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基因本體論是
hyperfunctional siRNAs的選擇與被改進的有力和特異性的。 相關條款
hyperfunctional siRNAs的選擇與被改進的有力和特異性的。
核酸Res。 10月2009日21日;
作者： Wang x， Wang x， Varma RK， Beauchamp L， Magdaleno S， Sendera TJ
在核糖核酸干涉(RNAi)實驗的一個關鍵措施將設計可能非常地減少目標抄本的表達式的小的干涉的RNAs (siRNAs)，但是不其他不願意的目標。 雖然多種統計和計算途徑被嘗試了，這保持挑戰飾面RNAi研究員。 這裡，我們介紹siRNA設計的一個新的實驗被驗證的方法。 通過分析公共siRNA數據和著重hyperfunctional siRNAs，我們識別一套順序功能，有力選擇標準建立與支持向量設備的一個siRNA設計算法。 另外的分析複雜生物資料的學科補白在算法也包括增加RNAi特異性通過減少潛在的順序交叉雜交或microRNA像作用。 獨立驗證實驗執行，表明最近被設計的siRNAs顯著改進了性能，并且有效工作甚而以低濃度。 此外，我們基本存儲單元的研究顯示出，顯著減少了siRNA目標作用，當siRNAs被提供了到電池以3毫微米濃度與30毫微米比較。 因此，因為這些siRNAs可以使用以更低的濃度，選擇高度有力siRNAs的我們新的設計程序的功能也回報增加的RNAi特異性。 siRNA設計Web服務器是可用的在http://www5.appliedbiosystems.com/tools/siDesign/。
PMID ： 19846596 [PubMed -如供應發布人]
使用SCIMMkit的複製號碼差異的被瞄準的審訊。
分析複雜生物資料的學科。 10月2009日21日;
作者： Zerr T，木桶匠GM， Eichler EE，尼克松DA
彙總： 複製編號變形(CNVs)充分地對人力genomic準確和高效率的方法的分集和發展有用genotyping的CNV的是在測試人力基因型表現型關聯的一個主要問題。 SCIMMkit為CNVs的被瞄準的審訊提供三個以前被驗證的算法的一次穩健，集成實施(SCIMM， SCIMM搜索和偵察員)使用Illumina Infinium II和GoldenGate SNP檢驗。 SCIMMkit是可適用的對標準化的染色體範圍內的SNP列陣和自定義的多路傳輸的SNP面板，提供經濟、在實驗設計的效率和靈活性。 可用性： 來源代碼和說明文件是可用的為非商業使用在http://droog.gs.washington.edu/scimmkit。 聯絡： troyz@u.washington.edu補充情況： 附加數據在線是可用的在分析複雜生物資料的學科。
PMID ： 19846438 [PubMed -如供應發布人]
丙型肝炎病毒NS5A自然遺傳工程免疫系統還擊的。
安N Y Acad Sci。 10月2009日; 1178年：173-85
作者： El Hefnawi MM， El Behaidy WH， Youssif AA， Ghalwash AZ， El Housseiny LA， Zada S
丙型肝炎病毒不用於結構上的5A (NS5A)蛋白質是與不同的功能的親水磷蛋白質。 使用DOMAC， NS5A的域分配被精煉使用一系統在silico分析複雜生物資料的學科途徑，蛋白質分開成三個域使用ProDom和SSEP服務器，并且域III細分到二subdomains。 使用階服務器3D陪審員，域的摺疊結構II和III預測。 掃描主題數據庫(聰明，塊和PROSITE)產生新的主題。 二個重要主題， interleukins 1和8交往主題，與在誘導interleukin 8促進者的NS5A功能相關，從塊掃描被發現了。 蛋白質蛋白質交往主題預測作為熱循環和混亂的地區，與與ds蛋白質激酶R，病毒聚合酶和Src同源的約束地區相應束縛主題的3發信號的蛋白質。 其他熱循環預測在V3區域和在single-stranded脫氧核糖核酸束縛的蛋白質主題。 NS5A蛋白質導致免疫系統信號官能不良的不同的結構指向此蛋白質自然遺傳工程。
