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基因管理規定: 包括連結對為transcriptional 管理規定的bioinformatic 工具譬如促進者和副本要素分析。
| 尖端 - http://acmes.rnet.missouri.edu/ 尖端(先進的美滿的符合的引擎為順序) 是可能被使用尋找短的重複的伺服器(在3 個和10 000 個基礎之間) 橫跨多個種類。用戶能限制搜索的結果由鍵盤檢索。- [讀 更多 尖端] |
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BEARR - http://giscompute.gis.a-star.edu.sg/~vega/BEARR1.0/ 批對同邊管理地區的提取和分析(BEARR) 採取基因標識(譬如RefSeq 和Unigene 身份證), 公眾輿論模式, 和(選項) 位置重量矩陣列表作為輸入和回歸符合列表為模式在bot - [讀 更多 BEARR] |
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BioProspector - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/BioProspector/ 掃描upstream.of 基因在同樣基因表達字符串為管理順序主題使用Gibbs 採樣方法的伺服器。Markov 背景設計被使用為非主題基礎, 改進被預言的主題地點特異性。- [讀 更多 BioProspector] |
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CARRIE - http://zlab.bu.edu/CARRIE 萬維網 分析microarray 的伺服器並且促進者順序資料關聯了對特定刺激的一種回應。在分析以後一個潛在transcriptional 管理網路被創建。CARRIE 並且確定哪個副本系數是可能的invol - [讀 更多 CARRIE] |
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CompareProspector - http://compareprospector.stanford.edu/ 嘗試辨認所有主題的伺服器與基因關係了被預言對共用管理要素。它修改Gibbs 採樣通過偏心的搜索往被保存的順序橫跨多個種類。- [讀 更多 CompareProspector] |
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CONFAC - http://morenolab.whitehead.emory.edu/cgi-bin/confac/login.pl 被保存的副本系數束縛位置定位程式(CONFAC) 採取人的基因名字和標識列表作為輸入, 和他們與他們的滑鼠orthologues 比較辨認被保存的副本系數束縛位置。詳細資訊從t - [讀 更多 CONFAC] |
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Consite - http://www.phylofoot.org/consite/ 檢測副本系數束縛位置在genomic 順序使用種系發生footprinting 和實驗被證實的約束配置文件。- [讀 更多 Consite] |
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奶油 - http://creme.dcode.org/ 奶油(同邊管理模塊探險家為人的染色體) 是為辨認和形象化同邊管理模塊的一個工具為co 被表達或潛在co 被調控的指定的套基因。它採取作為輸入登錄號列表, 和錸- [讀 更多 奶油] |
| 定義Transcriptional 程式在血管內皮 - http://www.vessels.bwh.harvard.edu/ 這個網站包含microarray 分析軟體(阿格斯和Z 水池), 一個內皮細胞的電池表達式資料庫, 和其它資源與血管內皮研究有關。看PubMed 摘要對於更多資訊。- [讀 更多 定義的Transcriptional 程式在血管內皮] |
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DEQOR - http://cluster-1.mpi-cbg.de/Deqor/deqor.html 援助在小干涉的RNAs 的工具(siRNAs) 設計和質量管理為核糖核酸干涉(RNAi) 並且基因沉默。它評估潛在siRNA 順序禁止有力並且辨認有一高sil - 的基因地區 [讀 更多 DEQOR] |
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果蠅DNase I 腳印資料庫 - http://www.flyreg.org/ 副本系數束縛位置資料庫被創建從DNase I 腳印的系統的文件curation 和染色體註釋為果蠅。- [讀 更多 果蠅DNase I 腳印資料庫] |
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Eponine - http://www.sanger.ac.uk/Users/td2/eponine/ Eponine 是一個機率方法為檢測副本起動站點(TSS) 在哺乳動物的genomic 順序, 以好特異性和優秀位置準確性。- [讀 更多 Eponine] |
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FirstEF - http://rulai.cshl.org/tools/FirstEF/ 第一個Exon 定位程式(FirstEF) 是5' 終端exon 和促進者預言程式。它包括不同的有識別力的功能被構造作為判定樹。- [讀 更多 FirstEF] |
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基因管理規定 - http://www.gene-regulation.com 存取對資料庫、程式和紙與基因管理規定有關。- [讀 更多 基因管理規定] |
| IBM Bioinformatics 和模式發現組 - http://cbcsrv.watson.ibm.com/Tspd.html 廣泛的伺服器擁有大範圍為模式發現的工具在DNA 和蛋白質順序並且在文本裡。為多順序對準線、基因發現、蛋白質註釋, 和其它申請的工具並且存在在這臺伺服器。詳細資料- [讀 更多 IBM Bioinformatics 和模式發現組] |
