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發展史重建Bioinformatics 工具和軟體聯機。
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CIPRes - http://www.phylo.org/ Cyberinfrastructure 使種系發生的研究(CIPRes) 項目目標開發計算基礎設施為系統學。其它項目的目標包括提供一種中央資源啟用計算系統學和教育和traini - [讀 更多 CIPRes] |
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Codon 用量資料庫 - http://www.kazusa.or.jp/codon/ 查找GC codon 用量目錄和頻率為有一個順序在GenBank 的任何有機體。- [讀 更多 Codon 用量資料庫] |
| Joes 站點- 發展史程式 - http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html 發展史程式包全面列表, 由喬・Felsenstein, Phylip 的創建者編譯。- [讀 更多 Joes 站點- 發展史程式] |
| 兆 - http://www.megasoftware.net/ 兆(分子演變遺傳學分析) 一個軟體包為種系發生的分析以一個圖形用戶界面。它准許觀看和編輯被排列的輸入序列資料和提供為種系發生和統計ana 的許多工具- [讀的 更兆] |
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Mesquite - http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html Mesquite 是一個未結來源軟體項目被設計應付比較資料關於有機體和演變分析。Mesquite 包含模塊為種系發生的分析、人口遺傳學, 和非種系發生的多維分佈的分析。- [讀 更多 Mesquite] |
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NCBI 分類學資料庫 - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy 所有有機體的分類學分類以順序在GenBank 。- [讀 更多 NCBI 分類學資料庫] |
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NJplot - http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html NJplot 是為形象化二叉樹的一個工具譬如種系發生的結構樹從PHYLIP 程式輸出。Availiable 為幾個平臺包括視窗、MacOS 、Linux 和Solaris 。- [讀 更多 NJplot] |
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Orthologue 搜索服務 - http://dove.embl-heidelberg.de/Blast2.e/ 抨擊蛋白質順序然後執行自動化的種系發生的分析檢測orthologous 順序。- [讀 更多 Orthologue 搜索服務] |
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PHYLIP - http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html 程式全套為種系發生的分析; 可利用為個人電腦和Mac; 來源代碼可利用為容易編譯在UNIX 。- [讀 更多 PHYLIP] |
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PhyloBLAST - http://www.pathogenomics.bc.ca/phyloBLAST/ 抨擊蛋白質順序, 那麼執行自動化的種系發生的分析在命中或在被加載的順序; 基於PHYLIP 的分析。- [讀 更多 PhyloBLAST] |
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PHYML - http://atgc.lirmm.fr/phyml/ Phyml 是修建種系發生的結構樹從順序對準線運用最大概似法方法的程式。- [讀 更多 PHYML] |
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Puzzleboot - http://hades.biochem.dal.ca/Rogerlab/Software/software.html#puzzleboot Puzzleboot 是UNIX shell script 程式促進引導分析使用TREE-PUZZLE 和PHYLIP 。它提高TREE-PUZZLE 由允許你分析多資料集, 和可能被使用為蛋白質和DNA 距離引導分析。- [讀 更多 Puzzleboot] |
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Ribosomal 資料庫項目 - http://rdp.cme.msu.edu/ 高curated 被排列的和附註的rRNA 順序資料庫以伴隨發展史; 資料可利用為下載。- [讀 更多 Ribosomal 資料庫項目] |
| 生活結構樹 - http://phylogeny.arizona.edu/ 多被創作的項目嘗試代表聯機生活整個發展史在地球上。- [讀 生活 更多結構樹] |
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TREE-PUZZLE - http://www.tree-puzzle.de/ 結構樹難題是修建種系發生的結構樹從順序對準線運用最大概似法方法的程式。- [讀 更多 TREE-PUZZLE] |
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TreeJuxtaposer - http://olduvai.sourceforge.net/ TreeJuxtaposer 是承認二個結構樹一個視覺比較在Newick 格式化的一個免費軟體工具(發展史、taxonomies 、基因結構樹, 等) 。它可能運作與結構樹有500,000 個節點, 和自動計算和標記差額。- [讀 更多 TreeJuxtaposer] |
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TreeView - http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html 生成結構樹好的圖像; 讀多個結構樹文件格式; 可利用為下載對Mac 或個人電腦。- [讀 更多 TreeView] |
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UCMP 發展史翼 - http://www.ucmp.berkeley.edu/exhibit/phylogeny.html "生活發展史分集通過時間" 是一個聯機展覽在加州大學古生物學網站博物館。有簡介對phylogenetics 和cladistics, 並且您能駕駛通過一個非常情報種系發生的結構樹r - [讀 更多 UCMP 發展史翼] |
| 瞭解的演變 - http://evolution.berkeley.edu/evosite/evohome.html 意想不到站點為teaching/understanding 演變- [讀 更多 瞭解的演變] |
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Weighbor - http://www.t10.lanl.gov/billb/weighbor/index.html Weighbor 是為編譯種系發生的結構樹的一個工具從距離矩陣。它使用更加長式的距離在矩陣被測量較少重量鄰居連接的方法的一個被衡量的版本。- [讀 更多 Weighbor] |
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