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Microarray Bioinformatic 工具
| 酸 - http://bioinfo.thep.lu.se/acid.html 列陣克隆資訊資料庫(酸) 是一種搜查的資源對於關於人、滑鼠, 和匯率DNA 克隆的資訊。各克隆包含關於被分配的UniGene cluster(s) 的資訊, 地點在全長抄本, 被分配基因ont - [讀 更多 酸] |
| Affymetrix NetAffx 分析中心 - http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx 允許GeneChip 列陣結果的相關性以列陣設計和註釋資訊; 提供存取對於列陣目錄資訊, 包括探針順序和基因註釋; 自由註冊必需。- [讀 更多 Affymetrix NetAffx 分析中心] |
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ArrayExpress - http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ 公共程式庫為microarray 基於的基因表達資料; 包含數curated 基因表達資料集。- [讀 更多 ArrayExpress] |
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ArrayPipe - http://koch.pathogenomics.ca/cgi-bin/pub/arraypipe.pl ArrayPipe 允許用戶自定義一條處理管道為對microarray 資料的分析。包括方法為對幻燈片、資料形象化、有差別地表達的基因的正常化, 和檢測的質量鑒定。輸出包括repor - [讀 更多 ArrayPipe] |
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ArrayProspector - http://string.embl-heidelberg.de:8080/prophecies_html/prophecies.html ArrayProspector 是一套被預言的功能關聯在從microarray 表達式資料被推斷了從Standford Microarray 資料庫的基因之間。用戶能尋找基因被鏈接查詢或連結在二個基因之間。- [讀 更多 ArrayProspector] |
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ArrayXPath - http://www.snubi.org/software/ArrayXPath/ ArrayXPath 是一個基於網際網路的服務為匹配microarray 基因表達式配置文件以已知的生物路。輸入是一個成群的基因表達式配置文件在一種製表符被劃定的文本格式。輸出包括路繪製。- [讀 更多 ArrayXPath] |
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對基因表達級別(百吉捲的) 貝葉斯分析 - http://web.uconn.edu/townsend/software.html 對基因表達級別(百吉捲的) 貝葉斯分析。這個軟體被使用了為許多突出的研究, 包括二被發布在科學, 和二被發布在PNAS 。Jeffrey Townsend 。- [對 基因表達級別(百吉捲的) 讀的更加貝葉斯的分析] |
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BEARR - http://giscompute.gis.a-star.edu.sg/~vega/BEARR1.0/ 批對同邊管理地區的提取和分析(BEARR) 採取基因標識(譬如RefSeq 和Unigene 身份證), 公眾輿論模式, 和(選項) 位置重量矩陣列表作為輸入和回歸符合列表為模式在bot - [讀 更多 BEARR] |
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Bioconductor - http://www.bioconductor.org/ Bioconductor 是打算為對genomic 資料的分析提供存取對於大範圍強有力的統計和圖解方法的一個未結來源和未結開發軟體項目。- [讀 更多 Bioconductor] |
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BioProspector - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/BioProspector/ 掃描upstream.of 基因在同樣基因表達字符串為管理順序主題使用Gibbs 採樣方法的伺服器。Markov 背景設計被使用為非主題基礎, 改進被預言的主題地點特異性。- [讀 更多 BioProspector] |
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建立您自己的arrayer - http://cmgm.stanford.edu/pbrown/mguide/index.html MGuide (版本2.0) 。布朗實驗室完成指南對於microarraying 為分子生物學家。- [讀 更多 編譯您自己的arrayer] |
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加拿大Microarray 資源 - http://kinase.uhnres.utoronto.ca/CanArrays.html 加拿大microarray 中心聯絡資訊、可用性和專門技術; 包括提供DNA 或oligonucleotide 被察覺的列陣和其它服務的實驗室, 並且可能分析的實驗室核糖核酸與Affymetrix 切削。- [讀的 更加加拿大的Microarray 資源] |
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CARRIE - http://zlab.bu.edu/CARRIE
萬維網 分析microarray 的伺服器並且促進者順序資料關聯了對特定刺激的一種回應。在分析以後一個潛在transcriptional 管理網路被創建。CARRIE 並且確定哪個副本系數是可能的invol - [讀 更多 CARRIE] |
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CIBEX - http://cibex.nig.ac.jp/ 資訊生物基因表達資料庫的中心(CIBEX) 是一個公共程式庫為基因表達實驗資料。資料庫系統是服從以MIAME 標準。- [讀 更多 CIBEX] |
