Welcome to Molecular Station! Välkommen till Molekylär Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Du måste registrera dig innan du kan posta i vårt forum eller använda vår avancerade funktioner. Register Now! Registrera dig nu! Its Free and Fast! Dess fria och Snabbt!

Already registered? Redan registrerad? Login now below. Logga in nu nedan.

User Name: Användarnamn:

Password: Lösenord:

Remember Me? Kom ihåg mig?

Already registered and Forgot your password? Redan registrerad och Har du glömt ditt lösenord? Click below to recover it. Klicka nedan för att återkräva det.

Recover Lost Password Återskapa förlorat lösenord

Join now - it's fast and free! Gå med nu - det är snabbt och gratis!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molecular Station är den största nätverk av forskare, vetenskapsmän och vetenskap älskare var som helst!

Recent Forum Posts Recent Forum Posts

Gene Expression Analysis - Bioinformatics Gene Expression Analysis - Bioinformatik

Gene expression can be determined by several methods including in broad terms protein expression, and mRNA expression. Genuttryck kan bestämmas med hjälp av flera metoder inklusive i stort protein expression, och mRNA uttryck.

mRNA Expression Analysis mRNA Expression Analysis

mRNA expression analysis or expression of mRNA levels can be assayed by multiple techniques at a large-scale level these include: mRNA expression analys eller uttrycket av mRNA nivåer kan analyseras av flera tekniker på en storskalig nivå dessa inkluderar:

• cDNA microarray analysis cDNA microarray analysis
• EST or expressed cDNA sequence tags EST eller uttryckt cDNA sekvenser
• SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) SAGE (Serial Analys av genuttryck)
• Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS) Massively Parallel Signature sekvensering (MPSS)
• multiplexed in-situ hybridization multiplexerade in-situ hybridisering

At a smaller scale or to confirm results of a larger-scale one can use the following mRNA expression techniques: I mindre skala eller att bekräfta resultaten i en större skala kan man använda följande mRNA expression tekniker:

• RT-PCR
• Real-Time PCR Real-Time PCR
• Ribonuclease protection assay (RPA) Ribonukleas skydd assay (RPA)

However, bioinformatic analysis can be used. Men bioinformatisk analys kan användas. Bioinformatic analysis allows the bypassing of biological measurement bias and noise of the specific techniques and uses statistical tools to separate significant change in gene expression from noise in large-scale or high-throughput gene expression studies. Bioinformatisk analys möjliggör kringgående av biologisk mätning bias och buller av de specifika metoder och använder statistiska verktyg för att skilja betydande förändringar i genuttryck av buller i stor skala eller kombinatorisk genuttryck studier.

Such studies can be employed to determine the genes implicated in a disorder: one might compare microarray data from cancerous epithelial cells to data from non-cancerous cells to determine the transcripts that are up-regulated and down-regulated in a particular population of cancer cells. Sådana studier kan användas för att bestämma vilka gener involverade i en sjukdom: man kan jämföra microarray data från en cancergen epitelceller till uppgifter från icke-cancerceller att bestämma utskrifter som är upp-reglerade och ned-reglerade i en viss population av cancerceller .

Affymetrix GeneChip Technology Analysis Affymetrix GeneChip Technology Analysis

Affymetrix GeneChip Technology is used frequently to analyse mRNA expression patterns using a microarray approach. Affymetrix GeneChip Technology används ofta för att analysera mRNA expression mönster med hjälp av en microarray strategi.

Raw data generated from GeneChip probe arrays can be analyzed using the Affymetrix (MAS)4.0 and MAS5.0 (Microarray Analysis Suite) software. Rådata som genereras från GeneChip sond matriser kan analyseras med hjälp av Affymetrix (MAS) 4,0 och MAS5.0 (Microarray Analysis Suite) programvara.

Microarray Analysis Suite software is able to calculate a variety many measurements using the hybridization intensities measured by the scanner from the probe arrays. Microarray Analysis Suite programvara kan beräkna en sort många mätningar med hjälp av hybridisering som uppmätts med scanner från sonden arrayer.

Some Affymetrix analysis algorithms Några Affymetrix analys algoritmer

Raw Data Analysis Raw Data Analysis

The intensity from the entire probe array is used for Background and Noise calculations in raw data analysis. Intensiteten från hela sonden array används för Bakgrund och brus beräkningar i rådata analys.

Other metrics compare the intensities of the sequence-specific Perfect Match (PM) probe cells with their control Mismatch (MM) probe cells for each probe set to determine if a transcript is Present (P), Marginal (M), or Absent (A). Annan statistik jämföra intensiteterna för de sekvens-specifika Perfect Match (PM) sond celler med deras kontroll Fel (MM) sond celler för varje sond som att avgöra om en utskrift är närvarande (P), Marginal (M), eller frånvarande (A ). Next, the numbers of Positive and Negative probe pairs are determined for every probe set. Nästa nummer av positiva och negativa sond par bestäms för varje probe set. The numbers of Positive and Negative probe sets are then used to derive metrics that describe the performance of each probe set, the Positive Fraction and the Pos/Neg Ratio. Antalet positiva och negativa prob-apparater används sedan för att få fram statistik som beskriver resultatet för varje sond som är de positiva Bråk och POS / NEG-kvoten. Raw data analysis also results in Absence and Presence Calls, Average difference, and Expression Levels. Primärdata analys resulterar även i frånvaro och närvaro Europaparlamentet, Genomsnittlig skillnad, och yttrandefrihet.

Comparison Analysis Comparison Analysis

Comparison analysis gives Normalization and Scaling, Fold Change Calculation and Correlation Coefficients. Jämförelse analys ger Normalisering och fjällning, Fold Change Beräkning och korrelation koefficienter.

Functional Relationships Functional Relationships

Functional Relationships can be assayed by using several methods including: Functional Relationships kan analyseras med hjälp av flera metoder inklusive:

• Listing genes by changes in their expression including fold-Increase or Decrease Listing gener genom förändringar i deras uttryck inklusive fold-ökning eller minskning
• Phylogenetic Trees Phylogenetic Trees
• Self-Organizing Maps Self-Organizing Maps
• Relevance Networks Relevans Networks

Protein Expression Analysis Protein Expression Analysis

See protein expression analysis for more information on this topic. Se protein expression analysis för mer information om detta ämne.

Gene Expression Bioinformatics Forum Genuttryck Bioinformatik Forum

Discuss and post questions about gene expression in the Bioinformatics Forum . Diskutera och ställ frågor om genuttryck i bioinformatik Forum.