Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatik, protokoll, DNA-RNA-Protein Proteomics

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologi Hem protokollen bioinformatiska verktyg Biologi Forums molekylärbiologi Encyclopaedia molekylärbiologi Bilder Bookmark Us!

home > protein-microarrays > applications-protein-chips > index.php hem> protein-mikroarrayer> Program-protein-chips> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Molekylärbiologi Hem Science News Science Videos DNA-RNA-Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatik Lab Utrustning molekulära molekylärbiologi produkter och tjänster relaterade Biologi Länkar

Molecular Biology Blog Molekylärbiologi Blog

Send this page to a friend Skicka denna sida till en vän

Intracellular Stations Inre Stationer

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Antibody botanik gemensamma Buffers Buffers Alphabetic Bookstore cellbiologi och kultur gelelektrofores Histologi Microarrays Immunologi Mass Spectrometry mikrobiologi Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR real-time PCR RNAi och SiRNA stamceller transfektion Western Blot

Protein Array Protocols Protein Array protokoll	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatik	Learn about Protein Arrays Läs om Protein Arrays	Protein Array Kits and Products Protein Array Kits och Produkter	Protein Array Forum Protein Array Forum	Proteomic News Proteomic Nyheter

Applications of Protein Microarrays Ansökningar av protein microarrays

Protein and Antibody Microarrays Protein och Antibody Microarrays

Protein Chip Applications Protein Chip Applications

Applications of Protein Chips Ansökningar av Protein Marker
1) Proteomics 1) Proteomics
Protein chip technologies will provide a powerful, high-throughput and versatile tool for the genome-scale analysis of gene function (see Figure 4).  Enzyme activity, protein–protein and protein–nucleic-acid interactions, and small-molecule drug interactions may all be analyzed directly on the protein level (77,78).  Arrays may be engineered to address protein identification, quantitation, and affinity studies.  A profiling array may quantitate levels of specific proteins on a global scale allowing for a comparison of normal and disease states.  An affinity array may analyze the interactions of peptides, proteins, oligonucleotides, sugars, lipids, or small molecules and chemicals with immobilized proteins such as receptors, enzymes, or antibodies (8). Protein chip teknik kommer att ge en kraftfull, hög genomströmning och användbara verktyg för genomet omfattande analys av geners funktion (se Figur 4). Enzymaktivitet, protein-protein och protein-nucleic-acid interaktioner, och små-molekyl läkemedelsinteraktioner maj alla ska analyseras direkt på proteinnivå (77,78). Arrays kan vara konstruerad för att ta itu med protein identification, quantitation och samhörighet studier. profilering array maj kvantifiera halter av vissa proteiner på en global nivå som möjliggör en jämförelse mellan normala och sjukdom stater. En samhörighet array kan analysera samspelet av peptider, proteiner, oligonucleotides, socker, fett, eller små molekyler och kemikalier med immobilized proteiner såsom receptorer, enzymer och antikroppar (8).
Currently, the rate-limiting step is the production of large numbers of proteins. För närvarande är den kurs-begränsning steg är att framställa stora mängder protein. The ability to automate protein production and proteins fused to high-affinity tags will greatly expedite protein-chip development. Förmågan att automatisera proteiner och proteiner smält till hög affinitet taggar kommer att kraftigt påskynda protein-chip utveckling.  High-density chips containing large sets of proteins or even entire proteomes will allow the high-throughput analysis of biochemical activities, protein–protein interactions and post-translational modifications, such as phosphorylation, dephosphorylation, protein methylation, and ubiquitination. High-density-chips som innehåller stora uppsättningar av proteiner eller tom hela proteom kommer att möjliggöra hög kapacitet för analyser av biokemiska aktiviteter, protein-protein interaktioner och post-translationella modifieringar, såsom phosphorylation, dephosphorylation, protein metylering och ubiquitination.

