Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatics, protocoalelor, ADN ARN proteine proteomics

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologie Acasă protocoalele Bioinformatic Instrumente Forumuri de Biologie Biologie Moleculară Enciclopedia Biologie Moleculară Imagini Bookmark Us!

home > protein-microarrays > protein-chip-attachment > index.php home> proteină-microarrays> proteină-chip-atașament> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Biologie Moleculară Home știință Știri știință Vizual ADN ARN proteine proteomica Cercetare versiune beta! Bioinformatics Lab Echipamente de Biologie Moleculară Tehnici de Biologie Moleculară Produse și servicii legate de Biologie Link-uri

Molecular Biology Blog Biologie Moleculară Blog

Send this page to a friend Trimiteți această pagină unui prieten

Intracellular Stations Statii de intracelulară

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Antibody Botany comun Buffers Buffers alfabetic Librarie Biologie celulara si Cultura Gel Electrophoresis Histologie Microarrays Imunologie spectrometria de masă Microbiologie Molecular Imaging peptida proteomica Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR și RNAi siRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot

Protein Array Protocols Protein Array Protocoale	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatics	Learn about Protein Arrays Aflați mai multe despre Protein Array	Protein Array Kits and Products Protein Array Kituri si Produse	Protein Array Forum Protein Array Forum	Proteomic News Proteomic Noutati

Protein Attachment to Microarray Chips Protein Atasament să Microarray Chips

Protein and Antibody Microarrays Proteine și Antibody Microarrays

Creation and Manufacture of Protein and Antibody Microarray Chips Crearea si Producerea de proteine și Antibody Microarray Chips

