Welcome to Molecular Station! Bine ati venit la Molecular Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Trebuie să te înregistrezi înainte de a putea posta pe forumuri sau de a utiliza caracteristicile avansate. Register Now! Înregistrează-te acum! Its Free and Fast! Libera si rapid!

Already registered? Ești deja înregistrat? Login now below. Login acum de mai jos.

User Name: Nume utilizator:

Password: Parola:

Remember Me? Remember Me?

Already registered and Forgot your password? Ești deja înregistrat și V-ați uitat parola? Click below to recover it. Faceți clic mai jos pentru a le recupera.

Recover Lost Password Recuperare Parola uitata

Join now - it's fast and free! Inscrie-te acum - Este rapid și gratuit!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molecular Station este cea mai mare rețea de cercetători, oameni de știință și știință iubitori de oriunde!

Recent Forum Posts Recent Forum Posts

RNA Protocols Protocoale de ARN

RNA Encyclopedia ARN Enciclopedie

RNA Bioinformatics ARN Bioinformatics

RNA Forum ARN Forum

RNA Blog ARN Blog

RNA News ARN Noutati

RNA Gels ARN Gels

Copyright 2007 - Molecular Station Copyright 2007 - Molecular Station

History of RNA Gel Electrophoresis Istoric de ARN Gel Electrophoresis

RNA Gels have been used for decades to separate out and qualitatively assess the quality of RNA isolated from samples. ARN Gels au fost folosite timp de decenii pentru a separa și calitativ evalua calitatea de ARN izolat de la probe. If you are not sure what RNA is checkout: Dacă nu sunteți sigur ce ARN de verificare este:

AUDIO AUDIO Listen to a detailed RNA Explanation ! Asculta la un ARN Explicatii detaliate! and see our RNA encyclopedia article. și ne vedeți ARN enciclopedia articol.

RNA Gel Electrophoresis - Background Information ARN Gel Electrophoresis - Background Information

After isolation of RNA samples, the quality of the isolated RNA preparation is usually assessed by electrophoresis on a denaturing agarose gel. După izolare ARN de probe, calitatea de ARN izolate de preparare este, de obicei, evaluate de electrophoresis pe o denaturare agarose gel. Although the results are mainly qualitative, you can get some information about the yield of the RNA as well. Cu toate că rezultatele sunt în principal de calitate, puteți obține unele informații despre producția de ARN, de asemenea.

Denaturing gels are used because RNA tends to fold upon itself and form extensive and stable secondary structure via intramolecular base pairing. Denaturing gels ARN sunt folosite, deoarece tinde să ocolul la sine și formă extinsă și stabil, prin intermediul structurii secundare Intramolecular bază de legare în pereche. This secondary structure of RNA prevents it from migrating mainly according to its size. Această structură secundară de ARN se împiedică migrează în principal în funcție de mărimea acestuia.

Make sure that you include an RNA positive control on the gel, in the case that you get unusual results you can then determine whether the problem was with the gel or was a problem with the RNA you are analyzing. Asigurați-vă că includeți un ARN pozitive de control cu privire la gel, în caz că veți obține rezultate neobișnuite pe care le pot apoi determina dacă problema a fost cu gel sau a fost o problema cu ARN vă sunt analizate. You can also use RNA molecular weight markers, an RNA sample known to be intact, or both, can be used for this purpose. Puteți utiliza, de asemenea, ARN markerilor de greutate moleculară, o mostră de ARN cunoscute a fi intacte, sau ambele, pot fi utilizate în acest scop.

RNA gels are visualized with ethidium bromide staining as ethidium bromide intercalates between the secondary structure of the RNA molecules and allows RNA to be seen under UV light. ARN gels se vizualizeaza cu ethidium bromide petele ca ethidium bromide intercalates secundar între structura moleculelor de ARN ARN și permite de a fi vazut sub lumina UV.

