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Multimarker 多个平台的分析和归咎合并根据了染色体... 关系了条款

Multimarker 多个平台的分析和归咎合并根据了染色体宽关联研究。

Bioinformatics 。10 7月2008 日;

作者: 荷马N, Tembe WD, Szelinger S, Redman M, Stephan DA, Pearson JV, 纳尔逊SF, Craig D

汇总: 为许多染色体宽关联(GWA) 学习单独地genotyping 一百万或更多SNPs 提供在覆盖范围的一个少量的增量在坚固费用。许多信息被获取重复归结于相关性结构固有在人的染色体。合并基于的GWA 研究能极大有益于由运用这多余减少噪声, 改进观察的准确性, 和增加genomic 覆盖范围。我们介绍相关性评定在单独genotyping 和合并之间, 在同样结构之下, r(2) 提供联结失衡评定在成对SNPs 之间。我们然后报告支持相关性结构在SNPs 之间在人的染色体增加合并基于的GWA 研究效力的一个新建non-haplotype multimarker 多所在地方法。我们首先给我们的multimarker 方法的理论结构和派生。其次, 我们评估模拟使用这个multimarker 途径与唯一标记分析比较。终于, 我们实验评估我们的方法使用HapMap 单个不同的群在Illumina 450S 二重奏、Illumina 550K, 和Affymetrix 5.0 平台为一个联合的总额1,333,631 SNPs 。我们的结果表示, 对multimarker 分析的用途比唯一标记分析使噪声特定降低到合并基于的研究, 考虑到多个microarray 平台的高效率的综合化, 和提供更加准确的评定意义。额外, 这个途径可能被扩大考虑到归咎关联意义为SNPs 不直接地被观察使用邻居SNPs 在联结失衡。这个multimarker 方法可能现在使用有效地完成基于合并的GWA 研究以多个平台一百万SNPs 和归咎邻居SNPs 被衡量为信息损失由于合并。补充信息: 补充数据是可利用的在Bioinformatics 联机。

PMID: 18617537 [ PubMed - 依照按发布人供应]

估计CMT 电池线路稳定由二维聚丙烯酰胺胶凝体选举... 关系了条款

估计CMT 电池线路稳定由二维聚丙烯酰胺胶凝体电泳法和质量光谱根据了proteome 分析。

J Proteomics 。21;71(2):160-167 7月2008 日

作者: 张K, Wrzesinski K, Fey SJ, Mose 拉尔森P, 张X, Roepstorff P

二维聚丙烯酰胺胶凝体电泳法(第2 页) 被蛋白质的质量光计测定的确定跟随在蛋白质地点成为了一个中央工具在proteomics 。CMT167(H), CMT64(M) 和CMT170(L) 电池线路, 从自发鼠标肺腺癌被挑选, 以高-, 中间或低变形的潜在被描绘了得in-vivo 。在这项研究中, CMT 电池线路的全面蛋白质表达式配置文件被分析在段落5, 15 和35 为了估计电池线路稳定。在段落5 到15 期间, CMT 电池表达式配置文件依然是合理地稳定依照由只0.7%, 3.9% 和1.1% 蛋白质见证各自地被更改在CMT167(H), CMT64(M) 和CMT170(L) 。但是, 有差别地表达的蛋白质的数量可观地被增加了在段落35 在CMT64(M) 和CMT170(L) 当CMT167(H) 保留了稳定。根据我们的选择标准, 22 个, 109 个和84 个地点在CMT167(H), CMT64(M) 和CMT170(L) 被选择了为蛋白质确定由女士并且99 唯一蛋白质被辨认了。Bioinformatics 分析表明, 大多这些蛋白质参加蜂窝电话新陈代谢。总而言之, proteomics 被发现为估计差额的一个有用的工具在电池线路上稳定。这个途径提供一个工具选择最佳的电池线路并且优选的亚文化群期间为癌症的研究关系了现象和为测试潜在抗癌药物的作用。

PMID: 18617143 [ PubMed - 依照按发布人供应]

