應(或當PDB 身份證) 。結果集是想像複雜一個被排列的列表, 由使定□屬性成群。- [讀 更多 ClusPro] |
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COLORADO-3D - http://asia.genesilico.pl/colorado3d/ COLORADO-3D 允許您上色您的蛋白質結構表明潛在錯誤出現在蛋白質結構(由ANOLEA 、PROSAII 、PROVE 或VERIFY3D 檢測), 被埋沒的殘滓, 和順序保護。伺服器退回一個PDB 格式化的文件- [讀 更多 COLORADO-3D] |
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最佳路徑的組合擴展名 - http://cl.sdsc.edu/ce.html 計算結構對準線在二個蛋白質鏈子之間; 或在一個唯一鏈子和整個蛋白質資料庫之間。- [ 最佳路徑的讀的更加組合的擴展名] |
| 公眾輿論伺服器 - http://structure.bu.edu/cgi-bin/consensus/consensus.cgi 公眾輿論伺服器對一塊結構模板排列一個順序使用5 個不同對準線方法公眾輿論。可靠性評定導致為各個對準線位置為了預言地區的適合為比較塑造。- [讀 更多 公眾輿論伺服器] |
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ConSeq - http://conseq.bioinfo.tau.ac.il/ ConSeq 是為功能上和結構地預言的一個工具重要氨基酸殘滓在蛋白質順序。預言根據假定, 殘滓功能重要是經常被保存和溶劑容易接近的, 並且那些- [讀 更多 ConSeq] |
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ConSurf - http://consurf.tau.ac.il/ ConSurf 伺服器允許你映射氨基酸保護知道的蛋白質結構的級別為了學習面積潛在功能重要在蛋白質的表面。PDB 文件必需作為輸入, 並且一個多個順序alignmen - [讀 更多 ConSurf] |
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ElNemo - http://igs-server.cnrs-mrs.fr/elnemo/start.html ElNemo (有彈性網路模型) 是為預言可能的運動的一個工具(ie. conformational 更改和其它結構變化) 大分子。這個工具允許用戶計算, 形象化, 和分析prot 的低頻率正常振盪型- [讀 更多 ElNemo] |
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FATCAT - http://fatcat.burnham.org/ FATCAT 提供平均值比較二個PDB 格式化蛋白質結構, 或尋找結構相似與一個指定的PDB 結構。用戶能供應PDB 身份證或加載結構文件。FATCAT 網路伺服器使用靈活的結構對準線- [讀 更多 FATCAT] |
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FoldMiner 和鎖定2 - http://foldminer.stanford.edu/ FoldMiner 對唯一域目標資料庫排列一個user-supplied 或辨認的查詢結構發現結構鄰居和典型主題。查詢結構可能對一個或更多用戶指定的結構並且被排列使用LOC - [讀 更多 FoldMiner 和鎖定2] |
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iMOT - http://caps.ncbs.res.in/imot/iMOTserver.html iMOT (互動的主題) 伺服器被設計尋找空間地互動的主題在蛋白質之中共享相似的3-dimensional 結構。- [讀 更多 iMOT] |
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喜悅 - http://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/~joy/ 程式為顯示3D 結構資訊在多順序對準線。- [讀 更多 喜悅] |
| 做模型者 - http://salilab.org/modeller/ 同源或比較塑造3D 蛋白質結構。- [讀 更多 做模型者] |
| 分子塑造為初學者 - http://www.usm.maine.edu/~rhodes/SPVTut/index.html 優秀實踐瑞士PdbViewer/Deep 景色講解; 一must-do 在嘗試之前使用瑞士PdbViewer 。- [讀的 更加分子塑造為初學者] |
| PDB2PQR 伺服器 - http://agave.wustl.edu/pdb2pqr/ 承認用戶轉換PDB 文件成PQR 的伺服器歸檔由添加缺掉原子, 優選氫結合和分配原子充電和半徑參數。收效的PQR 文件可能被使用為可能給予洞察力- 的靜電計算 [讀 更多 PDB2PQR 伺服器] |
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PDBSiteScan - http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/systems/fastprot/pdbsitescan.html PDBSiteScan 採取PDB 文件作為輸入, 和尋找stuctural 符合以PDBSite 套知道的功能站點。- [讀 更多 PDBSiteScan] |
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PepBuild - http://www.imtech.res.in/bvs/pepbuild/ PepBuild 是促進建築, 從已知的順序和secondary/tertiary 結構, 加蓋的或開蓋的蛋白質的工具。輸出被生成是在PDB 格式化。- [讀 更多 PepBuild] |
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POV 光芒 - http://www.povray.org/ 版本Raytracer 持續時間; 用途與瑞士PdbViewer 一道創建圖像為介紹和發行。- [讀 更多 POV 光芒] |
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ProteinDBS - http://proteindbs.rnet.missouri.edu/ ProteinDBS 採取PDB 身份證或結構作為輸入, 和尋找相似的蛋白質三重結構使用電腦形象化技術。結構和順序的被排列的要素的疊置可能然後被觀看在萬維網。- [讀 更多 ProteinDBS] |
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ProteMiner-SSM - http://proteminer.csie.ntu.edu.tw/ ProteMiner-SSM 尋找PDB 蛋白質以相似的三重亞結構到一個由用戶指定。一個過濾過程使用極大加速分析。- [讀 更多 ProteMiner-SSM] |
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pvSOAR - http://pvsoar.bioengr.uic.edu/ pvSOAR 採取PDB 身份證或結構文件作為輸入, 和尋找其它蛋白質以與查詢結構是相似的表面地區。- [讀 更多 pvSOAR] |
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Robetta - http://robetta.bakerlab.org/ Robetta 伺服器提供蛋白質結構預言工具和界面胺基代丙酸掃描。結構預言由或比較詞完成塑造或de novo Rosetta 片段插入方法。界面胺基代丙酸掃描是emplo - [讀 更多 Robetta] |
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SA 搜索 - http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/cgi bin/SA 搜索 SA 搜索是首先轉換PDB 結構文件成一個一維表示法使用一個結構字母表的工具, 並且然後尋找相似性運用標準方法為順序對準線。- [讀 更多 SA 搜索] |
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SCit - http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/cgi-bin/SCit SCit 是一套工具促進分析和編輯蛋白質旁邊鏈相應一致。使用一個PDB 文件作為輸入, 工具像列表並且/或者修改允許用戶執行如此任務二面構成的角度的值, 列出structurall - [讀 更多 SCit] |
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SCOP - http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ 蛋白質的結構分類- 資料庫由手工檢驗和自動化的方法的組合創建。- [讀 更多 SCOP] |