Bioinformatics, Протоколы, Протеин Proteomics RNA ДНАА

Протоколы Bioinformatic Биологии Домашние Оборудуют Encyclopaedia Биологии Форумов Биологии Молекулярный Молекулярные Изображения Биологии, котор Bookmark Мы!

домашн > протеин > bioinformatics > subcellularlocalization > index.php

Исследование Proteomics Протеина RNA ДНАА Videos Науки Новостиа науки Молекулярной Биологии Домашнее БЕТА! Методов биологии оборудования лаборатории Bioinformatics продукты биологии молекулярных молекулярные и соединения биологии обслуживаний родственные

Молекулярная Биология Blog

Пошлите эту страницу к другу

Внутриклеточные Станции

Буферов буферов ботаники антитела обломоки PCR в реальном масштабе времени PCR RNAi Microarray протеина Proteomics пептида воображения микробиологии массового спектрометрирования иммунологии Microarrays гистологии биологии клетки bookstore общих алфавитные и электрофореза геля культуры молекулярные и помарка Transfection биологии стержневой клетки SiRNA западная

 

Протоколы Протеина

Энциклопедия Протеина

Протеин Bioinformatics

Форум Науки Протеина

Протеин Blog

Весточка ДНАА

 

Локализация Протеина Субцеллюлярная

Локализация протеина важна по мере того как функция протеина может быть локализована к специфически зонам внутри клетки или внутри клетчатые органеллы. Эти bioinformatic программы и базы данных содержат информацию и могут предсказать где протеин может быть локализован основал на последовательностях сигнала или последовательностях локализацией, котор содержат внутри протеин. Также см. нашу директорию соединения - инструменты Bioinformatic локализацией протеина категории субцеллюлярные

Интересные бумаги локализацией протеина: Предсказывая локализация протеина субцеллюлярная: за, настоящий момент, и будущее.

Базы данных локализацией протеина субцеллюлярные и субцеллюлярный прогноз для:

Eukaryotes

Мышь (Mus Muscularis)

Заводы (Arabidopsis)

Бактерии (Prokaryotes - грамм положительный и отрицательный)

Также см. нашу директорию соединения - локализацию протеина категории субцеллюлярную

Базы данных локализацией генералитета Еукарыотич Протеина Субцеллюлярн:

DBSubLoc - база данных локализации протеина субцеллюлярной

Машина вектора поддержки польз ESLPred (Bhasin и Raghava, 2004) и PSI-BLAST для того чтобы задать eukaryotic протеины к ядру, mitochondrion, цитоплазме, или внеклеточному космосу.

База данных  LOCHomсубцеллюлярных прогнозов локализацией основанных на гомологичности последовательности.  В настоящее время предсказывает субцеллюлярную локализацию протеинов от following базы данных: Протеины SWISS-PROT, thaliana Arabidopsis (завод), elegans Caenorhabditis (глист), melanogaster дрозофилы (муха), musculus Mus (мышь), и протеин Homosapiens (людские) субцеллюлярные базы данных локализацией.

HSLpred (Бюасин et al, 2005) будет инструментом прогноза локализацией для людских протеинов который использует машину вектора поддержки и PSI-BLAST для того чтобы произвести прогнозы для 4 мест локализацией.

LOCSVMPSI (Хие et al, 2005, NAR в давлении) будет eukaryotic методом прогноза локализацией который включает постепеновскую информацию в свои прогнозы. Метод использует PSI-BLAST и машину вектора поддержки для того чтобы произвести прогнозы для up to 12 мест локализацией.

База данных  LOC3dпредсказанной субцеллюлярной локализации для eukaryotic цепей PDB. Субцеллюлярная локализация в настоящее время предсказана использующ 4 по-разному метода: predictNLS (ядерный сигнал локализацией), LOChom (используя гомологичность), LOCkey (используя keywords) и LOC3d (прогноз нервной системы основанный). Сообщенная локализация основана на методе предсказывает локализацию, котор дали протеина с самым высоким доверием.

LOCtree (Nair и Rost, 2005). LOCtree будет eukaryotic и prokaryotic инструментом прогноза локализацией имеющимся на КУБИЧЕСКОМ месте. Базы данных прогнозов локализацией сделанных серверами ЧУБИЧ'с также имеющиеся и described below.

NucPred (Юеддад et al, 2004) использует присутсвие ядерных сигналов локализацией определенных через генетический программируя алгоритм за основа своего метода классифицирования.

Predotar конструировано для того чтобы предсказать присутсвие митохондриального и plastid пристреливая пептиды в последовательностях завода.

predictNLS (Чокол et al, 2000) используют ядерные motifs сигнала локализацией для того чтобы предсказать мог ли протеин быть локализован к ядру

PSLT (Счотт et al, 2004) будет bayesian сет-osnovannym методом который предсказывает людскую локализацию протеина основанную на чо-co-occurence motif/domain. Инструмент не пока available online, тем ме менее свои прогнозы для 9793 людских протеинов в SWISS-PROT имеющиеся для download от места PSLT.

