Bioinformatics, 协议, DNA 核糖核酸蛋白质Proteomics
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蛋白质和抗体Microarrays
二主要蛋白质芯片格式化现在被使用, 包括载玻片和nanowells (8,27) 。 由于很多个幻灯片紧持方法只最公用和最主要的型将被提及在这儿。
它重要, 蛋白质芯片保留蛋白质在活动状态在高密, 是与多数商业arrayers 和扫描器兼容, 和可能被打印在这样时尚, 蛋白质保留在一个被润湿的环境(8,27) 。(参见图2) 。
载玻片芯片
载玻片有好处, 他们是与标准microarray 设备和检测设备兼容被使用为DNA 芯片。 他们是还低廉的。 多数研究现在使用载玻片。 但是, 他们有一种高蒸发费率和是易受可能的cross-contamination (8,27) 。
第一方法为蛋白质列阵的创建在玻璃由Mirzabekov 等开发了。 列阵由固定的蛋白质引起了在附有玻璃表面的微小的胶凝体口袋里。 各种各样的immunoassays 、抗原检测, 和酶检验被执行了。 由于3D 矩阵结构, 蛋白质钳制是非常高效率的(28-30) 。
在其它研究中, 蛋白质附有了玻璃表面被激活与起反应与主要胺物的交互相联的座席(31) 。 蛋白质被察觉了在保留蛋白质在一个湿环境和防止失水的40% 丙三醇解决方法。 确定, 他们的蛋白质microarrays 是可行的为生物化学的检验, 他们测试三已知的蛋白质蛋白质交往、三种已知的激酶基体回应, 和三已知的蛋白质ligand 交往使用fluorophore 被标记的蛋白质、radiolabeled ATP, 和综合ligands 被耦合对fluorescently 被标记的迟钝的清液白蛋白(BSA), 各自地。 在大多实验, 他们辨认一个唯一地点在一一些10,000 个地点之内包含一其它蛋白质的很小数量的蛋白质被察觉了然而在一个实验。 这个工作展示了蛋白质microarrays 潜在在大规模生物化学的检验然而他们的研究分析蛋白质的一个非常小编号并且小说活动未被辨认。
其它研究使用了载玻片为几蛋白质抗原的检测。 Analytes 被察觉了被对待的玻璃表面在高密使用一个手察觉的设备或一个microarray 机器人。 被察觉的analytes 被检测了使用抗体附有低聚核苷酸底漆和辗压圈子放大作用回应。 技术有一种高敏感性、一个宽力学范围, 和优秀地点对地点增殖率
(32) 。
多数组直接地现在排列蛋白质并且抗体无格式载玻片(31,33-35) 并且察觉被执行在一个湿气受控环境里(8) 。
Microwell/Nanowell 芯片
与标准microarray 和检测设备然而对准线兼容被要求。 这个方法是versatible 为基于解决方法的检验和多要素回应。 蒸发被减少并且没有cross-contamination 。 并且这些芯片是相对地低廉的(8,27) 。
朱·等, 被制造一个未结结构, 即nanowells 在polydimethylsiloxane (PDMS) 表面由标准载玻片(36) 支持。
这些芯片包括一一些microwells 在一个一次性的硅树脂弹性体, poly(dimethylsiloxane) (PDMS) (37) 。Microwell 列阵允许不同的analytes 的小数量密集地被包装在一块唯一芯片, 依然是实际分离在随后成批处理期间。蛋白质共价地附有了井使用crosslinker 3-glycidoxypropyltrimethoxysilane (GPTS) (38) 。
被获取的分子可能从nanowells 容易地被收回。 当用金子盖在nanowells, 它被预计, 高生产量质量光谱和表面plasmon 共鸣分析可能执行。 specialzed 设备必需装载nanowells 在高密这个技术的最伟大的不利是(8,27) 。
其次: 蛋白质和抗体附件方法- Microarray 芯片的创建
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