Bioinformatics, Протоколы, Протеин Proteomics RNA ДНАА

Протоколы Bioinformatic Биологии Домашние Оборудуют Encyclopaedia Биологии Форумов Биологии Молекулярный Молекулярные Изображения Биологии, котор Bookmark Мы!

домашн > протеин > bioinformatics > протеин-protein-motifs > index.php

Исследование Proteomics Протеина RNA ДНАА Videos Науки Новостиа науки Молекулярной Биологии Домашнее БЕТА! Методов биологии оборудования лаборатории Bioinformatics продукты биологии молекулярных молекулярные и соединения биологии обслуживаний родственные

Молекулярная Биология Blog

Пошлите эту страницу к другу

Внутриклеточные Станции

Буферов буферов ботаники антитела обломоки PCR в реальном масштабе времени PCR RNAi Microarray протеина Proteomics пептида воображения микробиологии массового спектрометрирования иммунологии Microarrays гистологии биологии клетки bookstore общих алфавитные и электрофореза геля культуры молекулярные и помарка Transfection биологии стержневой клетки SiRNA западная

 

Протоколы Протеина

Энциклопедия Протеина

Протеин Bioinformatics

Форум Науки Протеина

Протеин Blog

Весточка ДНАА

 

Motif протеина и прогноз домена протеина

Также см. нашу базу данных соединения инструментов Bioinformatic motif протеина

Motifs и доменами протеина будут важные по мере того как они обеспечивают clues о posible функциях протеина, и по возможности взаимодействия протеина. Если протеин например имеет домен для вязки ДНАА, то вы предсказали бы то что протеин может подействовать путем связывать к последовательностям ДНАА.

Примечание на motif протеина и базе данных домена протеина ищет: Большинств протеины модульны с несколькими доменов.  Если ваши протеин или неизвестное proteni самые подобные к киназе протеина, то это обязательно не намеревается что это будет киназой - по возможности 2 протеина делит несколько других доменов (ie. несколько доменов SH3).

См. нашу базу данных соединения инструментов Bioinformatic motif протеина

Базы данных Motif Протеина:

CDD Сохраненная База данных Домена. Протеины часто содержат несколько модули или доменов, каждое с определенным постепеновским началом и функцию. Сохраненной NCBI's базой данных домена будет собрание множественных выравниваний последовательности для стародедовских доменов и полнометражных протеинов. Обслуживание CD-Search может быть использовано для того чтобы определить сохраненные домены присытствыющие в последовательности query протеина.

Поиск poiska по ключевому слову CDD сохраненная база данных домена Keyword на Entrez Pubmed.

CDART: Сохраненный Инструмент Возвращения Зодчества Домена

InterPro InterPro будет базой данных семей протеина, доменов и функциональных мест в которых identifiable характеристики найденные в знанных протеинах можно приложить к неизвестным последовательностям протеина.

PROSite PROSITE будет базой данных семей и доменов протеина. Оно состоит биологически значительно мест, картин и профилей которые помогают надежно определить к которой знанной семье протеина (если любой), то новая последовательность принадлежит.

Pfam Pfam будет большим собранием множественных выравниваний последовательности и спрятанных моделей Markov покрывая много общих доменов протеина. Вариант 7.7b Pfam (2002 -го октябрь) содержит выравнивания и модели для 4832 семей протеина, основанные на Swissprot 40 и sP-TrEMBL-TrEMBL

База данных Домена Протеина ProDom

PairsDB автоматический алгоритма разложения домена (ADDA) использовано для того чтобы произвести базу данных семей домена протеина с вполне охватом всех последовательностей протеина. Последовательности разделены в домены и домены собраны в семей домена протеина в вполне автоматизированном процессе. В настоящее время база данных содержит домены для больше чем 1.5 миллиона последовательностей в больше чем 40 000 семьях домена. В частности, 3828 семей домена романа которые не перекрывают с curated базы данных Pfam, SCOP и InterPro домена. Данные isfreely имеющиеся для downloading и запрашивать через поверхность стыка стержня. См. также:
Поиск Семей Домена PairsDB
Семьи Домена PairsDB Browse

ПЕЧАТИ ПЕЧАТЕЙ будут план- конспектом фингерпринтов протеина. Фингерпринт будет группой в составе сохраненные motifs используемые для того чтобы характеризовать семью протеина; своя диагностическая сила уточнена итеративной скеннированием смеси SWISS-PROT/TrEMBL. Обычно motifs не перекрывают, а отделены вдоль последовательности, хотя они могут быть сопредельны в 3D-space. Фингерпринты могут зашифровать створки и функциональности протеина гибко и мощно чем смогите определить motifs, польностью диагностический potency выводя от взаимного смысла обеспеченного соседями motif.