RNA is separated out by gel electrophoresis (usually agarose gel electrophoresis). ARN este separat de gel electrophoresis (de obicei agarose gel electrophoresis). After running an RNA gel you can conduct a northern blot with subsequent transfer to membrane, hybridization with probe, and finally detection. După ce execută o ARN gel puteți să efectueze o cu nordul blot ulterioare de transfer pentru a membranei, hybridization cu proba și, în final, de detectare. Or simply (and much quicker), stain for RNA using ethidium bromide or SYBR (or similar dye - better as it is non-toxic and safer). Sau pur și simplu (și mai repede), petelor de ARN folosind ethidium bromide sau SYBR (sau similare Dye - ca este mai bine non-toxice și mai sigură).

Applications of RNA Gels Cererile de ARN Gels

As northern blots are much more tedious to complete than RNA gels and real-time PCR, they are not used as much as RNA gels. Ca blots nord, sunt mult mai mult pentru a finaliza tedious ARN gels și PCR în timp real, acestea nu sunt folosite la fel de mult ca ARN gels.

The RNA gel electrophoresis and its variations are used in molecular biology research to: De ARN gel electrophoresis și variațiile acestuia sunt folosite de cercetare în biologie moleculară la:

• detect RNA detecta ARN
• assay for quality of RNA isolated test de calitate pentru a ARN izolate
• allow for general determination of RNA quantity or yield generale pentru a permite determinarea cantității de ARN sau randamentul
• assay for RNA degradation test pentru degradarea ARN

Disadvantages of RNA Gels Dezavantaje de ARN Gels

The disadvantages of using RNA gel electrophoresis includes: Dezavantajele de a folosi ARN gel electrophoresis include:

• RNA gels are not very quantitative. ARN gels nu sunt foarte cantitative. You cannot determine precisely the RNA yield or amount even with standards. Nu se poate stabili exact suma ARN randamentul sau chiar cu standardele. Radioactive methods such as northern blotting or dot blots are much more accurate. Radioactive, metode, cum ar fi nordul blotting sau dot blots, sunt mult mai precise.
• Often ethidium bromide is used to detect the RNA. De multe ori ethidium bromide este folosit pentru a detecta ARN. Ethidium bromide is a biohazard as it is mutagenic and toxic. Ethidium bromură este un biohazard ca este mutagene și toxice.
• RNA gels allow for a quick determination of RNA yield however are not as fast as UV spectrophotometry or other methods. ARN gels pentru a permite o rapida determinare a ARN randament cu toate acestea nu sunt la fel de rapid ca Spectrofotometrie UV sau alte metode.

Advantages of RNA Gels Avantaje de ARN Gels

The advantages of RNA Gels include: Avantajele ARN Gels includ:

• It is a widely accepted method Este o metodă larg acceptată
• RNA gels are very quick and easy to perform ARN gels sunt foarte rapidă și ușoară de a efectua
• You can assay for RNA quality within 1-2 hours Aveți posibilitatea de test pentru ARN de calitate în termen de 1-2 ore
• If you use SYBR or another non-toxic stain (ie you do not use Ethidium Bromide), RNA Gels are quite safe. Dacă utilizați un alt SYBR sau non-toxice petelor (adică să nu folosiți Ethidium bromură), ARN Gels sunt destul de sigur.

RNA Gel Protocol ARN Gel protocol

To verify the integrity of your RNA you should do a " Northern blot " analysis. Pentru a verifica integritatea dvs. ARN ar trebui să faceți un "Northern blot" analiză. In order to accomplish this you must run a denaturing gel. În acest scop, trebuie să rulați o denaturare gel.

For Mini-gels to Midi-gels of RNA use: Make 50 mL-100mL Pentru Mini-gels Midi pentru a ARN-gels de utilizare: Asigurați-50 ml-100ml

For Mega-gels Make 400 mL. Pentru Mega-gels Asigurați-400 ml.

For 100mL Gel (most commonly run) you need to add 1g of agarose to make 1% agarose solution. Pentru Gel 100ml (cel mai frecvent rula) trebuie să adăugați 1g de agarose de a face 1% agarose soluție.

