Bioinformatics, 协议, DNA 核糖核酸蛋白质Proteomics
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也参见蛋白质主题Bioinformatic 工具我们的连结数据库
蛋白质主题和域是蛋白质的重要因为他们提供线索至于蛋白质的posible 功能, 并且可能的交往。如果蛋白质例如有一个域为DNA 捆绑, 您会预言那, 蛋白质也许行动由束缚对DNA 顺序。
附注关于蛋白质主题和蛋白质域数据库搜索: 多数蛋白质是模件以几个域。 如果您的蛋白质或未知的proteni 与蛋白激酶是最相似, 这不一定意味, 这是激酶- 它是可能的二蛋白质共享几个其它域(ie. 几个SH3 域) 。
参见蛋白质主题Bioinformatic 工具我们的连结数据库
CDD 被保存的域数据库。蛋白质经常包含几个模块或域, 每个以分明演变始发地和功能。NCBI's 被保存的域数据库是多顺序对准线的一件收藏品为古老域和全长蛋白质。CD 搜索服务可以被使用辨认被保存的域当前在蛋白质查询顺序。
CDD 键盘检索 搜索被保存的域数据库由Keyword 在Entrez Pubmed 。
InterPro InterPro 是蛋白质系列数据库, 域并且可识别的功能查找在知道的蛋白质里的功能站点可能向未知的蛋白质顺序被应用。
PROSite PROSITE 是蛋白质系列和域数据库。它包括生物帮助可靠地辨认对的重大站点、模式和配置文件哪个知道的蛋白质系列(若有) 一个新建顺序属于。
Pfam Pfam 是多顺序对准线和被隐藏的Markov 设计的大收藏量包括许多公用蛋白质域。Pfam 版本7.7b (2002 10月) 包含对准线和设计为4832 个蛋白质系列, 根据Swissprot 40 和Sp TrEMBL
ProDom 蛋白质域数据库
PairsDB 自动域分解算法(ADDA) 使用生成蛋白质域系列数据库以所有蛋白质顺序完全覆盖范围。顺序被分裂成域并且域被编组入蛋白质域系列在一个完全地自动化的进程中。当前数据库包含域为超过1.5 百万个顺序在超过40 000 个域系列。特别是, 有与不重叠curated 域数据库Pfam 、SCOP 和InterPro 的3828 个新颖的域系列。数据isfreely 可利用为下载和查询通过万维网界面。参见:
PairsDB 域系列搜索
PairsDB 域系列浏览
打印 打印是蛋白质指印纲要。指印是一个组被保存的主题使用描绘蛋白质系列; 其诊断力量由瑞士PROT/TrEMBL 综合的迭代扫描提炼。通常主题不重叠, 而是被分离沿顺序, 虽然他们也许是接触的在3D 空间。指印比能选拔主题可能更加灵活地和强大输入蛋白质折叠和功能, 充分的诊断有力派生从相互环境由主题邻居提供。
命中主题扫瞄 命中 是一个自由数据库致力于蛋白质域。这并且是工具的一件收藏品为关系的调查的在蛋白质顺序和主题之间被描述在他们。这些主题由预报因子的一件异种收藏品定义, 当前包括正则表达式、广义配置文件和被隐藏的Markov 设计
巧妙的 简单模件结构研究工具。 目标: 允许域的自动确定和注释在user-supplied 蛋白质顺序。
PROClass ProClass 数据库是一个non-redundant 蛋白质数据库被组织根据系列关系依照由ProSite 模式和PIR superfamilies 集体定义。ProClass 数据库可能促进蛋白质系列情报检索, 揭幕域和系列关系, 并且分类multi-domained 蛋白质, 由结合全球和主题相似性入一份唯一系列组织计划。
日内瓦大学的 ExPASY 瑞士PROT 搜查的索引分子生物学服务器: 包含SWISS-PROT 搜查的索引。
ExPASY PROSITE PROSITE 是蛋白质系列和域数据库。它包括生物帮助可靠地辨认对的重大站点、模式和配置文件哪个知道的蛋白质系列(若有) 一个新建顺序属于。
TIGRFAM 数据库 是蛋白质系列根据被隐藏的Markov 设计或HMMs 。
eMotif 搜索 eMOTIFS 从多顺序对准线被派生在BLOCKS+ 数据库。
主题: 能搜索多个数据库包括: PROSITE 模式, PROSITE 配置文件, 块, ProDom, 打印, Pfam, Pfam_fs 为片段, 和一个用户定义的配置文件图书馆。
HMM 搜索 - 主题搜索蛋白质顺序使用蛋白质域Pfam-A 数据库- Sanger 中心(英国) 。
HMM 搜索 - 主题搜索蛋白质顺序使用蛋白质域Pfam-A 数据库- WUSTL (美国) 。
帆柱 - 主题对准线和搜索工具- Pasteur 安装(法国) 。
MEME - 多个EM 为主题Elicitation - Pasteur 学院(法国) 。
主题 - 模式搜索服务- 衣阿华状态U (美国) 。
PatternFind - 顺序模式搜索模式搜索的几个数据库包括: 瑞士Prot, TrEMBL,
瑞士Prot 接合变形, trEST, trGEN,
trome, 当前ENSEMBL 肽为所有种类, 微生物完全proteomes, RefSeq 释放, RefSeq 每周更新, PATTINPROT - 查询顺序模式搜索- 波兰人生物Informatique Lyonnaise (法国), Pratt2.1 - 模式发现工具, 普拉特- U 赫尔辛基(芬兰), 普拉特- Pasteur 安装(法国), 普拉特- 安装Informatik-U Bergensis (挪威), 普拉特- EBI (英国) 。
PROSITE - 配置文件主题搜索ProSite 数据库。
PROSITE 搜索 - Genestream - IGH 蒙彼利埃(法国) 。
ScanProsite - 扫描蛋白质顺序反对PROSITE DB - ExPASy (瑞士) 。
PHYTOPROT 常规程序在PHYTOPROT 之后包括在进行(想像) 蛋白质顺序"所有由所有" 比较以BIOFACET 软件, 编译顺序(Mohseni-Zadeh 等, Recomb 2003) 字符串根据他们的相似性并且最终显示2a la Prodom 域共享由顺序在各个字符串
Integr8 Arabidopsis Thalania 提供关于蛋白质的信息使用键盘检索。包含域信息在搜索之内。
寄生生物主题搜索 寄生生物主题数据库。数据库: 所有Leishmania, Leishmania 专业Friedlin, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, 所有Crithidia, 所有kinetoplastids, 变形体falciparum, 所有变形体, 弓形体gondii, 所有Apicomplexa, 所有Schistosoma, 所有Filarioidea 。
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