Attachment Atasament
To attach proteins to a solid surface, the surface of the substrate has to be modified to achieve maximum binding capacity (8,27).  The proteins are attached to the chip on a protein attachment layer (see Figure 3).  This layer is typically an organic film which varies with the nature of the application.  A variety of materials have been studied including agarose (39), dextran-based hydrogel (40), porous polyacrylamide hydrogel  hydrophilic polymers and polyamino acids (41). Pentru a atașa o bază solidă pentru a proteinelor de suprafață, suprafața substratului trebuie să fie modificate pentru a atinge capacitatea maximă obligatorii (8,27). Proteine sunt anexate la chip pe un strat de proteine atasat (a se vedea figura 3). Acest strat este de obicei un film care variază organice cu natura cererii. O varietate de materiale au fost studiate, inclusiv agarose (39), pe bază de dextran Hydrogel (40), poros polyacrylamide Hydrogel hidrofil, polimeri și polyamino-acizi (41).
A convenient attachment method used nitrocellulose-membrane or poly-L-Lysine coated glass such that proteins could be passively absorbed onto the surface through non-specific interactions (34,42,43).  The attached proteins bind onto the surface in random orientations and can be washed off under stringent washing conditions.  However, the noise level is usually higher because of the non-specific absorption/adsorption. O metoda convenabila de racordare utilizate nitrocellulose-membrană sau poli-L-lisină astfel de sticlă acoperită cu un strat de proteine care ar putea fi absorbită de pasiv spre Suprafață prin care nu interacțiuni specifice (34,42,43). Atașate se leagă de proteinele pe teren în aleatoare orientări și pot fi spălate în afara condițiilor stricte de spalat. Cu toate acestea, nivelul de zgomot este de obicei mai mari, din cauza ne-specifice de absorbție / adsorption.
A more specific and stronger attachment is achieved by creating reactive surfaces on glass that can covalently cross-link to proteins (31,36,26).  A bifunctional silane cross-linker is used to form a self-assembled monolayer (SAM), which has one functional group that reacts with the hydroxyl groups on glass the glass surface, and another group which is free to react with primary amine groups of proteins or can be further chemically modified to reach maximum specificity (44,45).  Another variation is gold-coated glass (46,47).  The advantage of gold-coated chips is that SPR and mass spectrometry can be integrated as detection methods to monitor the dynamics of the reaction, and to identify the captured molecules. O mai specifice și mai puternic atasat este realizat prin crearea de reactiv pe suprafețe de sticlă, care poate covalently cross-link-ul de la proteine (31,36,26). Un bifunctional silane legături încrucișate este utilizat pentru a forma o auto-asamblate monolayer (SAM), care are o grupă funcțională, care reactioneaza cu hydroxyl grupuri de pe sticla, sticla de suprafață, și un alt grup care este liberă să reacționeze cu grupări amino primare de proteine sau mai poate fi modificat chimic pentru a ajunge la maxim de specificitate (44,45). O altă variantă este de aur - sticlă acoperită cu un strat (46,47). Avantajul e acoperită cu un strat de aur, chips-uri este faptul că spr și spectrometria de masă poate fi integrat ca metodele de detectare a monitoriza dinamica de reacție, și să identifice moleculele capturat.
The above-mentioned covalent cross-linking approaches however have a disadvantage. Cele de mai sus-menționate covalent de eco-abordări de legătură cu toate acestea au un dezavantaj. Due to the fact that reactive ligands also exist in the side chains of proteins it is possible that their random attachment may alter the native confirmation of proteins, reduce the activity of proteins, or make them inaccessible to probes (8,27). Datorita faptului ca reactiv ligands de asemenea, există în partea lanțurilor de proteine este posibil ca atasamentul lor aleatoare, poate modifica nativ de confirmare de proteine, reducerea activității de proteine, sau de a le face inaccesibile pentru probe (8,27).
In order to orient proteins uniformily away from the surface of the chip, proteins may be fused with a high-affinity tag at their amino or carboxy termini.  With this method, immobilized proteins/antibodies are more likely to remain in their native conformation, thus allowing the analytes efficient access to the active sites of the proteins.  This method was first successfully demonstrated with the attachment of 5800 fusion proteins containing a His tag onto a nickel-coated glass slide (26).  Other affinity methods such as glutathione/GST have also been used (48). În scopul de a orienta proteine uniformily departe de suprafață a chip, proteine poate fi topita cu o mare afinitate la tag-ul lor de aminoacizi sau carboxy termeni. Cu această metodă, proteinele imobilizate / anticorpi sunt mai multe șanse de a rămâne în conformația lor nativ, astfel analytes care să permită accesul eficient la activ site-uri de proteine. Această metodă a fost pentru prima dată a demonstrat cu succes la fixarea de 5800 care conține proteine de fuziune sa o etichetă pe un sticlă acoperită cu un strat de nichel-diapozitiv (26). afinitate Alte metode, cum ar fi glutathione / GST au fost, de asemenea, folosite (48).
Streptavidin based immobilization methods have been also widely employed to attach any biotinylated biological element to the array surface (49). Streptavidin bazate pe metode de imobilizare au fost de asemenea pe scară largă angajat să atașați orice biotinylated biologice element de matrice Suprafață (49).
The chip support material is important because proteins are highly sensitive to physiochemical properties.  For example, polar arrays are chemically treated to bind to hydrophilic proteins however such surfaces are unsuitable for cell membrane proteins (eg G-protein coupled receptors) as they possess hydrophobic domains (9). Chip de sprijin material este important, deoarece proteinele sunt foarte sensibile la physiochemical proprietăți. De exemplu, polar arrays sunt tratate chimic pentru a obliga la hidrofil, cu toate acestea astfel de proteine sunt improprii pentru suprafete de celule membrana de proteine (de exemplu G-receptori de proteine, asociată) în care acestea posedă hydrophobic domenii (9).
Proteins do not behave like nucleic acids, and different proteins will behave in different ways when exposed to the same surface chemistry.  Different types a surface chemistries will thus promote the retention of some proteins and cause denaturation or loss of activity of others.  Therefore, the proper choice of surface chemistry is important as this will allow immobilized proteins of diverse types to retain their secondary and tertiary structures, and thus their biological activity.  This problem is magnified when the number of different spots on the chip increases, as there may be 100 different ways to immobilize 100 different proteins in order to obtain proper folding and function of all the proteins.  Also a significant problem is because the functions of most proteins are currently unknown, so there is no method to actually test whether they are still functional on the chip (7). Proteinele nu se comporte ca nucleic acids, proteine și diferite se va comporta în moduri diferite, atunci când expuse la aceeași suprafață de chimie. Diferite tipuri o suprafata chemistries va promova astfel de reținere a unor proteine și denaturation provoca pierderi de activitate sau de alții. Prin urmare, buna alegere de suprafață de chimie este important ca acest lucru va permite imobilizate proteine din diverse tipuri de păstrare a lor, secundar și terțiar structuri, și, astfel, activitatea lor biologică. magnified Această problemă este atunci când numărul de diferite pete pe chip în creștere, după cum există mai fi de 100 de diferite moduri de a immobilize de 100 de proteine de buna pentru a obtine îndoit, și funcția de toate proteinele. De asemenea, o problemă importantă, pentru că funcțiile de cele mai multe proteine prezent, nu se cunosc, așa încât nu există nici o metodă pentru a testa efectiv, indiferent dacă acestea sunt încă funcționale pe cip (7).

Next: Protein Chip Delivery Methods Next: Chip Protein Metode de livrare

References for Protein and Antibody Microarrays Trimiterile pentru proteine și Antibody Microarrays

Back to: Inapoi la:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Introducere și Context să Protein Cipuri și Antibody chips.

Types of Antibody and Protein Chips Tipuri de Antibody și proteice Chips