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| 尖端 - http://acmes.rnet.missouri.edu/ 尖端(先進的美滿的符合的引擎為順序) 是可能被使用尋找短的重複的伺服器(在3 個和10 000 個基礎之間) 橫跨多個種類。用戶能限制搜索的結果由鍵盤檢索。- [讀 更多 尖端] |
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AlignACE - http://arep.med.harvard.edu/mrnadata/mrnasoft.html 排列核酸被保存的要素; 使用模式識別查找要素被保存在一套DNA 順序; 釋放至於非商業使用以許可證協議。- [讀 更多 AlignACE] |
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BEARR - http://giscompute.gis.a-star.edu.sg/~vega/BEARR1.0/ 批對同邊管理地區的提取和分析(BEARR) 採取基因標識(譬如RefSeq 和Unigene 身份證), 公眾輿論模式, 和(選項) 位置重量矩陣列表作為輸入和回歸符合列表為模式在bot - [讀 更多 BEARR] |
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BioMart - http://www.ebi.ac.uk/biomart/ BioMart 是一個交互選擇資料綜合化系統促進大規模資料查詢。它可能被安裝和被使用in-house, 或與是的現有的資料源的當中一個已經被申請(ie. UniProt, Ensembl) 。- [讀 更多 BioMart] |
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BioProspector - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/BioProspector/ 掃描upstream.of 基因在同樣基因表達字符串為管理順序主題使用Gibbs 採樣方法的伺服器。Markov 背景設計被使用為非主題基礎, 改進被預言的主題地點特異性。- [讀 更多 BioProspector] |
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Codon 用量資料庫 - http://www.kazusa.or.jp/codon/ 查找GC codon 用量目錄和頻率為有一個順序在GenBank 的任何有機體。- [讀 更多 Codon 用量資料庫] |
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CompareProspector - http://compareprospector.stanford.edu/ 嘗試辨認所有主題的伺服器與基因關係了被預言對共用管理要素。它修改Gibbs 採樣通過偏心的搜索往被保存的順序橫跨多個種類。- [讀 更多 CompareProspector] |
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Consite - http://www.phylofoot.org/consite/ 檢測副本系數束縛位置在genomic 順序使用種系發生footprinting 和實驗被證實的約束配置文件。- [讀 更多 Consite] |
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奶油 - http://creme.dcode.org/ 奶油(同邊管理模塊探險家為人的染色體) 是為辨認和形象化同邊管理模塊的一個工具為co 被表達或潛在co 被調控的指定的套基因。它採取作為輸入登錄號列表, 和錸- [讀 更多 奶油] |
| 果蠅DNase I 腳印資料庫 - http://www.flyreg.org/ 副本系數束縛位置資料庫被創建從DNase I 腳印的系統的文件curation 和染色體註釋為果蠅。- [讀 更多 果蠅DNase I 腳印資料庫] |
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eBioinformatics - http://www.ebioinformatics.org/ 這個站點提供幾個bioinformatics 軟體工具一起被包裝為容易的安裝在MacOSX 電腦。軟體包括NCBI 工具, 裝飾, ClustalW 、Staden 、T 咖啡和Primer3 。- [讀 更多 eBioinformatics] |
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裝飾 - http://cbrmain.cbr.nrc.ca/EMBOSS/ 工具不同的套件為順序分析的; 許多程式analagous 對GCG; 上下文相關幫助為各個工具。- [讀 更多 裝飾] |
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Eponine - http://www.sanger.ac.uk/Users/td2/eponine/ Eponine 是一個機率方法為檢測副本起動站點(TSS) 在哺乳動物的genomic 順序, 以好特異性和優秀位置準確性。- [讀 更多 Eponine] |
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風扇 - http://bioinf.man.ac.uk/cgi-bin/neil/ntfront.pl 扇動(對核□酸序列的指印分析) 搜索核□酸序列反對列印資料庫, 蛋白質指印的一件收藏品被使用分配uncharacterised 順序到知道的系列和因此推斷試探性功能。- [讀 更多 風扇] |
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FirstEF - http://rulai.cshl.org/tools/FirstEF/ 第一個Exon 定位程式(FirstEF) 是5' 終端exon 和促進者預言程式。它包括不同的有識別力的功能被構造作為判定樹。- [讀 更多 FirstEF] |