Running Buffer Recipe for RNA Gels Rularea de zonă tampon Recipe pentru ARN Gels

RNA Denaturing Reagents ARN Denaturing Reactivi

To prepare 400ul of RNA denaturing reagent: Pentru a pregăti 400ul de ARN denaturare reactiv:

Add the following: Adăugați următoarele:

• 80% Foramide-deionized 300ul 80% Foramide-deionized 300ul
• 3.7 % formaldehyde 40 ul 3,7% formaldehida 40 ul
• 1X 50X E buffer 8 ul E 1x 50x tampon de 8 ul
• dH2O = 400ul 52ul dH2O = 400ul 52ul

50 XE buffer per liter 50 XE-tampon pe litru

Add: Adaugati:

• 0.9 M Na2 HPO4 Dibasic 127.8 g 0,9 M Na2 HPO4 dibazic 127,8 g
• 0.1M NaH2PO4 Monobasic 13.8 g 0.1M NaH2PO4 · Monobasic 13,8 g

Protocol: Steps in Preparing an RNA Gel Protocol: Pași în Pregătirea un ARN Gel

1. put agarose in solutions. agarose pus în soluții.
2. Heat prepared solution in tissue-plugged flask Heat pregătit soluție în țesut-o priză Balonul
3. Let cool to 60°C Lasa la rece la 60 ° C
4. Add Formaldehyde to equal 0.66M 2.7 ml 4.0 5.3 21.2 Adăugați la egalitatea de Formaldehida 0.66M 2,7 ml 4,0 5,3 21,2
5. (Add Ethidium Bromide if you are using it to flask) (Adăugați Ethidium bromură dacă folosiți-l pentru a flaconului)
6. Pour gel (in hood if possible). Se toarna gel (în hood, dacă este posibil).
7. Heat 2 ug of RNA at 75°C for 10 min., then quick cool. Heat 2 ug de ARN la 75 ° C timp de 10 min., Apoi rapid misto. (this will allow RNA to denature and stay single-stranded). (aceasta va permite ARN de a denatura și de ședere single-stranded).
8. Add: 2.5 vol of RNA denaturing reagent Adăugare: 2,5 vol. ARN de denaturare reactiv
9. Add 1/10 vol. Adăugați 1 / 10 st. of loading dye to samples. de încărcare, vopsitorie la probe.
10. Load samples onto agarose gel wells. Probe de încărcare pe agarose gel fântâni.
11. Run Gel (usually 100V volts) for 30minutes-2 hours. Executare Gel (de obicei 100V volts) pentru 30 minute-2 ore. (Check RNA running using dye markers) (Verificați ARN execută utilizând markeri vopsitorie)

Tips for RNA Gels Sfaturi pentru ARN Gels

Always run an agarose gel of your RNA to assess the quality. Întotdeauna rula un agarose gel de ARN-vă pentru a evalua calitatea. Do not only rely only UV spectrophotometry results. Nu doar se bazează doar Spectrofotometrie UV rezultate.

* Use DEPC treated water and baked glassware for all the steps. * Utilizarea DEPC apei tratate si cuptor sticla pentru toți pașii. The buffers must be Rnase free or use Milipore purified water if you are in a rush. Buffers de Rnase trebuie să fie gratuit sau de a folosi Milipore apă purificată, dacă sunt în papură. Rnase is everywhere! Rnase este peste tot! Wear gloves, use only baked glassware, or virgin plastic. Utilizați mănuși, utilizați numai cuptor sticla, virgine sau din material plastic. DePC treat your water, buffers (except Tris). DePC tratamentul apei, buffers (cu excepția Tris). Be very careful. Fiți foarte atent.

Troubleshooting RNA Gels Rezolvarea problemelor ARN Gels

If you currently have a preferred method for running RNA, continue to use it. Dacă în prezent aveți o metodă preferată pentru executarea ARN, continuă să-l folosească.

Discuss and post problems or questions about RNA Gels in the RNA Protocols Forum . Discutați și post probleme sau întrebări în legătură cu ARN Gels în ARN protocoalele Forum.

RNA Gel References ARN Gel Referinte