Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatics, protocoalelor, ADN ARN proteine proteomics

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologie Acasă protocoalele Bioinformatic Instrumente Forumuri de Biologie Biologie Moleculară Enciclopedia Biologie Moleculară Imagini Bookmark Us!

home > protein-microarrays > index.php home> proteină-microarrays> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Biologie Moleculară Home știință Știri știință Vizual ADN ARN proteine proteomica Cercetare versiune beta! Bioinformatics Lab Echipamente de Biologie Moleculară Tehnici de Biologie Moleculară Produse și servicii legate de Biologie Link-uri

Molecular Biology Blog Biologie Moleculară Blog

Send this page to a friend Trimiteți această pagină unui prieten

Intracellular Stations Statii de intracelulară

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Antibody Botany comun Buffers Buffers alfabetic Librarie Biologie celulara si Cultura Gel Electrophoresis Histologie Microarrays Imunologie spectrometria de masă Microbiologie Molecular Imaging peptida proteomica Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR și RNAi siRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot

Protein Array Protocols Protein Array Protocoale	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatics	Learn about Protein Arrays Aflați mai multe despre Protein Array	Protein Array Kits and Products Protein Array Kituri si Produse	Protein Array Forum Protein Array Forum	Proteomic News Proteomic Noutati

Protein Microarray Chips Protein Microarray Chips

Protein and Antibody Microarrays Proteine și Antibody Microarrays

Table of Contents Cuprins

Introduction and Background to Protein and Antibody Microarrays Introducere și Context pentru a proteinelor și Antibody Microarrays

Types of Antibody and Protein Chips Tipuri de Antibody și proteice Chips

Protein and Antibody Attachment Methods - Creation of a Microarray Chip Proteine și Antibody Atasament Metode - Crearea unui Microarray Chip

Protein Chip Delivery Methods Protein Chip Metode de livrare

Protein Chip Capture Molecules and Their Limitations Chip Captura molecule de proteine și Limitări

Antibody Microarrays: Problems and Solutions Antibody Microarrays: probleme si solutii

Protein Microarray Detection Methods and Analysis Protein Microarray Metode de detectare și de analiză

Protein Production for Protein Arrays Protein Protein de productie pentru Array

Applications of Protein Arrays and Protein Chips Cererile de proteine și Array Protein Chips

Protein Microarrays: Future Directions and Conclusions Protein Microarrays: Directii de viitor și concluzii

References for Protein and Antibody Microarrays Trimiterile pentru proteine și Antibody Microarrays

Introduction and Background to Protein and Antibody Microarrays. Introducere și Context pentru a proteinelor și Antibody Microarrays.

