Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatik, protokoll, DNA-RNA-Protein Proteomics

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologi Hem protokollen bioinformatiska verktyg Biologi Forums molekylärbiologi Encyclopaedia molekylärbiologi Bilder Bookmark Us!

home > protein-microarrays > protein-chip-capture > index.php hem> protein-mikroarrayer> protein-chip capture> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Molekylärbiologi Hem Science News Science Videos DNA-RNA-Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatik Lab Utrustning molekulära molekylärbiologi produkter och tjänster relaterade Biologi Länkar

Molecular Biology Blog Molekylärbiologi Blog

Send this page to a friend Skicka denna sida till en vän

Intracellular Stations Inre Stationer

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Antibody botanik gemensamma Buffers Buffers Alphabetic Bookstore cellbiologi och kultur gelelektrofores Histologi Microarrays Immunologi Mass Spectrometry mikrobiologi Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR real-time PCR RNAi och SiRNA stamceller transfektion Western Blot

Protein Array Protocols Protein Array protokoll	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatik	Learn about Protein Arrays Läs om Protein Arrays	Protein Array Kits and Products Protein Array Kits och Produkter	Protein Array Forum Protein Array Forum	Proteomic News Proteomic Nyheter

Protein Microarray Capture Molecules and Their Limitations Protein Microarray Capture Molekyler och deras begränsningar

Protein and Antibody Microarray Chips Protein och Antibody Microarray Chips

Capture Molecules and Their Limitations - Protein Chips Capture Molekyler och deras begränsningar - Protein Marker

Capture Molecules and their Limitations Capture Molekyler och deras begränsningar
The most common form of analytical protein arrays are antibody microarrays in which antibodies (or antibody mimics) that bind specific antigens are arrayed on a glass slide at high density. Den vanligaste formen av analytiska protein arrayer är antibody microarrays där antikroppar (eller antikropp härmar) som binder särskilda antigener är ordnade på ett glas slide i hög täthet. A lysate is passed over the array and the bound antigen is detected after washing. En lysate är förbigås matrisen och bundet antigen påvisas efter tvätt. The biggest challenge with these methods is producing reagents that identify the protein of interest and with high enough specificity in a high-throughput fashion.  Although antibodies are the traditional reagent of choice for detecting proteins in complex mixtures, polyclonal sera are often not specific and are expensive to produce. Den största utmaningen med dessa metoder är att producera reagenser att identifiera proteiner av intresse och med tillräckligt hög specificitet i en hög kapacitet för mode. Trots att antikroppar är den traditionella reagens val för att upptäcka proteiner i komplexa blandningar, polyklonala serum är ofta inte specifikt och är dyra att producera. Also, the conventional hybridoma method of producing highly specific monoclonal antibodies is time-consuming, laborious and costly (8). Även den konventionella Hybridomteknik metod för framställning av mycket specifika monoklonala antikroppar är tidskrävande, mödosam och kostsam (8).

Several studies using antibodies have recently been conducted despite the obstacles in obtaining specific antibodies. Flera studier med hjälp av antikroppar har nyligen genomförts trots de hinder för att få specifika antikroppar.  In one of the largest studies to date, Sreekumar et al. I en av de största studierna hittills Sreekumar et al. spotted 146 distinct antibodies on glass to monitor the alternations of protein quantity in LoVo colon carcinoma cells. fläckig 146 distinkt antikroppar i glas att övervaka alternations av protein mängd i LoVo colon carcinoma cells. Their results revealed radiation-induced up-regulation of many interesting proteins, including p53, DNA fragmentation factor 40 and 45, tumour necrosis factor-related ligand, as well as down-regulated proteins (58). Deras resultat visade radiation-induced up-regleringen av många intressanta proteiner, inklusive p53, DNA fragmentering faktor 40 och 45, tumour necrosis factor-relaterade ligand, liksom ned-reglerade proteiner (58).

To date, most antibody microarrays were produced with several dozen or a few hundred commercially available poly- or mono-clonal antibodies.  Although tens of thousands of antibodies are commercially available, this number is insufficient because for most proteins there are no available antibodies.  The fact that many antibodies are glycosylated and contain large protein-based supporting structures means that they often cross-react with more than one target protein.  This can contribute to a large number of false positives (9).  Thus another problem has been obtaining high-specificity antibodies. Hittills har de flesta antibody microarrays tillverkats med flera dussin eller några hundra kommersiellt tillgängliga poly-eller mono-clonal antikroppar. Trots tiotusentals antikroppar finns kommersiellt tillgängliga, detta nummer är otillräckliga eftersom de flesta proteiner inte finns några antikroppar. faktum att många antikroppar är glykosylerat och innehåller stora protein-based stödjande strukturer innebär att de ofta gränsöverskridande reagera med mer än ett målprotein. Detta kan bidra till ett stort antal falska positiva (9). därmed ett annat problem har varit att få hög specifika antikroppar.

One of the greatest problem with antibody arrays is specificity. En av de största problem med antikroppen arrayer är specificitet. Proteins are often present in a very large dynamic range (106); thus, reagents that might have high affinity for one protein, but are low affinity for another will still exhibit detection of the lower affinity protein if it is much more prevalent (9). Proteiner är ofta närvarande i ett mycket stort dynamiskt omfång (106), således, reagens som kan ha hög affinitet för ett protein, men är låg affinitet för en annan kommer fortfarande uppvisar upptäcka den lägre affinitet protein om det är mycket mer utbrett (9) . One group investigated the ability of 115 well-characterized antibody–antigen pairs to react in high-density microarrays on modified glass slides. En grupp undersökt möjligheten av 115 väl karaktäriseras antibody-antigen pairer att reagera på hög densitet microarrays på modifierade glasskivor. 30% of the pairs showed the expected linear relationships, indicating that a fraction of the antibodies were suitable for quantitative analysis (33). 30% av paren visade den förväntade linjära samband, som visar att en bråkdel av de antikroppar som lämpar sig för kvantitativ analys (33). Many groups have been using sandwich assays to avoid this problem.  A sandwich assay is performed by spotting the first antibody on the array and then detecting the using a second antibody that recognizes a different part of the proteins. Många grupper har använt sandwich-analyser att undvika detta problem. Lunchsmörgås analysen utförs genom att uppmärksamma den första antikroppen på matrisen och sedan upptäcka att använda en andra antikropp som känner igen en annan del av proteiner. This approach dramatically increases the specificity of the antigen detection, but required that a least two high-quality antibodies exist for each antigen to be detected (8). Detta tillvägagångssätt dramatiskt ökar specificiteten hos antigen detektion, men krävs att minst två högkvalitativa antikroppar finns för varje antigen som skall upptäckas (8).

Next: Antibody Microarrays: Problems and Solutions Nästa: Antibody Microarrays: problem och lösningar

References for Protein and Antibody Microarrays Hänvisningar till protein och Antibody Microarrays

Back to: Tillbaka till:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Inledning och bakgrund till Protein chips och Antibody Chips.

Types of Antibody and Protein Chips Typer av antikroppar och Protein Marker