PMID ： 19845637 [PubMed -在進程中]
人力ADFP基因是一個直接LXR目標基因和有差別地調控由綜合LXR配合基。
Mol Pharmacol。 10月2009日20日;
作者： Kotokorpi P， Venteclef N， Ellis E， Gustafsson JA，模式A
表達式adipocyte分化相關蛋白質(ADFP)，位於油脂小滴表面，相互關係對肝肥胖存貯。 在新陳代謝的紊亂的結果和處理中，包括肝皮脂腺病，獲取關於人力ADFP基因的管理規定的知識是必要的。 核感受器官肝臟X感受器官(LXR)是肝脂肪酸生物合成和膽固醇同態一個關鍵管理者和一個潛在的藥物目標。 這裡，我們報告二個綜合LXR配合基不同地調控人力ADFP表達式。 部分LXR收縮筋GW3965極大導致在人力主要肝細胞的ADFP表達式，而充分的收縮筋T0901317不。 分析複雜生物資料的學科分析顯示了幾個潛在的LXREs回應要素(LXREs)在人力ADFP基因。 通過使用染色質免疫沉澱反應(芯片)和luciferase申報人檢驗，我們顯示LXR，在與GW3965的刺激，通過束縛直接地調控人力ADFP副本對位於3 (『) UTR和5的LXREs (』) -側的地區。 配合基被刺激的LXR補充與核糖核酸聚合酶II的補充和對顯示出的促進者區域的coactivators CBP/p300相關被識別的LXREs工作和能導致副本。 而且，我們的結果表示， hexamer重複的順序身分在DR4要素的不是滿足確定要素是否束縛或沒有束縛LXR。 部分收縮筋GW3965特別地調控ADFP基因副本，并且我們的數據證明，二個綜合LXR收縮筋，常用在實驗研究，可能有差別地調控基因表達。 這有配藥瞄準的涵義LXR。
PMID ： 19843633 [PubMed -如供應發布人]
Pathema ： 病原生物研究一個clade特定分析複雜生物資料的學科資源中心。
核酸Res。 10月2009日20日;
作者： Brinkac LM， Davidsen T，小河E， Ganapathy A， Caler E， Dodson RJ， Durkin， Harkins DM， Lorenzi H， Madupu R，塞巴斯蒂安Y， Shrivastava S， Thiagarajan M， Orvis J， Sundaram JP， Crabtree J， Galens K，趙Y， Inman JM，蒙加馬利R， Schobel S， Galinsky K， Tanenbaum DM， Resnick A， Zafar N，空白O， Sutton G
Pathema (http://pathema.jcvi.org)是(NIAID)被設計的國家學院(BRCs)資助的之一八個分析複雜生物資料的學科資源中心過敏和傳染病起一種核心資源作用對於生物防禦和傳染病研究團體。 Pathema努力支持基礎研究和加速瞭解，檢測，診斷和對待的被設立的套科學進展六目標NIAID類別A-C病原生物： 類別A優先級病原生物; 桿菌anthracis和肉毒桿菌和類別B優先級病原生物; Burkholderia錘骨、Burkholderia pseudomallei，突破芽孢梭菌和內阿米巴屬histolytica。 每目標病原生物在被開發的四明顯的clade特定Pathema萬維網資源和基礎數據庫之一中表示瞄準每科學界的特定數據和分析需要。 種系發生相關有機體所有公共可用的完全染色體項目也表示，提供有機體的全面收藏為比較分析。 Pathema通過其與基於web的分析工具的綜合化實現genomic和相關數據的科學探險，自定義得到，顯示和計算結果與持續的病原生物研究有關。 Pathema通過傳播數據服務生物防禦和傳染病研究團體起因於排序項目和提供存取對於相互genomic比較的結果的病原生物染色體為這些有機體。
PMID ： 19843611 [PubMed -如供應發布人]
通用蛋白質資源(UniProt)在2010年。
核酸Res。 10月2009日20日;
作者：
