Welcome to Molecular Station! Bine ati venit la Molecular Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Trebuie să te înregistrezi înainte de a putea posta pe forumuri sau de a utiliza caracteristicile avansate. Register Now! Înregistrează-te acum! Its Free and Fast! Libera si rapid!

Already registered? Ești deja înregistrat? Login now below. Login acum de mai jos.

User Name: Nume utilizator:

Password: Parola:

Remember Me? Remember Me?

Already registered and Forgot your password? Ești deja înregistrat și V-ați uitat parola? Click below to recover it. Faceți clic mai jos pentru a le recupera.

Recover Lost Password Recuperare Parola uitata

Join now - it's fast and free! Inscrie-te acum - Este rapid și gratuit!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molecular Station este cea mai mare rețea de cercetători, oameni de știință și știință iubitori de oriunde!

Recent Forum Posts Recent Forum Posts

Comparative Genomics - Bioinformatics Comparative Genomics - Bioinformatics

Comparative Genomics Introduction Comparative Genomics Introducere

Comparative genomics is the study of relationships between the genomes of different species or strains. Comparative genomics este studiul relatiilor dintre genomes de diferite specii sau tulpini. Comparative genomics is an attempt to take advantage of the information provided by the signatures of selection to understand the function and evolutionary processes that act on genomes. Comparative genomics este o încercare de a beneficia de informațiile furnizate de semnături de selecție pentru a înțelege funcția și procese de evoluție care acționează în genomes. While it is still a young field, it holds great promise to yield insights into many aspects of the evolution of modern species. În timp ce acesta este încă un tânăr domeniu, ea detine promisiunea de a mari randamentul descoperiri în multe aspecte ale evolutiei moderne de specii. The sheer amount of information contained in modern genomes (several gigabytes in the case of humans) necessitates that the methods of comparative genomics are mostly computational in nature. The sheer cantitatea de informații conținute în genomes moderna (mai multe gigaocteți în caz de om), care necesită comparativă a metodelor de genomica sunt in cea mai mare parte computaționale în natură. Gene finding is an important application of comparative genomics, as is discovery of new, non-coding functional elements of the genome. Gene constatare este un important aplicare a comparative, genomica, așa cum este descoperirea de noi, non-funcționale elemente de codificare a genome.

Comparative genomics exploits both similarities and differences in the proteins, RNA, and regulatory regions of different organisms to infer how selection has acted upon these elements. Comparative genomics exploateaza atât asemănările și diferențele de proteine, ARN, și de reglementare din diferite regiuni pentru a organismelor Inferred în modul de selectare a acționat asupra acestor elemente. Those elements that are responsible for similarities between different species should be conserved through time (stabilizing selection), while those elements responsible for differences among species should be divergent (positive selection). Acele elemente care sunt responsabile pentru asemănări între diferite specii ar trebui să fie conservate prin timp (stabilizator de selecție), în timp ce acele elemente care sunt responsabile pentru diferențele dintre specii ar trebui să fie divergente (pozitive de selecție). Finally, those elements that are unimportant to the evolutionary success of the organism will be unconserved (selection is neutral). În cele din urmă, acele elemente care sunt neimportante pentru succesul de evoluție a organismului va fi unconserved (selectie este neutru).

Identifying the mechanisms of eukaryotic genome evolution by comparative genomics is one of the important goals of the field. Identificarea mecanismelor de eukaryotic genome de evolutie genomica comparativă este unul dintre obiectivele importante din domeniu. It is however often complicated by the multiplicity of events that have taken place throughout the history of individual lineages, leaving only distorted and superimposed traces in the genome of each living organism. Cu toate acestea, este de multe ori complicat de varietatea de evenimente care au avut loc în întreaga istorie a individuale lineages, lasand doar denaturată și suprapus urme în genomul de fiecare organism viu. For this reason comparative genomics studies of small model organisms (for example yeast) are of great importance to advance our understanding of general mechanisms of evolution. Din acest motiv, studiile comparative, genomica model de organisme de mici (de exemplu, drojdie) sunt de o mare importanță în avans noastre de înțelegere a mecanismelor generale de evoluție.