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GCUA: 圖解Codon 用量分析程式 - http://gcua.schoedl.de codon 偏心的圖解表示法- [讀 更多 GCUA: 圖解Codon 用量分析程式] |
| Gibbs 主題抽樣人員 - http://bayesweb.wadsworth.org/gibbs/gibbs.html 這個工具允許您辨認主題或被保存的地區在蛋白質或DNA 順序。- [讀 更多 Gibbs 主題抽樣人員] |
| 收割機 - http://harvester.embl.de/ 收割機為人的蛋白質提供對公共bioinformatic 資料庫和伺服器的快速訪問。結果返回作為包含被緩存的和被交互相聯的輸出從以下databases/servers 的唯一超文字標記語言頁: Uniprot/SWISSprot, ensEMBL, - [讀 更多 收割機] |
| IBM Bioinformatics 和模式發現組 - http://cbcsrv.watson.ibm.com/Tspd.html 廣泛的伺服器擁有大範圍為模式發現的工具在DNA 和蛋白質順序並且在文本裡。為多順序對準線、基因發現、蛋白質註釋, 和其它申請的工具並且存在在這臺伺服器。詳細資料- [讀 更多 IBM Bioinformatics 和模式發現組] |
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IslandPath - http://www.pathogenomics.sfu.ca/islandpath/ IslandPath 援助genomic 海島檢測在prokaryotic 染色體seqeunces, 使用功能譬如dinucleotide 偏心、tRNA 基因的G+C 、流動性基因的地點, 註釋, 等。Genomic 海島被定義這裡作為潛在horizonta 的genomic 地區- [讀 更多 IslandPath] |
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IsoFinder - http://bioinfo2.ugr.es/IsoF/isofinder.html IsoFinder 是為isochores 的預言的一個工具為一個user-supplied 順序。- [讀 更多 IsoFinder] |
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JASPAR - http://jaspar.cgb.ki.se/cgi-bin/jaspar_db.pl JASPAR non-redundant, curated 副本系數約束配置文件的收集。各個配置文件被生成從發布, 實驗被定義的eukaryotic 副本系數束縛位置。- [讀 更多 JASPAR] |
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LowComplexity - http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/low_complexity/ LowComplexity 是尋找DNA 或蛋白質順序的低複雜地區的工具。使用LowComplexity 您能搜索長式順序(染色體, 染色體) 或一套被排列的順序。這種資源並且包含連結對其它算法f - [讀 更多 LowComplexity] |
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MartView - http://www.ensembl.org/Multi/martview Ensembl EnsMart 染色體瀏覽器(MartView) 是為集成資料從Ensembl 的資料檢索和資料採集的一個工具。通過萬維網界面MartView 允許您應用一系列的補白創建可能被轉換成s - 的自定義資料集 [讀 更多 MartView] |
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MaskerAid - http://blast.wustl.edu/maskeraid/ MaskerAid 是改進對可能影響關於30 摺疊在RepeatMasker 的速度的增量當維護敏感性的RepeatMasker 。- [讀 更多 MaskerAid] |
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MatInspector - http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#matinspector 搜索潛在副本系數束縛位置在您自己的順序使用TRANSFAC 矩陣; 釋放至於非商業使用。- [讀 更多 MatInspector] |
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McPromoter - http://genes.mit.edu/McPromoter.html Markov.chain 促進者預言伺服器(McPromoter) 用途統計資料預言eukaryotic DNA 副本起動站點。- [讀 更多 McPromoter] |
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MDscan - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/MDscan/ 伺服器設計精確定位蛋白質Dna 交往站點在基本的成對級。用途芯片排列資料、詞列舉和位置特定重量矩陣更新尋找主題代表這些交往站點。- [讀 更多 MDscan] |
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MEME - http://meme.sdsc.edu/meme/website/meme.html 分析一套DNA 或蛋白質順序為相似性在他們之中和導致一個說明(主題) 為它發現的各個模式。- [讀 更多 MEME] |
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階MEME - http://metameme.sdsc.edu/ 創建主題被隱藏的Markov 設計從MEME 輸出和尋找順序資料庫符合對這個主題。- [讀 更多 階MEME] |