The ultimate goal of proteomics is to the study biochemical activities of every protein encoded by an organism or proteome.  A landmark study conducted prepared the first proteome chip by cloning ~94% (>5800 of 6200) of the yeast open reading frames in a yeast expression vector which expressed the proteins as N-terminal GST-His x6 double tagged fusions.  A high-throughput yeast protein purification method was developed to individually purify proteins. Det yttersta målet med proteomik är att studera biokemiska aktiviteter varje protein som kodas av en organism eller proteom. En milstolpe studie som förberetts första proteom chip genom kloning ~ 94% (> 5800 till 6200) av jäst öppna behandlingen ramar i en jästsvamp Uttrycket vektor som uttryckte de proteiner som N-terminalen GST-Hans x6 dubbel taggade fusioner. kombinatorisk jäst protein purification metod har utvecklats för att individuellt rena proteiner. 80% of yeast proteins were full length and of sufficient quantity to be detectable by most assay types. 80% av jäst proteiner var fulla längd och i tillräcklig mängd för att kunna upptäckas med de flesta assay typer. The proteins were then purified using the GST tags and were then attached to Ni-NTA-coated glass slides using the HisX6 tags.  In addition to identifying known interactions, 33 novel binding proteins were detected.  150 novel lipid-binding proteins were also identified.  This study demonstrated that an entire proteome can be immobilized on a glass surface to directly screen for interactions with proteins and small molecules (26). De proteiner som sedan renas med hjälp av GST taggar och då var knutna till Ni-NTA-coated glasskivor med hjälp av HisX6 taggar. Utöver att identifiera kända interaktioner, 33 novel binding protein upptäcktes. 150 nya lipid-binding proteins identifierades också. Denna studie visade att en hel proteom kan immobiliserats på glasytan till direkt skärm för interaktioner med proteiner och små molekyler (26).
The coupling of mass-spectrometry and protein chips will have wide applications in identifying players in protein–protein interactions, and also in drug discovery (80). The coupling of mass-spektrometri och protein chips kommer att ha omfattande program för att identifiera spelare i protein-protein interaktioner, och även i läkemedelsutveckling (80).  Proteins and small-molecule ligands bound to proteins immobilized on chip can be identified using matrix-assisted laser desorption/ionisation time of flight (MADLI-TOF) mass spectroscopy. Proteiner och små-molekyl ligands bundet till proteiner immobilisering på chip kan identifieras med hjälp av matrix-assisted laser desorption / ionisation tiden för flygning (MADLI-TOF) mass spectroscopy.  Microwell formats are particularly suited for this purpose. Microwell format är särskilt lämpade för detta ändamål. Thus, molecules and proteins that specifically bind to many different proteins can be identified and this information can be used to deduce molecular networks and pathways. Alltså, molekyler och proteiner som specifikt binder till många olika proteiner kan identifieras och dessa uppgifter kan användas för dechiffrering av molekylära nätverk och spridningsvägar.
One area that will require technological improvements is the analysis of membrane proteins. Ett område som kommer att kräva tekniska förbättringar är analysen av membranproteiner.  A large amount of proteins are likely to be membrane-bound, since as many as one third of all yeast proteins are membrane proteins or secreted proteins (81). En stor mängd proteiner som kan vara membrane-bundet, eftersom så många som en tredjedel av alla jäst proteiner är membranproteiner eller utsöndrade proteiner (81). Due to the fact that many of these proteins are active when in membranes, it therefore may be necessary to purify or reconstitute them with associated lipids. På grund av att många av dessa proteiner är aktiva när det i membran, det kan därför vara nödvändigt att rena eller återskapa dem med tillhörande lipider. However, this may not be so difficult. Men detta får inte vara så svårt. One group was able to immobilize biotinylated membranes that contain the G-protein-coupled receptor rhodopsin on a gold-coated glass surface, and establish a functional assay for that protein (82). En grupp kunde orörlig biotinylerade membran som innehåller G-proteinkopplad receptor rhodopsin på en guld-coated glasytan och upprätta ett funktionellt assay för att protein (82).  Similar procedures may make it possible to analyze membrane proteins in a chip format. Liknande förfaranden kan göra det möjligt att analysera membranproteiner i ett chip format.
2) Diagnostics 2) Diagnostik
Another area which will benefit from protein areas is diagnostics. Ett annat område som kommer att gynnas av protein områden är diagnostik. Highly parallel analysis on arrays will allow determination of disease markers (eg tumour markers) in extracts with only a minimum of biopsy (sample) material, creating new possibilities for monitoring disease (cancer) treatment and therapy (83). Mycket parallella analyser om matriserna möjliggör bestämning av sjukdom markörer (t ex tumör markörer) i extrakt med endast ett minimum av biopsi (prov) material, skapa nya möjligheter för övervakning sjukdom (cancer) behandling och terapi (83).

.

Next: Protein Microarrays: Future Directions and Conclusions Nästa: protein microarrays: Fortsatta åtgärder och slutsatser

References for Protein and Antibody Microarrays Hänvisningar till protein och Antibody Microarrays

Back to: Tillbaka till:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Inledning och bakgrund till Protein chips och Antibody Chips.

Types of Antibody and Protein Chips Typer av antikroppar och Protein Marker