In spite of recent advancements in our understanding of molecular biology, in many cases we are unable to implicate specific proteins with a disease.  Genomics and microarray technology have allowed us to analyze thousands of mRNAs at one time and determine whether mRNA expression is changed in disease states.  However, researchers have long known that the concentration of an mRNA within a cell is poorly correlated with the actual abundance of that protein (1,2,3). În ciuda recente advancements în înțelegerea noastră de biologie moleculară, în multe cazuri nu putem să specifice implică proteine cu o boală. Genomics și tehnologia microarray ne-au permis să analizăm mii de mRNAs la un moment dat și va determina dacă este expresia mRNA a fost schimbat în boala membre. Cu toate acestea, cercetatorii au cunoscut faptul că o concentrare a mRNA în termen de o celulă nu este bine corelat cu efective de faptul că abundența de proteine (1,2,3).  This is due to the fact that the rate of degradation of individual mRNAs and proteins differ, post-transcriptional control of protein translation (4), a number of post-transcriptional modifications of protein (5), and protein degradation by proteolysis (6). Acest lucru se datorează faptului că rata de degradare a mRNAs individuale și de proteine diferite, controlul post-transcriptional de proteine de traducere (4), un număr de post-transcriptional modificarile de proteine (5), și prin degradarea proteinelor proteolysis (6) .
By measuring the amount of the specific protein directly, we are measuring a true level of gene function.  However, when one takes into consideration the large number of post-translational modifications, human cells may contain a million or more different protein variants, any of which could be altered in disease making the task of analyzing all of them a huge task. Prin măsurare cantitatea de proteine specifice, direct, suntem o adevarata nivel de măsurare a funcției de gene. Cu toate acestea, atunci când o ia în considerare numărul mare de modificări post-translaționale, celulele umane poate contine un milion sau mai multe variante diferite de proteine, de orice care ar putea fi modificate în boala de luare sarcina de a analiza toate acestea o mare sarcină.  Protein microarrays or protein chips may allow for a solution to this problem.  A slide or "chip" could be spotted with thousands of known antibodies or peptides like a DNA microarray, a biological sample spread over the chip, and any binding determined. Protein microarrays de proteine sau chips-uri pot permite pentru o soluție la această problemă. Sau un slide "cip" ar putea fi identificat cu mii de anticorpi sau peptide cunoscut ca un ADN microarray, un eșantion biologice răspândirea peste chip, și orice obligatorii stabilite.  Binding could also be analyzed using standard proteomic techniques such as time-of-flight mass spectrometry (MS) and peptide mass fingerprinting. Obligatorii ar putea fi, de asemenea, analizate folosind standardul proteomic tehnici, cum ar fi timp de zbor spectrometria de masă (MS) și mass-peptida amprentarea.  Protein chips can thus become a fast and high-throughput method of profiling protein changes in disease. Protein chips-uri pot deveni astfel o mare și rapidă metodă de profilare cantitățile de proteine de modificări din bolii. (7)

Protein chips have the potential to function in many other applications including the study of protein–protein, protein–drug interactions, DNA-protein interactions, protein localization, antigen-antibody interactions, enzyme-substrate, and receptor-ligand interactions all of which may be amendable to array-type high-throughput screening (7,8). Protein chips-uri au potențialul de a funcționa în multe alte aplicații, inclusiv studiul de proteină-proteină, proteine-interacțiuni medicamentoase, ADN-proteine interacțiuni, localizare de proteine, antigen-anticorp interacțiuni, enzimă-substrat, receptor-ligand și toate interacțiunile dintre care mai amendable pentru a fi de tip array de mare cantitățile de screening (7,8).

Two approaches have been used in order to characterize multiple proteins in a biological sample.  The first approach is 2-dimensional gel electrophoresis, which has been widely used to separate and visualize up to 2000-10,000 proteins in a single experiment by excision and identification by mass spectrometry (MS) (9).  This method is both time consuming and even with MS, only the most abundant proteins can be detected.  Also, reproducibility is problematic, even though pre-cast gels and commonly used reagents, protocols, and hardware components have led to improved performance (17).  Due to the limitations of 3D-gel separation technology, increasing attention is focusing on the development of the second approach, the development of protein microarrays as an alternative and complementary approach (10-12). Două abordări au fost folosite pentru a caracteriza mai multe proteine într-un eșantion biologice. Prima abordare este de 2-dimensional gel electrophoresis, care au fost utilizate pe scară largă pentru a vizualiza separate și până la 2000-10000 proteine într-un singur experiment de excizia și identificarea de spectrometria de masă (MS) (9). Această metodă este atât consumatoare de timp si chiar si cu SM, doar cele mai abundente proteine pot fi detectate. De asemenea, reproductibilitatea este problematic, chiar dacă exprimate de pre-gels și reactivilor frecvent utilizate, protocoale, și hardware-ul componente au condus la performanțe îmbunătățite (17). Datorită limitărilor 3D-gel tehnologie de separare, creșterea numărului de atenția se concentrează pe dezvoltarea de-a doua abordare, dezvoltarea de proteine microarrays ca o alternative și complementare de abordare (10-12).
The theoretical background for protein microarray-based ligand binding assays was initially developed by Ekins et al. Teoretică de fundal pentru proteine microarray-ligand pe bază de expertize obligatorii a fost inițial dezvoltat de Ekins et al. in the late 1980s (13-16).  According to the model, antibody microarrays not only would permit simultaneous screening of an analyte panel, but would also be more sensitive and rapid than conventional screening methods.  Interest in screening large protein sets only arose as a result of the achievements in genomics by DNA microarrays and the Human Genome Project (17). la sfârșitul anilor 1980 (13-16). În funcție de model, microarrays anticorpi nu numai simultană ar permite o evaluare a panoului de analizată, dar ar fi, de asemenea, mai sensibile și rapide decât metodele convenționale de screening. Interes în seturi de screening mare de proteine a apărut numai ca un rezultat al realizări în genomica de ADN și de microarrays Proiectul genomului uman (17).