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JASPAR - http://jaspar.cgb.ki.se/cgi-bin/jaspar_db.pl JASPAR non-redundant, curated 副本系數約束配置文件的收集。各個配置文件被生成從發布, 實驗被定義的eukaryotic 副本系數束縛位置。- [讀 更多 JASPAR] |
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MatInspector - http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#matinspector 搜索潛在副本系數束縛位置在您自己的順序使用TRANSFAC 矩陣; 釋放至於非商業使用。- [讀 更多 MatInspector] |
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MDscan - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/MDscan/ 伺服器設計精確定位蛋白質Dna 交往站點在基本的成對級。用途芯片排列資料、詞列舉和位置特定重量矩陣更新尋找主題代表這些交往站點。- [讀 更多 MDscan] |
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MSCAN - http://mscan.cgb.ki.se/cgi-bin/MSCAN MSCAN 作為如同輸入一個或更多DNA 順序和一套副本析因束縛位置配置文件。它然後檢測束縛位置字符串在順序。- [讀 更多 MSCAN] |
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OSU Bioinformatics 和計算生物 - http://bioinformatics.med.ohio-state.edu/ 俄亥俄州立大學人的巨蟹星座遺傳學Bioinformatics 組的網站。這個站點有許多資源, 包括促進者和副本系數, 軟體工具資料庫預言潛在P53 公眾輿論束縛位置和預言- [讀 更多 OSU Bioinformatics 和計算生物] |
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POBO - http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi:9801/pobo 一臺伺服器為副本系數束縛位置主題的檢測、比較和證明在促進者。POBO 引導分析適用了於co 被調控的基因一兩個字符串檢測主題在表示法之下的極端級別。- [讀 更多 POBO] |
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PromoterWise - http://www.ebi.ac.uk/Wise2/promoterwise.html 比較二個DNA 順序考慮到反向和遷移, 理想為促進者。- [讀 更多 PromoterWise] |
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PROSITE - http://us.expasy.org/prosite/ 蛋白質系列和域資料庫被定義從SwissProt 資料庫; 考慮並且檢查特定主題資料庫譬如PhosphoBase 。- [讀 更多 PROSITE] |
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PubGene - http://www.pubgene.com/public.htm 人的基因搜查的文件網路與為基因表達分析的工具。選擇從自由公共業務, 或採購商業程式包。- [讀 更多 PubGene] |
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Riboswitch 定位程式 - http://riboswitch.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/server.html 核糖核酸主題辨認核糖核酸主題的搜索程式叫是新陳代謝的約束域在mRNA 調控基因表達的riboswitches 。程式原始被設計了在一套riboswitches 附近被查找在Bacillus-subtilis 。- [讀 更多 Riboswitch 定位程式] |
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RiceTFDB - http://ricetfdb.bio.uni-potsdam.de/ RiceTFDB(Rice 副本系數資料庫) 是順序和對準線資料庫為副本系數在米裡。- [讀 更多 RiceTFDB] |
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rVISTA - http://rvista.dcode.org/ 檢測副本系數約束sites(TFBS) 通過結合TFBS 預言、順序比較和字符串分析的伺服器。- [讀 更多 rVISTA] |
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Sfold - http://sfold.wadsworth.org 伺服器與為小干涉的RNAs (Sirna), antisense oligonucleotides (Soligo), 和trans 劈開ribozymes 合理的設計的三個工具(Sribo) 。第四個工具, Srna, 退回輸出包括常規摺疊的功能。- [讀 更多 Sfold] |
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siRNA 選擇伺服器 - http://jura.wi.mit.edu/bioc/siRNA 伺服器援助短的干涉的RNAs (siRNAs) 設計由提供資訊在穩定、一潛在siRNA 的SNPs 和特異性。- [讀 更多 siRNA 選擇伺服器] |
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siRNAdb - http://sirna.cgb.ki.se/ 這種資源包括siSearch 、AOSearch, 和為我的提供一個平臺siRNA 資料庫的一siRNAdb, 並且尋找未指明的符合對您的siRNA (小干涉的RNAs) 。- [讀 更多 siRNAdb] |