Ударами развертки motif УДАРОВ будут свободно база данных посвященная к доменам протеина. Будет также собранием инструментов для исследования отношений между последовательностями протеина и motifs описанными на их. Эти motifs определены несродным собранием упредителей, которое в настоящее время вклюает регулярно выражения, обобщенные профили и спрятанные модели Markov

ФРАНТОВСКОЙ Просто Модульный Инструмент Исследования Зодчества.  Цель: позволить автоматические идентификацию и приписку доменов в user-supplied последовательностях протеина.

PROClass база данных ProClass будет нон-rezervno1 базой данных протеина организованной согласно семейным отношениям как определено собирательно картинами ПроСите и superfamilies PIR. База данных ProClass может облегчить поиска информации семьи протеина, раскрыть семейные отношения домена и, и расклассифицировать multi-domained протеины, путем совмещать гловальный и сходства motif в одиночную схему организации семьи.

Сервер биологии searchable индекса ШВЕЙЦАРЦА PROT ExPASY молекулярный университета geneva: содержит searchable индекс SWISS-PROT.

ExPASY PROSITE PROSITE будет базой данных семей и доменов протеина. Оно состоит биологически значительно мест, картин и профилей которые помогают надежно определить к которой знанной семье протеина (если любой), то новая последовательность принадлежит.

База данных семьи протеина SYSTERS Motifs

Базой данных TIGRFAM будет семьи протеина основанные на спрятанных моделях или HMMs Markov.

поиск eMotif eMOTIFS выведен от множественных выравниваний последовательности в базе данных BLOCKS+.

MOTIF: Смогите искать множественные базы данных включая: Картина PROSITE, профиль PROSITE, БЛОКИ, ProDom, ПЕЧАТИ, Pfam, Pfam_fs для частей, и user-defined архива профиля.

Поиск HMM - поиск motif последовательности протеина использующ базу данных Pfam-A доменов протеина - центр Sanger (Великобритания).

Поиск HMM - поиск motif последовательности протеина использующ базу данных Pfam-A доменов протеина - WUSTL (США).

РАНГОУТ - инструмент выравнивания и поиска motif - установка Pasteur (Франция).

MEME - множественный em для motif Elicitation - института Pasteur (Франции).

MOTIF - Обслуживание Поиска Картины - Положение У Айовы (США).

PatternFind - поиск картины поиска картины последовательности нескольких баз данных включая: Wve1qareq-Prot, TrEMBL, варианты соединения Wve1qarqa-Prot, trEST, trGEN,
trome, в настоящее время пептиды для всех видов, микробные вполне proteomes ENSEMBL, отпуск RefSeq, уточнения RefSeq еженедельные, PATTINPROT - поиск картины последовательности query - pole bio-Informatique-Informatique Lyonnaise (Франция), Pratt2.1 - инструмент открытия картины, pratt - у helsinki (Финляндия), установка pratt - Pasteur (Франция), pratt - установка Informatik-U Bergensis (Норвегия), pratt - EBI (Великобритания).

PROSITE - поиски motifs профиля базы данных ProSite.

Поиск PROSITE - Genestream - IGH Montpellier (Франция).

ScanProsite - просмотрите последовательность протеина против db PROSITE - ExPASy (Швейцария).

Базы данных Motif Протеина Завода:

PlantP 

PHYTOPROT вообще процедура за PHYTOPROT состоит в выполнять "вс-$$$-VSE" сравнение (putative) последовательностей протеина с средством программирования BIOFACET, строя группы последовательностей (Mohseni-Zadeh et al., Recomb 2003) основали на их сходстве и окончательном показе la Prodom 2a, котор домены делили последовательностями в каждой группе

Integr8 Arabidopsis Thalania обеспечивает информацию о протеине использующ poiska по ключевому слову. Содержит данные по домена в пределах поиска.

Семьи Протеина Pfam Arabidopsis

Базы данных Motif Протеина Дармоеда:

База данных Motif Дармоеда Поиска Motif Дармоеда. Базы данных: Все Leishmania, Leishmania главное Friedlin, brucei Trypanosoma, cruzi Trypanosoma, все Crithidia, все kinetoplastids, falciparum Plasmodium, все Plasmodium, gondii toxoplasma, все Apicomplexa, все Schistosoma, все Filarioidea.

Другие Базы данных Motif Протеина Вида:

Другой вид на Integr8

Pfam другой вид