Welcome to Molecular Station! Välkommen till Molekylär Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Du måste registrera dig innan du kan posta i vårt forum eller använda vår avancerade funktioner. Register Now! Registrera dig nu! Its Free and Fast! Dess fria och Snabbt!

Already registered? Redan registrerad? Login now below. Logga in nu nedan.

User Name: Användarnamn:

Password: Lösenord:

Remember Me? Kom ihåg mig?

Already registered and Forgot your password? Redan registrerad och Har du glömt ditt lösenord? Click below to recover it. Klicka nedan för att återkräva det.

Recover Lost Password Återskapa förlorat lösenord

Join now - it's fast and free! Gå med nu - det är snabbt och gratis!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molecular Station är den största nätverk av forskare, vetenskapsmän och vetenskap älskare var som helst!

Recent Forum Posts Recent Forum Posts

RNA Protocols RNA-protokoll

RNA Encyclopedia RNA Encyclopedia

RNA Bioinformatics RNA Bioinformatik

RNA Forum RNA Forum

RNA Blog RNA Blog

RNA News RNA Nyheter

RNA Gels RNA Gels

Copyright 2007 - Molecular Station Copyright 2007 - Molecular Station

History of RNA Gel Electrophoresis History of RNA gelelektrofores

RNA Gels have been used for decades to separate out and qualitatively assess the quality of RNA isolated from samples. RNA Gels har använts i årtionden att skilja ut och kvalitativt bedöma kvaliteten hos RNA isoleras från prover. If you are not sure what RNA is checkout: Om du inte vet vad RNA är kassan:

AUDIO AUDIO Listen to a detailed RNA Explanation ! Lyssna till en detaljerad RNA Förklaring! and see our RNA encyclopedia article. och se vår RNA encyklopedin artikel.

RNA Gel Electrophoresis - Background Information RNA gelelektrofores - Bakgrund

After isolation of RNA samples, the quality of the isolated RNA preparation is usually assessed by electrophoresis on a denaturing agarose gel. Efter isolering av RNA-prover, kvaliteten på de isolerade RNA-preparat är normalt bedöms elektrofores på en denaturering agarosgelen. Although the results are mainly qualitative, you can get some information about the yield of the RNA as well. Även om resultaten är främst kvalitativa, kan du få lite information om avkastning mellan RNA också.

Denaturing gels are used because RNA tends to fold upon itself and form extensive and stable secondary structure via intramolecular base pairing. Denatureringen geler används eftersom RNA tenderar att lägga på sig och bildar stora och stabila sekundära strukturer via intramolecular bas hopkopplingen. This secondary structure of RNA prevents it from migrating mainly according to its size. Detta sekundär struktur RNA hindrar den från att migrera främst beroende på dess storlek.

Make sure that you include an RNA positive control on the gel, in the case that you get unusual results you can then determine whether the problem was with the gel or was a problem with the RNA you are analyzing. Se till att du inkluderar en RNA positiv kontroll på gel, i det fall att du får ovanligt resultat som du sedan kan avgöra om problemet med gel eller var ett problem med RNA du analyserar. You can also use RNA molecular weight markers, an RNA sample known to be intact, or both, can be used for this purpose. Du kan också använda RNA molekylvikt markörer, en RNA-prov kända för att vara intakt, eller båda, kan användas för detta ändamål.

RNA gels are visualized with ethidium bromide staining as ethidium bromide intercalates between the secondary structure of the RNA molecules and allows RNA to be seen under UV light. RNA gel är visualiseras med etidiumbromid infärgning som etidiumbromid intercalates mellan den sekundära strukturen av RNA-molekyler och möjliggör RNA ses i ultraviolett ljus.

RNA is separated out by gel electrophoresis (usually agarose gel electrophoresis). RNA skiljs ut med gelelektrofores (oftast agarosgel elektrofores). After running an RNA gel you can conduct a northern blot with subsequent transfer to membrane, hybridization with probe, and finally detection. Efter att ha kört en RNA gel kan du göra en Northern blot med senare överföring till membranet, hybridisering med sond och slutligen upptäckt. Or simply (and much quicker), stain for RNA using ethidium bromide or SYBR (or similar dye - better as it is non-toxic and safer). Eller helt enkelt (och mycket snabbare), bets till RNA med hjälp av etidiumbromid eller SYBR (eller liknande dye - bättre som den är giftfri och säkrare).

Applications of RNA Gels Ansökningar av RNA Gels

As northern blots are much more tedious to complete than RNA gels and real-time PCR, they are not used as much as RNA gels. Som norra blotting är mycket mer tröttande att slutföra än RNA geler och realtids-PCR, men de används inte så mycket som RNA gel.

The RNA gel electrophoresis and its variations are used in molecular biology research to: RNA-gelelektrofores och dess varianter används i molekylärbiologisk forskning till:

• detect RNA detektera RNA
• assay for quality of RNA isolated assay för kvalitet RNA isoleras
• allow for general determination of RNA quantity or yield möjliggöra allmänna bestämning av RNA mängd eller avkastning
• assay for RNA degradation assay för RNA nedbrytning

Disadvantages of RNA Gels Nackdelar av RNA Gels

The disadvantages of using RNA gel electrophoresis includes: De nackdelar med att använda RNA gelelektrofores innehåller:

• RNA gels are not very quantitative. RNA gel är inte mycket kvantitativa. You cannot determine precisely the RNA yield or amount even with standards. Det går inte att exakt fastställa RNA avkastningen eller belopp även med standarder. Radioactive methods such as northern blotting or dot blots are much more accurate. Radioaktivt metoder såsom norra blotting eller dot blotting är mycket mer rättvisande.
• Often ethidium bromide is used to detect the RNA. Ofta etidiumbromid används för att detektera RNA. Ethidium bromide is a biohazard as it is mutagenic and toxic. Ethidium bromide är en biorisk som det är mutagena.
• RNA gels allow for a quick determination of RNA yield however are not as fast as UV spectrophotometry or other methods. RNA gel möjliggöra en snabb bestämning av RNA avkastning är dock inte lika snabbt som UV spectrophotometry eller andra metoder.

