Welcome to Molecular Station! Välkommen till Molekylär Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Du måste registrera dig innan du kan posta i vårt forum eller använda vår avancerade funktioner. Register Now! Registrera dig nu! Its Free and Fast! Dess fria och Snabbt!

Already registered? Redan registrerad? Login now below. Logga in nu nedan.

User Name: Användarnamn:

Password: Lösenord:

Remember Me? Kom ihåg mig?

Already registered and Forgot your password? Redan registrerad och Har du glömt ditt lösenord? Click below to recover it. Klicka nedan för att återkräva det.

Recover Lost Password Återskapa förlorat lösenord

Join now - it's fast and free! Gå med nu - det är snabbt och gratis!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molecular Station är den största nätverk av forskare, vetenskapsmän och vetenskap älskare var som helst!

Recent Forum Posts Recent Forum Posts

Automated Edman Degradation Automatiserad Edman Nedbrytning

Amino Acid Sequences can be determined by Automated Edman Degradation Amino Acid Sequences kan bestämmas genom automatiserat Edman Nedbrytning

The amino acid composition of the peptide is determined.  The peptide is hydrolyzed into its constituent amino acid by heating it in 6 N HCl at 110°C for 24 hours.  Stanford Moore and William Stein showed that amino acids in hydrolysates can be separated by ionexchange chromatography on columns of sulfonated polystyrene and quantitated by reacting them with ninhydrin. Den aminosyra sammansättning av peptiden avgörs. Peptid är hydrolyseras i dess olika aminosyror genom upphettning av det i 6 N HCl vid 110 ° C under 24 timmar. Stanford Moore och William Stein visade att aminosyror i hydrolysat kan skiljas åt genom ionexchange kromatografi på kolumnerna i sulfonated polystyren och quantitated genom att reagera med Ninhydrin.

Amino acids treated this way give an intense blue color, except for praline, which gives a yellow color because it contains a secondary amino group.  The concentration of amino acid in a solution is proportional to the optical absorbance of the solution after heating it with ninhydrin.  This technique can detect a microgram (10nmol) of an amino acid, which is about the amount present in a thumbprint. Aminosyror behandlats på detta sätt ge en intensiv blå färg, med undantag för pralin, som ger en gul färg eftersom det innehåller en sekundär aminogrupp. Koncentrationen av aminosyra i en lösning är proportionell mot den optiska absorptionen av lösningen efter uppvärmning med Ninhydrin . Denna teknik kan upptäcka ett mikrogram (10nmol) av en aminosyra, vilket är ungefär den mängd som finns i ett thumbprint.

As little as a nanogram (10 pmol) of an amino acid can be detected by means of fluorescamine, which reacts with the a-amino group of a highly fluorescent product.  The identity of the amino acid is revealed by its elution volume, which in the volume of buffer used to remove the amino acid from the column. Så lite som ett nanogram (10 pmol) av en aminosyra kan upptäckas med hjälp av fluorescamine, som reagerar med en-amino grupp av mycket fluorescerande produkt. Identiteten på den aminosyra avslöjas genom sin elutionsvolymen, som i volymen av buffert används för att ta bort aminosyra från kolonnen.

The amino-terminal residue of a protein or peptide can be identified by labeling it with a compound that forms a stable covalent link. The amino-terminal rester av ett protein eller en peptid kan identifieras genom uppmärkning med en förening som bildar ett stabilt kovalenta länk.

Fluorodinitrobenzene (FDNB) was first used for this purpose by Frederick Sanger.  Dabsyl chloride is now commonly used because it forms intensely colored derivatives that can be detected with high sensitivity.  It reacts with an uncharged a-NH2 group to form a sulfonamide derivative that is stable under conditions that hydrolyze peptide bonds. Fluorodinitrobenzene (FDNB) användes första gången för detta ändamål av Frederick Sanger. Dabsyl klorid är nu vanligt eftersom den bildar intensivt färgade derivat som kan påvisas med hög känslighet. Det reagerar med en icke uttagna a-NH2 att det bildas en sulfonamid derivat som är stabil under förhållanden som hydrolyze peptide obligationer.

Although the dabsyl method for determining the amino-terminal residue is sensitive and powerful, it cannot be used repeatedly on the same peptide because the peptide is totally degraded in the acid-hydrolysis step.  Pehr Edman devised a method for labeling the amino-terminal residue and cleaving it from the peptide without disrupting the peptide bonds between the other amino acid residues.  The Edman degradation sequentially removes one residue at a time from the amino end of a peptide.  Phenyl isothiocyanate reacts with the uncharged terminal amino group of the peptide to form a phenylthiocarbamoyl derivative.  Then, under mildy acidic conditions, a cyclic derivative of the terminal amino acid is liberated, which leaves an intact peptide shortened by one amino acid. Även om dabsyl metod för bestämning av amino-terminal resthalter är känslig och kraftfull, den kan inte användas upprepade gånger på samma peptid eftersom peptid är helt förstörd i syra-hydrolys steg. Pehr Edman utformat en metod för märkning av amino-terminal resthalter och cleaving den från peptid utan att störa den peptid banden mellan de andra aminosyra rester. Edman degradation sekventiellt tar bort en restsubstanser i en tid av amino slutet av en peptid. Phenyl allylisotiocyanat reagerar med icke uttagna terminal amino grupp av peptiden till form en phenylthiocarbamoyl derivat. Sedan, under mildy sura ett cykliskt derivat av terminalen aminosyra är befriat, vilket lämnar en intakt peptide förkortas med en aminosyra.

Analyses of protein structures have been markedly accelerated by the development of sequenators, which are automated instruments for the determination of amino acid sequence.  In a liquid-phase sequenator, a thin film of protein in a spinning cylindrical cup is subjected to the Edman degradation.  The reagents and extracting solvents are passed over the immobilized film of protein, and the released PTH-amino acid is identified by high-pressure liquid chromatography (also called high-performance liquid chromatography, HPLC). Analyser av protein strukturerna har märkbart snabbare utveckling av sequenators, som är automatiserade instrument för bestämning av aminosyrasekvensen. I en flytande fas sequenator, en tunn hinna av protein i en snurrande cylindriska Cup är utsättas för Edman nedbrytning. De reagenser och utvinna lösningsmedel förbigås den immobilized film av protein, och släpptes PTH-aminosyra identifieras genom högtryckspastörisering vätskekromatografi (även kallad högpresterande vätskekromatografi, HPLC).

One cycle of the Edman degradation is carried out in less than two hours.  By repeated degradations, the amino acid sequence of some fifty residues in a protein can be determined.  Gas-phase sequenators can analyze picomole quantities of peptides and proteins.  This high sensitivity makes it feasible to analyze the sequence of a protein sample eluted from a single band of an SDS-polyacrylamide gel. En cykel av Edman nedbrytning sker i mindre än två timmar. Genom upprepade degradations, aminosyrasekvensen av ett femtiotal rester i ett protein kan bestämmas. Gas-phase sequenators kan analysera picomole kvantiteter av peptider och proteiner. Denna höga känslighet gör det möjligt att analysera den följd av ett protein provet elueras från en enda bandet i en SDS-polyakrylamidgelelektrofores.