用户面板我的面板我的面板书签科学条款
|
|||||
 |
|
 |
 |
|
 |
 |
 |
|
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分析复杂生物资料的学科家
|
Bioinformatic工具分类
|
得知分析复杂生物资料的学科 |
分析复杂生物资料的学科常见问题解答 |
在分析复杂生物资料的学科的研究条款 |
分析复杂生物资料的学科论坛 |
Bioinformatic新闻 |
分析复杂生物资料的学科博克 |
Bioinformatic书 |
在分子岗位分析复杂生物资料的学科，您将查找您将需要的所有分析复杂生物资料的学科程序。 我们有为脱氧核糖核酸分析复杂生物资料的学科、核糖核酸分析复杂生物资料的学科、蛋白质分析复杂生物资料的学科和Proteomic bioinformatic工具的800个bioinformatic工具。 我们为这些类别中的每一个也提供databses为了容易地查找您的顺序从几个顺序数据库的利益。
我们的Bioinformatic工具数据库有您将需要的所有bioinformatic工具并且包括在线程序和工具：
hyperfunctional siRNAs的选择与被改进的有力和特异性的。
核酸Res。 10月2009日21日;
作者： Wang x， Wang x， Varma RK， Beauchamp L， Magdaleno S， Sendera TJ
在核糖核酸干涉(RNAi)实验的一个关键措施将设计可能非常地减少目标抄本的表达式的小的干涉的RNAs (siRNAs)，但是不其他不愿意的目标。 虽然多种统计和计算途径被尝试了，这保持挑战饰面RNAi研究员。 这里，我们介绍siRNA设计的一个新的实验被验证的方法。 通过分析公共siRNA数据和着重hyperfunctional siRNAs，我们识别一套顺序功能，有力选择标准建立与支持向量设备的一个siRNA设计算法。 另外的分析复杂生物资料的学科补白在算法也包括增加RNAi特异性通过减少潜在的顺序交叉杂交或microRNA象作用。 独立验证实验执行，表明最近被设计的siRNAs显著改进了性能，并且有效工作甚而以低浓度。 此外，我们基本存储单元的研究显示出，显著减少了siRNA目标作用，当siRNAs被提供了到电池以3毫微米浓度与30毫微米比较。 因此，因为这些siRNAs可以使用以更低的浓度，选择高度有力siRNAs的我们新的设计程序的功能也回报增加的RNAi特异性。 siRNA设计Web服务器是可用的在http://www5.appliedbiosystems.com/tools/siDesign/。
PMID ： 19846596 [PubMed -如供应发布人]
使用SCIMMkit的复制号码差异的被瞄准的审讯。
分析复杂生物资料的学科。 10月2009日21日;
作者： Zerr T，木桶匠GM， Eichler EE，尼克松DA
汇总： 复制编号变形(CNVs)充分地对人力genomic准确和高效率的方法的分集和发展有用genotyping的CNV的是在测试人力基因型表现型关联的一个主要问题。 SCIMMkit为CNVs的被瞄准的审讯提供三个以前被验证的算法的一次稳健，集成实施(SCIMM， SCIMM搜索和侦察员)使用Illumina Infinium II和GoldenGate SNP检验。 SCIMMkit是可适用的对标准化的染色体范围内的SNP列阵和自定义的多路传输的SNP面板，提供经济、在实验设计的效率和灵活性。 可用性： 来源代码和说明文件是可用的为非商业使用在http://droog.gs.washington.edu/scimmkit。 联络： troyz@u.washington.edu补充情况： 附加数据在线是可用的在分析复杂生物资料的学科。
PMID ： 19846438 [PubMed -如供应发布人]
丙型肝炎病毒NS5A自然遗传工程免疫系统还击的。
安N Y Acad Sci。 10月2009日; 1178年：173-85
作者： El Hefnawi MM， El Behaidy WH， Youssif AA， Ghalwash AZ， El Housseiny LA， Zada S