染色体顺序器FLXtrade 标记更加系统长式读, 更多申请, st... 关系了条款

染色体顺序器FLXtrade 标记更加系统长式读, 更多申请、直接的bioinformatics 和更加完全的数据集。

J Biotechnol 。21 6月2008 日;

作者: Droege M, 小山B

染色体顺序器FLX 系统(GS FLX), 由454 供给动力程序化, 是一下一代DNA 程序化技术以唯一混合的长期为特色读, 例外准确性, 和超离频的生产量。它被证明是最多才多艺的所有现在可以得到的下一代程序化的技术, 支持许多惹人注目的研究完全成功七个申请类别。GS FLX 用户追求创新研究在de novo 程序化, re 程序化整体染色体和目标DNA 地区, metagenomics, 和核糖核酸分析。454 程序化是为人类遗传学研究的一个强有力的工具, 最近re 程序化一个单独人的染色体, 当前re 程序化完全人的exome 和被瞄准的genomic 地区使用NimbleGen 顺序获取进程, 和检测低频率体壁变化与癌症被链接。

PMID: 18616967 [ PubMed - 依照按发布人供应]

[ 外面膜蛋白质的预言使用支持传染媒介设备与梳子... 关系了条款

[ 外面膜蛋白质的预言使用支持传染媒介设备以联合的功能]

省吴锣城Xue 堡。2008 Apr;24(4):651-8

作者: 邹L, Wang Z, Wang Y

外面膜蛋白质(OMPs) 被埋置在Gram-negative 细菌、线粒体, 和叶绿体的外面膜。OMPs 蜂窝电话地点和功能分集做他们重要蛋白质组。研究在OMPs 的预言由bioinformatics 方法能带来有用的方法学的辨认OMPs 从genomic 顺序和的他们的附属和三重结构的成功预言。在本文里, 三功能组被计算了从蛋白质顺序: 氨基酸构成、二肽构成和被衡量的氨基酸索引相关系数。然后, 三功能组被结合了并且输入入支持传染媒介设备(SVM) 根据预报因子辨认OMPs 从其它折叠的类型蛋白质。歧视的结果使用几个联合的功能包括四个氨基酸索引类别被计算了, 并且对歧视准确性的影响使用用不同的命令和重量不同的相关系数讨论。在交叉被验证的测试和独立测试为辨认OMPs 从1087 蛋白质数据集属于所有不同的类型球状和膜蛋白质, 方法使用联合的功能各自地获得整体准确性96.96% 和97.33% 。并且这些结果胜过那其它方法在文件。运用这个方法, 高特异性被显示从辨认OMPs 的结果在五条细菌染色体, 并且99% OMPs 以知道的三维结构在PDB 数据库正确地被歧视。这些结果表明, 方法是为OMPs 歧视的一个强有力的工具在染色体。

PMID: 18616178 [ PubMed - 在进程中]

[ 帚形菌属aernginosa 的迅速检测由荧光定量T... 关系了条款

[ 帚形菌属aernginosa 的迅速检测由荧光定量TaqMan PCR 检验targetting ETA 基因]

省吴锣城Xue 堡。2008 Apr;24(4):581-5

作者: 肖X, 张J, 锣J, 平底锅Y, 于Y, 杨X, 吴H

帚形菌属aernginosa (PA) 是最普遍的病原生物的当中一个在临床诊断, 和常规检测检验有许多不利。在这研究, 一成对特定底漆和萤光探针被设计在ETA 基因的保守的区域由bioinformatics 分析方法的TaqMan, 探知方法为PA 成功被发展了。PA DNA 和各种各样的病原生物DNA 的不同的梯度浓度由荧光定量PCR 放大(FQ-PCR) 证实被开发的方法的特异性和敏感性。结果表示, 被开发的检测检验是易察觉和特定由比较对常规FQ-PCR 方法, 并且它有价值为研究和申请潜在客户。

PMID: 18616166 [ PubMed - 在进程中]