Bioinformatics, 協議, DNA 核糖核酸蛋白質Proteomics
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5月每位年輕科學家記住和不是不保持他的眼睛未結為可能性, 他的用具的一個惱人的故障給一致的結果也許在一生一兩次隱瞞一個重要發現。~Patrick Blackett (英國的物理學家1897-1974)
比較genomics 是關係的研究在另外種類染色體或張力之間。比較genomics 是行動在染色體的企圖利用資訊由選擇簽名提供瞭解功能和演變進程。當這是仍然一個年輕域, 它擁有巨大承諾產生洞察入許多現代種類的演變的方面。純粹資訊量被包含在現代染色體(幾十億字節在人情況下) 需要, 比較genomics 方法是主要計算的在本質裡。基因查找像發現在新建上是比較genomics 的一個重要申請, 染色體的非編制程式功能要素。
比較genomics 利用在不同的有機體的蛋白質、核糖核酸, 和管理地區上的相似性和差額推斷怎麼選擇行動了在這些要素。負責對相似性在另外種類之間的那些要素應該被保存通過時間(穩定的選擇), 當那些要素負責任對差額在種類之中應該分歧(正選擇) 。終於, 是不重要的對有機體的演變成功的那些要素將是unconserved (選擇是中立的) 。
辨認eukaryotic 染色體演變結構由比較genomics 是域的當中一個重要目標。它然而由發生了在各自的後裔過程中的歷史記錄, 留給只被變形的和被�&加的跟蹤在各個生存有機體染色體活動的多樣性經常複雜化。因此小模式的比較genomics 研究有機體(例如酵母) 是重要性推進對演變常規結構的我們的瞭解。
來離對查找很遠功能蛋白質的其首字母用途, 比較genomics 現在集中查找管理地區和siRNA 分子。最近, 它被發現, 遙遠地相關種類共用長期經常保存了不看上去對任何蛋白質編碼的舒展DNA 。它是未知的此時什麼為功能服務這樣超被保存的地區。
對染色體比較的計算途�&最近成為了公用研究事宜在電腦科學方面。電腦輔助的數學的發展(使用產品譬如Mathematica 或Matlab) 幫助工程師、數學家和電腦學家開始運行在這個域, 和案例研究和演示的一件公共收藏品是生長, 範圍從整體染色體比較對基因表達分析。這增加了不同的想法的簡介, 包括概念從系統和控制、資訊理論、線性分析和資料採集。它被期望, 計算途�&將成為和將依然是標準事宜為研究和教學, 當學員流利在兩事宜開始形成在多條路線被創建在過去幾年。
演變被保存的地區並且告訴的ECRs 為短小是(順序通常DNA 的地區) 被映射與其它染色體排列並且被保存。
ECRs 在染色體的對準線之內被存在在這個圖解瀏覽器, 描述和顏色編碼ECRs 關於知道的基因附註了在基本的染色體。' 劫掠ECR ' 功能允許用戶迅速地提取對應於任一個ECR 的順序, 形象化部下的順序對準線並且/或者辨認被保存的副本系數束縛位置。
ECR 瀏覽器 是為演變關係的形象化和研究的一個新建動態完全染色體定位工具在脊椎動物和非脊椎動物染色體之間。ECR 瀏覽器經常被更新包括最近可利用的程式化的染色體(當前: 人、狗、滑鼠、匯率、雞、青蛙二pufferfish (Fugu 和Tetraodon), zebrafish, 和6 fruitflies) 。Ovcharenko 、M.A. Nobrega, G.G. Loots, 和L. Stubbs ECR Browser: 為形象化和存取資料的一個工具從多脊椎動物的染色體核酸研究比較, 32, W280-W286 (2004)
ECRbase 是演變被保存的地區(ECRs), 促進者, 和副本系數束縛位置資料庫在脊椎動物的染色體被創建使用ECR 瀏覽器對準線
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