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基因表达分析- Bioinformatics

基因表达可能由几个方法包括广义上蛋白质表达式, 和mRNA 表达式确定。

mRNA 表达式分析

mRNA 这些有的表达式mRNA 级别分析或表达式可能靠多个技术检验在一个大规模级别:

• DNA microarray 分析
• EST 或表达的DNA 顺序货签
• 贤哲(对基因表达的序列分析)
• 巨型地并行签名程序化(MPSS)
• 多元化的原地杂交

在一个更小的规模或证实结果的大称一能使用以下mRNA 表达式技术:

• RT-PCR
• 实时PCR
• 核醣核酸保护检验(RPA)

但是, bioinformatic 分析可能被使用。Bioinformatic 分析允许特定技术的绕过生物评定偏心和噪声和使用统计工具分离重大的变化在基因表达上从噪声在大规模或高生产量基因表达研究中。

这样研究可能被使用确定基因被牵连在混乱: 你也许与数据比较microarray 数据从癌上皮电池从non-cancerous 电池确定被调控和下来被调控在癌细胞的特殊填写的抄本。

Affymetrix GeneChip 技术分析

Affymetrix GeneChip 技术频繁地使用分析mRNA 表达式模式使用一个microarray 途径。

原始数据被生成从GeneChip 探针列阵可能被分析使用Affymetrix (MAS)4.0 和MAS5.0 (Microarray 分析套件) 软件。

Microarray 分析套件软件能计算许多评定使用杂交强度评定由扫描器从探针列阵的品种。

一些Affymetrix 分析算法

原始数据分析

强度从整个探针列阵被使用为背景和噪声计算在原始数据分析。

其它度规顺序特定完善的符合(PM) 探针电池的强度与他们的控制配错(毫米) 探针电池比较使各探针集确定如果抄本是存在(p), 少量的(m), 或缺席(a) 。其次, 正的编号和负探针成对是坚定的为每探针集。正和负探针集的数量然后使用派生描述各探针集、正分数和Pos/Neg 比率性能的度规。原始数据分析并且导致缺勤和存在购买权、平均差额, 和表达式级别。

比较分析

比较分析给正常化和比例缩放、折叠更改计算和相关系数。

功能关系

功能关系可能由使用检验几个方法包括:

• 列出基因由变化在他们的表达式上包括折叠增加或减少
• 种系发生的结构树
• 自组织映射
• 相关性网络

蛋白质表达式分析

参见 蛋白质表达式分析 对于更多信息关于这事宜。

基因表达Bioinformatics 论坛

讨论和张贴关于基因表达的问题在 Bioinformatics 论坛。