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比较Genomics - Bioinformatics

比较Genomics 简介

比较genomics 是关系的研究在另外种类染色体或张力之间。比较genomics 是行动在染色体的企图利用信息由选择签名提供了解功能和演变进程。当这是仍然一个年轻域, 它拥有巨大承诺产生洞察入许多现代种类的演变的方面。纯粹信息量被包含在现代染色体(几十亿字节在人情况下) 需要, 比较genomics 方法是主要计算的在本质里。基因查找象发现在新建上是比较genomics 的一个重要申请, 染色体的非编制程序功能要素。

比较genomics 利用在不同的有机体的蛋白质、核糖核酸, 和管理地区上的相似性和差额推断怎么选择行动了在这些要素。负责对相似性在另外种类之间的那些要素应该被保存通过时间(稳定的选择), 当那些要素负责任对差额在种类之中应该分歧(正选择) 。终于, 是不重要的对有机体的演变成功的那些要素将是unconserved (选择是中立的) 。

辨认eukaryotic 染色体演变结构由比较genomics 是域的当中一个重要目标。它然而由发生了在各自的后裔过程中的历史记录, 留给只被变形的和被叠加的跟踪在各个生存有机体染色体活动的多样性经常复杂化。因此小模式的比较genomics 研究有机体(例如酵母) 是重要性推进对演变常规结构的我们的了解。

来离对查找很远功能蛋白质的其首字母用途, 比较genomics 现在集中查找管理地区和siRNA 分子。最近, 它被发现, 遥远地相关种类共用长期经常保存了不看上去对任何蛋白质编码的舒展DNA 。它是未知的此时什么为功能服务这样超被保存的地区。

对染色体比较的计算途径最近成为了公用研究事宜在计算机科学方面。计算机辅助的数学的发展(使用产品譬如Mathematica 或Matlab) 帮助工程师、数学家和计算机学家开始运行在这个域, 和案例研究和演示的一件公共收藏品是生长, 范围从整体染色体比较对基因表达分析。这增加了不同的想法的简介, 包括概念从系统和控制、信息理论、线性分析和数据采集。它被期望, 计算途径将成为和将依然是标准事宜为研究和教学, 当学员流利在两事宜开始形成在多条路线被创建在过去几年。

演变被保存的地区Bioinformatics

演变被保存的地区并且告诉的ECRs 为短小是(顺序通常DNA 的地区) 被映射与其它染色体排列并且被保存。

ECRs 在染色体的对准线之内被存在在这个图解浏览器, 描述和颜色编码ECRs 关于知道的基因附注了在基本的染色体。' 劫掠ECR ' 功能允许用户迅速地提取对应于任一个ECR 的顺序, 形象化部下的顺序对准线并且/或者辨认被保存的副本系数束缚位置。

ECR 浏览器 是为演变关系的形象化和研究的一个新建动态完全染色体定位工具在脊椎动物和非脊椎动物染色体之间。ECR 浏览器经常被更新包括最近可利用的程序化的染色体(当前: 人、狗、鼠标、汇率、鸡、青蛙二pufferfish (Fugu 和Tetraodon), zebrafish, 和6 fruitflies) 。Ovcharenko 、M.A. Nobrega, G.G. Loots, 和L. Stubbs ECR Browser: 为形象化和存取数据的一个工具从多脊椎动物的染色体核酸研究比较, 32, W280-W286 (2004)

ECRbase 是演变被保存的地区(ECRs), 促进者, 和副本系数束缚位置数据库在脊椎动物的染色体被创建使用ECR 浏览器对准线

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