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CompareProspector - http://compareprospector.stanford.edu/ 嘗試辨認所有主題的伺服器與基因關係了被預言對共用管理要素。它修改Gibbs 採樣通過偏心的搜索往被保存的順序橫跨多個種類。- [讀 更多 CompareProspector] |
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CONFAC - http://morenolab.whitehead.emory.edu/cgi-bin/confac/login.pl 被保存的副本系數束縛位置定位程式(CONFAC) 採取人的基因名字和標識列表作為輸入, 和他們與他們的滑鼠orthologues 比較辨認被保存的副本系數束縛位置。詳細資訊從t - [讀 更多 CONFAC] |
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定義Transcriptional 程式在血管內皮 - http://www.vessels.bwh.harvard.edu/ 這個網站包含microarray 分析軟體(阿格斯和Z 水池), 一個內皮細胞的電池表達式資料庫, 和其它資源與血管內皮研究有關。看PubMed 摘要對於更多資訊。- [讀 更多 定義的Transcriptional 程式在血管內皮] |
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Doelan - http://www.transcriptome.ens.fr/doelan/ Doelan 是工具被設計監控DNA microarray 生產的質量。- [讀 更多 Doelan] |
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表達式Profiler - http://www.ebi.ac.uk/expressionprofiler/ 表達式Profiler 是一個萬維網基於的平臺為microarray 資料分析被開發在EBI 。這種資源集成以ArrayExpress 資料庫, 一個公共程式庫為microarray 資料。- [讀 更多 表達式Profiler] |
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基因表達資料分析程式 - http://bioinformatics.upmc.edu/GE2/GEDA.html 基因表達資料分析程式(GEDA) 是為發現有差別的基因表達的一個工具在一個子集患者。它為專門製作與癌症相關的microarray 研究和提供廣泛的選項為形象化、分類和正常化。- [讀 更多 基因表達資料分析程式] |
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GenMAPP - http://www.genmapp.org/ GenMAPP (基因MicroArray 路Profiler) 是一個microarray 表達式資料形象化工具, 允許資料被觀看在映射代表基因分組和生物路。- [讀 更多 GenMAPP] |
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GEO - 基因表達多項 - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 基因表達和雜交列陣資料貯藏室; 聯機資源為基因表達資料檢索從任何有機體或人為來源。- [讀 更多 GEO - 基因表達多項] |
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GEPAS - http://www.gepas.org/ 基因表達模式分析套件(GEPAS) 是工具的一件收藏品為對microarray 資料的分析的包括資料預處理, 成群, 範例比較, 資料採集根據去術語(FatiGO), 和annnotation 。並且被包括工具- [讀 更多 GEPAS] |
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GFINDer - http://www.medinfopoli.polimi.it/GFINDer/ 染色體功能聯合發現者(GFINDer) 採取gene/clone 身份證列表以分類資訊作為輸入, 和允許用戶描繪不同的基因組在列表使用各種各樣的型的註釋從幾不同- [讀 更多 GFINDer] |
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目標 - http://microarrays.unife.it/ 基因Ontology 自動化的詞典(目標) 是為對資料的功能分析的一個工具從賢哲和microarray 實驗。基因Ontology 用語被使用作為基本類型為統計分析。- [讀 更多 目標] |
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GoMiner - http://discover.nci.nih.gov/gominer/ GoMiner 組織和允許大套的形象化基因根據基因Ontology 分類。- [讀 更多 GoMiner] |
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GoSurfer - http://www.biostat.harvard.edu/complab/gosurfer/ GoSurfer 是為形象化和比較基因集的一個工具由映射他們基因Ontology (去) 資訊以一個等級制度的結構樹的形式。它是有用的為調查microarray 分析或染色體寬計算的結果。- [讀 更多 GoSurfer] |
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GridGrinder - http://gridgrinder.sourceforge.net/ 軟體為microarray 圖像分析。- [讀 更多 GridGrinder] |
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羯磨 - http://biryani.med.yale.edu/karma/cgi-bin/mysql/karma.pl 羯磨(Keck 列陣經理和Annotator) 允許您比較和附註您自己的microarrays 反對其它可利用的列陣。列陣比較可能達到在同樣種類之內以及橫跨種類(列陣比較根據UniGene Clu - [讀 更多 羯磨] |
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MatchMiner - http://discover.nci.nih.gov/matchminer/ MatchMiner 是工具比較和轉換基因標識。用戶能轉換標識唯一或列表從一份表單到另一個, 或比較標識二個列表作為公用基因參考。- [讀 更多 MatchMiner] |