пользы pSLIP (Сарда et al, 2005) поддерживают машину вектора и множественные physiochemical свойства амино кислот для того чтобы задать eukaryotic протеин до одно из 6 мест локализацией.

Сервер локализацией аналитика Proteome субцеллюлярный (Lu et al, 2004) этот специализированный сервер имеющийся на месте аналитика Proteome ПЕННИА может расклассифицировать протеины грамотрицательных, грамположительных, грибков, завода и животного к много мест локализацией. База данных прогнозов также имеющяяся и described below.

pTARGET (Guda и Subramaniam, 2005) использует состав amino acid и локализаци-speqificeski домены Pfam для того чтобы задать eukaryotic протеин до одно из 9 мест локализацией.

Prowler протеина (Boden и Hawkins, 2005) классифицирует eukaryotic пристреливая сигналы как выделительно, mitochondrion, хлоропласт или другое.

PSORTII

SecretomeP (Бендтсен et al, 2004) предсказывает eukaryotic протеины которые сделаны секретным через нетрадиционный выделительный механизм.

SignalP (Бендтсен et al, 2004) предсказывает традиционные пептиды сигнала Н-sterjn4 и в prokaryotic и eukaryotic протеинах.

Пользы SubLoc (Hua и солнце, 2001) поддерживают машину вектора для того чтобы задать prokaryotic протеин к цитоплазменным, periplasmic, или внеклеточным местам, и eukaryotic протеину к цитоплазменным, митохондриальным, ядерным, или внеклеточным местам. Доработанный вариант SubLoc был использован в PSORT-B v.1.1 для того чтобы продифференцировать цитоплазменные и нон-qitoplazmennye протеины.

TargetP (Емануелссон et al, 2000) предсказывает присутсвие пептидов сигнала, пептидов перехода хлоропласта, и митохондриальных пристреливая пептидов для протеинов завода, и присутсвия пептидов сигнала и митохондриальных пристреливая пептидов для eukaryotic протеинов.

Базы данных локализацией протеина мыши субцеллюлярные:

РАЗМЕЩАЙТЕ будет а curated база данных расквартировывает данные описывая организацию мембраны и субцеллюлярную локализацию протеинов от комплекта последовательности протеина мыши RIKEN FANTOM3. Организация мембраны предсказана высок-high-throughput, вычислительной памяткой трубопровода. Субцеллюлярные положения были обусловлены высок-high-throughput, иммунофлуоресценци-osnovannym assay и ручно рассматривать пэр-rasmotrennye издания.

Базы данных локализацией протеина субцеллюлярные для заводов (и Arabidopsis):

База данных  LOCHomсубцеллюлярных прогнозов локализацией основанных на гомологичности последовательности.  В настоящее время предсказывает субцеллюлярную локализацию протеинов от following thaliana Arabidopsis (завода).

База данных локализацией протеина последовательности завода PSORT субцеллюлярная для заводов.

База данных Arabidopsis Субцеллюлярная Proteomic (SUBA)

Поиск базы данных завода специфически Геном Семьей

Базы данных локализацией протеина Prokaryotic субцеллюлярные для бактерий:

PSORT PSLpred (Бюасин et al, 2005) будет инструментом прогноза локализацией для грамотрицательных бактерий который использует машину вектора поддержки и PSI-BLAST для того чтобы произвести прогнозы для 5 мест локализацией.

LOCtree (Nair и Rost, 2005). LOCtree будет eukaryotic и prokaryotic инструментом прогноза локализацией имеющимся на КУБИЧЕСКОМ месте. Базы данных прогнозов локализацией сделанных серверами ЧУБИЧ'с также имеющиеся и described below.

Пользы CELLO (Ыу et al, 2004) поддерживают машину вектора основанную на составе н-peptida для того чтобы задать грамотрицательный протеин к цитоплазме, внутренней мембране, periplasm, наружной мембране или внеклеточному космосу.

Пользы SubLoc (Hua и солнце, 2001) поддерживают машину вектора для того чтобы задать prokaryotic протеин к цитоплазменным, periplasmic, или внеклеточным местам, и eukaryotic протеину к цитоплазменным, митохондриальным, ядерным, или внеклеточным местам. Доработанный вариант SubLoc был использован в PSORT-B v.1.1 для того чтобы продифференцировать цитоплазменные и нон-qitoplazmennye протеины.

SignalP (Бендтсен et al, 2004) предсказывает традиционные пептиды сигнала Н-sterjn4 и в prokaryotic и eukaryotic протеинах.