UniProt的主要任務是支持生物研究通過維護穩定，全面，充分地分類，富有地，并且準確地附註的蛋白質順序信息庫，與廣泛的參照和查詢自由地連接可訪問對科學界。 UniProt是由包括從歐洲分析複雜生物資料的學科學院的UniProt財團生產的(EBI)，分析複雜生物資料的學科(SIB)瑞士學院和蛋白質信息資源(PIR)的組。 UniProt包括四個主要元件，為不同的使用優選的中的每一個： UniProt存檔、UniProt信息庫、UniProt參考字符串和UniProt Metagenomic和環境順序數據庫。 UniProt更新并且分配了每3個星期，并且可以為在http://www.uniprot.org的搜索或下載在線被獲取。
PMID ： 19843607 [PubMed -如供應發布人]
TriTrypDB ： Trypanosomatidae的一種功能genomic資源。
核酸Res。 10月2009日20日;
作者： Aslett M， Aurrecoechea C， Berriman M， Brestelli J， Brunk BP， Carrington M， Depledge DP， Fischer S， Gajria B，高x， Gardner MJ， Gingle A，格蘭特G， Harb OS， Heiges M，赫茲捕野禽者C，休斯敦R， Innamorato F， Iodice J，基辛格JC， Kraemer E，李W，搖石FJ，米勒JA， Mitra S， Myler PJ， Nayak v， Pennington C，帕納我， Pinney DF， Ramasamy G，羅傑斯MB， Roos DS，羅斯C， Sivam D，史密斯DF， Srinivasamoorthy G， Stoeckert CJ， Subramanian S， Thibodeau R， Tivey A， Treatman C， Velarde G， Wang H
TriTrypDB (http://tritrypdb.org)是提供存取對於的一個綜合數據庫染色體稱kinetoplastid寄生生物和支持的研究與開發需要驅動的各種各樣的複雜查詢數據集。 TriTrypDB是一個合作項目，使用真核狀態的病原生物分析複雜生物資料的學科資源中心開發的GUS/WDK計算基礎設施(EuPathDB.org)集成染色體註釋和分析從GeneDB和在別處與可用各種各樣的功能染色體組的數據集使成為由全球研究團體的成員，經常前發行。 目前， TriTrypDB集成從Leishmania braziliensis、L. infantum、L.少校、L. tarentolae、Trypanosoma brucei和T. cruzi的數據集。 用戶可能檢查各自的基因或染色體範圍在他們的genomic環境，包括與其他kinetoplastid有機體的syntenic對準線。 在TriTrypDB之內的數據可以被詢問使用使用戶修建結合多個數據類型的複雜查詢的一個複雜的搜索策略系統。 存儲所有搜索策略，允許將來的存取和集成的搜索。 『用戶備注』可能被添加到所有基因頁，提高可用的註釋; 這樣備注變得立即搜查通過文本搜索和被轉接给並網的館長到參考註釋，若適合。
PMID ： 19843604 [PubMed -如供應發布人]
尾標停住的蛋白質的亞細胞配電器在Arabidopsis的。
業務量。 9月2009日17日;
作者： Kriechbaumer v，蕭伯納R， Mukherjee J， Bowsher CG，哈里遜上午， Abell BM
摘要尾標停住的(TA)蛋白質功能在真核狀態的電池的關鍵蜂窩電話進程中，例如泡交易，蛋白質副本的遷移和管理規定。 他們停住到內部細胞膜由C終端橫跨膜域，也擔當一個瞄準的順序。 瞄準通過是特定的對前體，做TA蛋白質調查的過帳平移蛋白質瞄準一個模型系統的路發生過帳平移。 分析複雜生物資料的學科途徑以前被用於識別在酵母和人的潛在的TA蛋白質，一點知道關於TA蛋白質在工廠中。 工廠TA蛋白質的確定對擴大過帳平移模型系統對質體，除通用proteome描述特性之外和在其他有機體分析的功能同源染色體的確定是重要。 我們識別可能地輸入在Arabidopsis的TA蛋白質的454個所在地，并且與新的本地化的聯合的發布數據試驗分配本地化到130蛋白質，包括29與質體相關。 通過分析被分析的蛋白質尾標錨點順序，我們發展了為預測本地化的一個工具并且估計138 TA蛋白質局限化對質體。
PMID ： 19843281 [PubMed -如供應發布人]