丙型肝炎病毒不用于结构上的5A (NS5A)蛋白质是与不同的功能的亲水磷蛋白质。 使用DOMAC， NS5A的域分配被精炼使用一系统在silico分析复杂生物资料的学科途径，蛋白质分开成三个域使用ProDom和SSEP服务器，并且域III细分到二subdomains。 使用阶服务器3D陪审员，域的折叠结构II和III预测。 扫描主题数据库(聪明，块和PROSITE)产生新的主题。 二个重要主题， interleukins 1和8交往主题，与在诱导interleukin 8促进者的NS5A功能相关，从块扫描被发现了。 蛋白质蛋白质交往主题预测作为热循环和混乱的地区，与与ds蛋白质激酶R，病毒聚合酶和Src同源的约束地区相应束缚主题的3发信号的蛋白质。 其他热循环预测在V3区域和在single-stranded脱氧核糖核酸束缚的蛋白质主题。 NS5A蛋白质导致免疫系统信号官能不良的不同的结构指向此蛋白质自然遗传工程。
PMID ： 19845637 [PubMed -在进程中]
人力ADFP基因是一个直接LXR目标基因和有差别地调控由综合LXR配合基。
Mol Pharmacol。 10月2009日20日;
作者： Kotokorpi P， Venteclef N， Ellis E， Gustafsson JA，模式A
表达式adipocyte分化相关蛋白质(ADFP)，位于油脂小滴表面，相互关系对肝肥胖存贮。 在新陈代谢的紊乱的结果和处理中，包括肝皮脂腺病，获取关于人力ADFP基因的管理规定的知识是必要的。 核感受器官肝脏X感受器官(LXR)是肝脂肪酸生物合成和胆固醇同态一个关键管理者和一个潜在的药物目标。 这里，我们报告二个综合LXR配合基不同地调控人力ADFP表达式。 部分LXR收缩筋GW3965极大导致在人力主要肝细胞的ADFP表达式，而充分的收缩筋T0901317不。 分析复杂生物资料的学科分析显示了几个潜在的LXREs回应要素(LXREs)在人力ADFP基因。 通过使用染色质免疫沉淀反应(芯片)和luciferase申报人检验，我们显示LXR，在与GW3965的刺激，通过束缚直接地调控人力ADFP副本对位于3 (‘) UTR和5的LXREs (’) -侧的地区。 配合基被刺激的LXR补充与核糖核酸聚合酶II的补充和对显示出的促进者区域的coactivators CBP/p300相关被识别的LXREs工作和能导致副本。 而且，我们的结果表示， hexamer重复的顺序身分在DR4要素的不是满足确定要素是否束缚或没有束缚LXR。 部分收缩筋GW3965特别地调控ADFP基因副本，并且我们的数据证明，二个综合LXR收缩筋，常用在实验研究，可能有差别地调控基因表达。 这有配药瞄准的涵义LXR。
PMID ： 19843633 [PubMed -如供应发布人]
Pathema ： 病原生物研究一个clade特定分析复杂生物资料的学科资源中心。
核酸Res。 10月2009日20日;
作者： Brinkac LM， Davidsen T，小河E， Ganapathy A， Caler E， Dodson RJ， Durkin， Harkins DM， Lorenzi H， Madupu R，塞巴斯蒂安Y， Shrivastava S， Thiagarajan M， Orvis J， Sundaram JP， Crabtree J， Galens K，赵Y， Inman JM，蒙加马利R， Schobel S， Galinsky K， Tanenbaum DM， Resnick A， Zafar N，空白O， Sutton G
Pathema (http://pathema.jcvi.org)是(NIAID)被设计的国家学院(BRCs)资助的之一八个分析复杂生物资料的学科资源中心过敏和传染病起一种核心资源作用对于生物防御和传染病研究团体。 Pathema努力支持基础研究和加速了解，检测，诊断和对待的被设立的套科学进展六目标NIAID类别A-C病原生物： 类别A优先级病原生物; 杆菌anthracis和肉毒杆菌和类别B优先级病原生物; Burkholderia锤骨、Burkholderia pseudomallei，突破芽孢梭菌和内阿米巴属histolytica。 每目标病原生物在被开发的四明显的clade特定Pathema万维网资源和基础数据库之一中表示瞄准每科学界的特定数据和分析需要。 种系发生相关有机体所有公共可用的完全染色体项目也表示，提供有机体的全面收藏为比较分析。 Pathema通过其与基于web的分析工具的综合化实现genomic和相关数据的科学探险，自定义得到，显示和计算结果与持续的病原生物研究有关。 Pathema通过传播数据服务生物防御和传染病研究团体起因于排序项目和提供存取对于相互genomic比较的结果的病原生物染色体为这些有机体。
PMID ： 19843611 [PubMed -如供应发布人]
通用蛋白质资源(UniProt)在2010年。