Advantages of RNA Gels Fördelar med RNA Gels

The advantages of RNA Gels include: Fördelarna med RNA Gels inkluderar:

• It is a widely accepted method Det är en allmänt accepterad metod
• RNA gels are very quick and easy to perform RNA gel är mycket snabb och enkel att utföra
• You can assay for RNA quality within 1-2 hours Du kan assay för RNA kvalitet inom 1-2 timmar
• If you use SYBR or another non-toxic stain (ie you do not use Ethidium Bromide), RNA Gels are quite safe. Om du använder SYBR eller annan giftfri fläcken (dvs. du inte använder Etidiumbromid), RNA gel är helt säkra.

RNA Gel Protocol RNA-Gel protokoll

To verify the integrity of your RNA you should do a " Northern blot " analysis. För att verifiera integriteten hos din RNA du bör göra en "Northern blot" analys. In order to accomplish this you must run a denaturing gel. För att uppnå detta måste du köra en denaturering gel.

For Mini-gels to Midi-gels of RNA use: Make 50 mL-100mL För Mini-geler för att Midi-geler av RNA-användning: Gör 50 ml, 100 ml

For Mega-gels Make 400 mL. För Mega-geler Make 400 ml.

For 100mL Gel (most commonly run) you need to add 1g of agarose to make 1% agarose solution. För 100ml Gel (vanligtvis kör) du behöver lägga 1g av agaros att göra 1% agaros lösning.

Running Buffer Recipe for RNA Gels Running buffert Recept på RNA Gels

RNA Denaturing Reagents RNA Denatureringen Reagens

To prepare 400ul of RNA denaturing reagent: För att förbereda 400ul av RNA denaturering reagens:

Add the following: Lägg till följande:

• 80% Foramide-deionized 300ul 80% Foramide-avjoniserat 300ul
• 3.7 % formaldehyde 40 ul 3,7% formaldehyd 40 ul
• 1X 50X E buffer 8 ul 1X 50x E buffert 8 ul
• dH2O = 400ul 52ul dH2O = 400ul 52ul

50 XE buffer per liter 50 XE buffert per liter

Add: Köp:

• 0.9 M Na2 HPO4 Dibasic 127.8 g 0,9 M Na2 HPO4 Dibasic 127,8 g
• 0.1M NaH2PO4 Monobasic 13.8 g 0.1M NaH2PO4 Monobasiskt 13,8 g

Protocol: Steps in Preparing an RNA Gel Protokoll: Åtgärder i utarbetandet av en RNA-Gel

1. put agarose in solutions. sätta agaros i lösningar.
2. Heat prepared solution in tissue-plugged flask Heat beredd lösning i vävnad-ansluten kolv
3. Let cool to 60°C Låt svalna till 60 ° C
4. Add Formaldehyde to equal 0.66M 2.7 ml 4.0 5.3 21.2 Lägg Formaldehyd till lika 0.66M 2,7 ml 4,0 5,3 21,2
5. (Add Ethidium Bromide if you are using it to flask) (Lägg Etidiumbromid om du använder den till kolven)
6. Pour gel (in hood if possible). Häll gel (i huva om möjligt).
7. Heat 2 ug of RNA at 75°C for 10 min., then quick cool. Heat 2 ug av RNA vid 75 ° C under 10 min. Så snabbt svalna. (this will allow RNA to denature and stay single-stranded). (detta gör det möjligt RNA att denaturera och vistelse enkelsträngat).
8. Add: 2.5 vol of RNA denaturing reagent Köp: 2,5 vol av RNA denaturering reagens
9. Add 1/10 vol. Tillsätt 1 / 10 volymprocent. of loading dye to samples. lastningen dye på prov.
10. Load samples onto agarose gel wells. Load prover på agarosgel brunnar.
11. Run Gel (usually 100V volts) for 30minutes-2 hours. Kör Gel (vanligtvis 100V volt) för 30minutes-2 timmar. (Check RNA running using dye markers) (Kolla RNA kör använder dye-markörer)

Tips for RNA Gels Tips för RNA Gels

Always run an agarose gel of your RNA to assess the quality. Alltid köra en agarosgel i din RNA att bedöma kvaliteten. Do not only rely only UV spectrophotometry results. Ta inte bara förlita sig enbart UV spectrophotometry resultat.

* Use DEPC treated water and baked glassware for all the steps. * Använd DEPC behandlas vatten och bakade glas för alla steg. The buffers must be Rnase free or use Milipore purified water if you are in a rush. De buffertar måste Rnase gratis eller använda Milipore renat vatten om du är i en kapplöpning. Rnase is everywhere! Rnase är överallt! Wear gloves, use only baked glassware, or virgin plastic. Använd handskar, använd bara ugnsbakad glasföremål eller jungfru plast. DePC treat your water, buffers (except Tris). DEPC behandla ditt vatten, buffertar (utom Tris). Be very careful. Var mycket försiktig.

Troubleshooting RNA Gels Felsökning RNA Gels

If you currently have a preferred method for running RNA, continue to use it. Om du har en metod som föredras för kör-RNA, fortsätta att använda den.

Discuss and post problems or questions about RNA Gels in the RNA Protocols Forum . Diskutera och efter problem eller frågor om RNA Gels i RNA protokollen Forum.

RNA Gel References RNA-Gel Referenser