The first array approaches attempted to miniaturize biochemical and immunobiological assays usually performed in 96-well microtiter plates (18-19).  96-well antibody arrays were first created with 144 elements each for standard enzyme-linked immunosorbent assays (ELISAs) (20).  Similar arrays were used to measure prostate-specific antigen (PSA) and cytokines (21). Prima serie de abordare a încercat să miniaturize biochimice și immunobiological expertize efectuate de obicei în 96 de bine-microtiter plates (18-19). 96-anticorp arrays de bine au fost mai întâi creat cu 144 elemente standard pentru fiecare enzimă-imunoadsorb ț ie cu anticorpi expertize (teste ELISA) (20) . Arrays similare au fost utilizate pentru a măsura-antigen specific prostatic (PSA) și citokine (21).

Filter membranes were also initially used because of their superior protein binding capacity.  They were mostly probed with antibodies using ELISA techniques.  A low density array of 48 purified proteins involved in transcription was developed for the investigation of specific interactions of proteins with radiolabeled DNA, RNA, ligands, and other small chemicals (22).  A membrane-based high density array was developed for the purpose of screening a human fetal brain cDNA expression library consisting of 37830 clones.  Purified proteins were spotted onto PVDF membranes at a density of 300 samples/cm2 (23).  Other filter based arrays were constructed but the limitations were the low resolution and considerable background making it difficult to use them in applications with limiting sample quantities such as protein expression profiling of tumor biopsies. Filtru de membrane au fost de asemenea utilizat inițial, din cauza lor, capacitatea de legare de proteine superioare. Acestea au fost în cea mai mare probed cu anticorpi, folosind tehnici ELISA. O gamă joasă densitate de 48 de purificat proteine implicate în transcriere a fost dezvoltat pentru investigarea de proteine specifice de interacțiuni cu radiolabeled ADN, ARN , Ligands, și alte mici produse chimice (22). O membrană pe bază de înaltă densitate matrice a fost dezvoltat cu scopul de a screening-o creierul uman fetale cDNA Biblioteca de exprimare constând în 37830 clone. Purificată proteine s-au identificat pe membrane PVDF, la o densitate de 300 de eșantioane / cm2 (23). Alte filtru arrays au fost construite pe bază de limitări, dar s-au scăzut considerabil și rezoluție de fundal ceea ce face dificil de a le folosi în aplicații cu limitarea eșantion cantitățile de proteine, cum ar fi expresia de profesie de tumora biopsies.

Protein arrays are compromised of a library of proteins or antibodies immobilized in a 2D addressable grid on a chip (see Figure 1).  Protein microarray biochips extract and retain targets from liquid media and are distinct from microfluidic biochips, which separate and process proteins in a transport medium in situ using microfluidic devices (24,25).  A typical array may contain 103-104 spatially distinct elements within a total area of 1 cm2 (26). Protein arrays sunt compromise de o bibliotecă de proteine sau anticorpi imobilizate într-o grilă 2D adresabili pe un cip (vezi Figura 1). Protein microarray biochips extragă și să păstreze obiectivele de lichide de la mass-media și sunt distincte de la microfluidic biochips, care separate și într-un proces de proteine mediu de transport in situ in microfluidic dispozitive (24,25). Un tipic array poate contine 103-104 spatial elemente distincte, în termen de o suprafata totala de 1 cm2 (26).

Next: Types of Antibody and Protein Chips Next: Tipuri de Antibody și proteice Chips

References for Protein and Antibody Microarrays Trimiterile pentru proteine și Antibody Microarrays