核酸Res。 10月2009日20日;
作者：
UniProt的主要任务是支持生物研究通过维护稳定，全面，充分地分类，富有地，并且准确地附注的蛋白质顺序信息库，与广泛的参照和查询自由地连接可访问对科学界。 UniProt是由包括从欧洲分析复杂生物资料的学科学院的UniProt财团生产的(EBI)，分析复杂生物资料的学科(SIB)瑞士学院和蛋白质信息资源(PIR)的组。 UniProt包括四个主要元件，为不同的使用优选的中的每一个： UniProt存档、UniProt信息库、UniProt参考字符串和UniProt Metagenomic和环境顺序数据库。 UniProt更新并且分配了每3个星期，并且可以为在http://www.uniprot.org的搜索或下载在线被获取。
PMID ： 19843607 [PubMed -如供应发布人]
TriTrypDB ： Trypanosomatidae的一种功能genomic资源。
核酸Res。 10月2009日20日;
作者： Aslett M， Aurrecoechea C， Berriman M， Brestelli J， Brunk BP， Carrington M， Depledge DP， Fischer S， Gajria B，高x， Gardner MJ， Gingle A，格兰特G， Harb OS， Heiges M，赫兹捕野禽者C，休斯敦R， Innamorato F， Iodice J，基辛格JC， Kraemer E，李W，摇石FJ，米勒JA， Mitra S， Myler PJ， Nayak v， Pennington C，帕纳我， Pinney DF， Ramasamy G，罗杰斯MB， Roos DS，罗斯C， Sivam D，史密斯DF， Srinivasamoorthy G， Stoeckert CJ， Subramanian S， Thibodeau R， Tivey A， Treatman C， Velarde G， Wang H
TriTrypDB (http://tritrypdb.org)是提供存取对于的一个综合数据库染色体称kinetoplastid寄生生物和支持的研究与开发需要驱动的各种各样的复杂查询数据集。 TriTrypDB是一个合作项目，使用真核状态的病原生物分析复杂生物资料的学科资源中心开发的GUS/WDK计算基础设施(EuPathDB.org)集成染色体注释和分析从GeneDB和在别处与可用各种各样的功能染色体组的数据集使成为由全球研究团体的成员，经常前发行。 目前， TriTrypDB集成从Leishmania braziliensis、L. infantum、L.少校、L. tarentolae、Trypanosoma brucei和T. cruzi的数据集。 用户可能检查各自的基因或染色体范围在他们的genomic环境，包括与其他kinetoplastid有机体的syntenic对准线。 在TriTrypDB之内的数据可以被询问使用使用户修建结合多个数据类型的复杂查询的一个复杂的搜索策略系统。 存储所有搜索策略，允许将来的存取和集成的搜索。 ‘用户备注’可能被添加到所有基因页，提高可用的注释; 这样备注变得立即搜查通过文本搜索和被转接给并网的馆长到参考注释，若适合。
PMID ： 19843604 [PubMed -如供应发布人]
尾标停住的蛋白质的亚细胞配电器在Arabidopsis的。
业务量。 9月2009日17日;
作者： Kriechbaumer v，萧伯纳R， Mukherjee J， Bowsher CG，哈里逊上午， Abell BM
摘要尾标停住的(TA)蛋白质功能在真核状态的电池的关键蜂窝电话进程中，例如泡交易，蛋白质副本的迁移和管理规定。 他们停住到内部细胞膜由C终端横跨膜域，也担当一个瞄准的顺序。 瞄准通过是特定的对前体，做TA蛋白质调查的过帐平移蛋白质瞄准一个模型系统的路发生过帐平移。 分析复杂生物资料的学科途径以前被用于识别在酵母和人的潜在的TA蛋白质，一点知道关于TA蛋白质在工厂中。 工厂TA蛋白质的确定对扩大过帐平移模型系统对质体，除通用proteome描述特性之外和在其他有机体分析的功能同源染色体的确定是重要。 我们识别可能地输入在Arabidopsis的TA蛋白质的454个所在地，并且与新的本地化的联合的发布数据试验分配本地化到130蛋白质，包括29与质体相关。 通过分析被分析的蛋白质尾标锚点顺序，我们发展了为预测本地化的一个工具并且估计138 TA蛋白质局限化对质体。
PMID ： 19843281 [PubMed -如供应发布人]
