蛋白质协议

蛋白质百科全书

蛋白质亚细胞本地化

蛋白质本地化重要因为蛋白质功能也许地方化对特定面积在电池里面或在蜂窝电话细胞器之内。这些bioinformatic 程序和数据库包含信息和能预言何处蛋白质也许地方化根据了信号顺序或本地化顺序被包含在蛋白质之内。也参见我们的连结目录- 类别蛋白质亚细胞本地化Bioinformatic 工具

有趣的蛋白质本地化纸: 预言的蛋白质亚细胞本地化: 通过, 存在, 和远期。

蛋白质亚细胞本地化数据库和亚细胞预言为:

真核

鼠标(Mus Muscularis)

工厂(Arabidopsis)

细菌(Prokaryotes - Gram-positive 和负)

也参见我们的连结目录- 类别蛋白质亚细胞本地化

常规Eukaryotic 蛋白质亚细胞本地化数据库:

DBSubLoc - 蛋白质亚细胞本地化数据库

ESLPred (Bhasin 和Raghava 2004) 用途支持传染媒介设备和PSI-BLAST 分配eukaryotic 蛋白质到中坚力量、mitochondrion 、细胞质, 或细胞外空间。

亚细胞本地化预言LOCHom 数据库根据顺序同源。当前预言蛋白质的亚细胞本地化从以下数据库: SWISS-PROT 蛋白质、Arabidopsis thaliana (工厂), Caenorhabditis elegans (蠕虫), 果蝇melanogaster (飞行), Mus musculus (鼠标), 和Homosapiens (人的) 亚细胞蛋白质本地化数据库。

HSLpred (Bhasin 等2005) 是运用支持传染媒介设备和PSI-BLAST 生成预言为4 个本地化站点为人的蛋白质的本地化预言工具。

LOCSVMPSI (Xie 等2005 年, NAR 在按里) 是合并演变信息其预言的一个eukaryotic 本地化预言方法。方法使用PSI-BLAST 和支持传染媒介设备生成预言为12 个本地化站点。

被预言的亚细胞本地化LOC3d 数据库为eukaryotic PDB 链子。亚细胞本地化当前被预言运用四个不同的方法: predictNLS (核本地化信号), LOChom (使用同源), LOCkey (使用关键字) 并且LOC3d (神经网络基于的预言) 。被报告的本地化根据预言指定的蛋白质本地化有最高的信心的方法。

LOCtree (Nair 和Rost 2005) 。LOCtree 是一个eukaryotic 和prokaryotic 本地化预言工具可利用在立方体站点。本地化预言数据库由CUBIC's 服务器做是还可利用的和下述。

NucPred (Heddad 等2004) 使用核本地化信号出现被辨认通过一个基因编程的算法作为其分类方法的基本类型。

Predotar 被设计预言线粒体和plastid 出现瞄准肽在工厂顺序。

predictNLS (Cokol 等2000) 使用核本地化信号主题预言是否蛋白质也许地方化对中坚力量

PSLT (斯科特·等2004) 是预言人的蛋白质本地化根据motif/domain co 出现时间的一个贝叶斯network-based 方法。工具不线上可以得到, 然而其预言为9793 人的蛋白质在SWISS-PROT 是可利用的为下载从PSLT 站点。

pSLIP (Sarda 等2005) 用途支持传染媒介设备和氨基酸多个physiochemical 属性分配eukaryotic 蛋白质到六个本地化站点的当中一个。

Proteome 分析员的亚细胞本地化服务器 (Lu 等2004) 这台专业服务器可利用在便士Proteome 分析员站点能分类Gram-negative, Gram-positive, 真菌、植物和动物蛋白质对许多本地化站点。预言数据库是还可利用的和下述。

pTARGET (Guda 和Subramaniam 2005) 使用氨基酸构成和本地化特定Pfam 域分配eukaryotic 蛋白质到九个本地化站点的当中一个。

蛋白质漫游者 (Boden 和Hawkins 2005) 象分泌分类eukaryotic 瞄准的信号, mitochondrion, 叶绿体或其他。

PSORTII

SecretomeP (Bendtsen 等2004) 预言被藏匿通过一个非传统的分泌结构的eukaryotic 蛋白质。

SignalP (Bendtsen 等2004) 预言传统N 终端信号肽在prokaryotic 和eukaryotic 蛋白质里。

SubLoc (华和太阳2001) 用途支持传染媒介设备分配prokaryotic 蛋白质到细胞质, periplasmic, 或细胞外站点, 和eukaryotic 蛋白质到细胞质, 线粒体, 核, 或细胞外站点。SubLoc 的一个被修改的版本使用在PSORT-B v.1.1 区分细胞质和非细胞质蛋白质。

TargetP (Emanuelsson 等2000) 预言信号肽、叶绿体运输肽、和线粒体瞄准的肽为植物蛋白, 和信号肽和线粒体瞄准的肽出现出现为eukaryotic 蛋白质。

鼠标蛋白质亚细胞本地化数据库:

位于是a curated 安置数据描述蛋白质膜组织和亚细胞本地化从RIKEN FANTOM3 鼠标蛋白质顺序集的数据库。膜组织由高生产量, 计算管道通知单预言。亚细胞地点由手工复核确定了由高生产量, 基于萤光免疫检验法的检验和同辈被复核的发行。