Bioinformatic工具能预测蛋白质的结构在2维数(第2)或三维数(三维)。 这可能不是蛋白质，然而它是预测酶口袋的一个好起点和蛋白质蛋白质交往域的实际结构的一个实际表示。 使用X-射线结晶学技术，在预测以后，蛋白质结构的确认可以做。
(为第2个预测请参见我们的蛋白质构建预测Bioinformatic工具数据库;
并且蛋白质结构预测Bioinformatic用工具加工三维预测的数据库。; 并且我们的检索蛋白质结构数据的数据库从三维的数据库。
实验数据在预测蛋白质结构可以被用于帮助。 下列是在蛋白质结构分析可能帮助的实验：
-二硫键的本地化(提供严密的克制在半胱氨酸的地点在空间的)
-可能产生提示向二级结构结构的您的蛋白质利益的分光学数据
-站点可能给予重要洞察力残滓是重要的在酵素或蛋白质蛋白质配合的束缚位置或者域的有效的站点的处理的突变形成实验， (替代胺基代丙酸丙氨酸用多种氨基酸然后检查蛋白质的功能)。
-得到过帐平移modifictions实验数据(即磷酸化和glycosylation站点可能建议一定是外部可访问的和可能因而是表面残滓)的残滓
-蛋白水解的分裂站点。
记住此数据，当执行蛋白质结构的预测是重要的时，作为此是证明的experimentally.0的结构上的数据
问题结构预测是否与实验结果一致。 这可能测试预测的蛋白质结构的正确性。
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