Having come a long way from its initial use of finding functional proteins, comparative genomics is now concentrating on finding regulatory regions and siRNA molecules. Având parcurs un drum lung de la utilizarea sa inițială de a găsi funcționale proteine, comparative, genomica este acum concentrarea pe regiuni și găsirea de reglementare siRNA moleculelor. Recently, it has been discovered that distantly related species often share long conserved stretches of DNA that do not appear to code for any protein. Recent, s-a descoperit că distantly legate de specii de des parts lung, conservat intinde de ADN care nu apar la codul pentru orice proteină. It is unknown at this time what function such ultra-conserved regions serve. Nu se cunoaște în acest moment ce astfel de funcție, conservat regiunile ultra-servi.

Computational approaches to genome comparison have recently become a common research topic in computer science. Computational de abordări în genomul comparație recent au devenit un subiect comun de cercetare în informatică. The development of computer-assisted mathematics (using products such as Mathematica or Matlab) has helped engineers, mathematicians and computer scientists to start operating in this domain, and a public collection of case studies and demonstrations is growing, ranging from whole genome comparisons to gene expression analysis. Dezvoltarea de matematica asistată de calculator (folosind produse cum ar fi Mathematica sau Matlab) a ajutat ingineri, matematicieni și oameni de știință pentru a porni computerul de operare în acest domeniu, și a unui public de colectare de studii de caz și demonstrații este în creștere, de la întreg genomul comparații pentru a genei expresie analiză. This has increased the introduction of different ideas, including concepts from systems and control, information theory, strings analysis and data mining. Acest lucru a crescut de la introducerea de diferite idei, concepte, inclusiv la sistemele de control și, informații teorie, siruri de caractere și analiză a datelor. It is anticipated that computational approaches will become and remain a standard topic for research and teaching, while students fluent in both topics start being formed in the multiple courses created in the past few years. Se anticipează, că abordărilor computaționale va deveni și rămâne un standard de subiect pentru cercetare și predare, în timp ce studenții cursiv în ambele teme de start fiind format din mai multe cursuri create în ultimii ani.

Evolutionary Conserved Region Bioinformatics Evolutionary conservate Regiunea Bioinformatics

Evolutionary Conserved Regions also called ECRs for short are regions of sequence (usually DNA) that have been mapped to align with other genomes and are conserved. Evolutionary Regiunilor, conservat de asemenea, numit ECRs pentru scurt sunt regiuni de secvență (de obicei ADN) care au fost mapate să se alinieze cu alte genomes și sunt conservate.

ECRs within alignments of the genomes are presented in this graphical browser, which depicts and color-codes ECRs in relation to known genes that have been annotated in the base genome. ECRs în termen de alinieri de genomes sunt prezentate în acest grafic de browser, care descrie și-a codurilor de culoare ECRs cunoscute în legătură cu gene care au fost adnotate de bază în genomul. 'Grab ECR' feature allows users to rapidly extract sequences that correspond to any ECR, to visualize underlying sequence alignments and/or identify conserved transcription factor binding sites. "Prinde Culegere 'facilitate permite utilizatorilor de a extrage rapid secvențe care să corespundă cu orice culegere, de a vizualiza care stau la baza secvență alinieri și / sau conservate identifica transcrierea factor de site-uri cu caracter obligatoriu.

ECR Browser is a new dynamic whole-genome navigation tool for the visualization and study of evolutionary relationships between vertebrates and non-vertebrate genomes. Culegere Browser este un nou ansamblu dinamic-genomul instrument de navigare pentru vizualizarea și studiu de evoluție a relațiilor între vertebrate și ne-vertebrate genomes. ECR Browser is constantly being updated to include the most recently available sequenced genomes (currently: human, dog, mouse, rat, chicken, frog two pufferfish (Fugu and Tetraodon), zebrafish, and 6 fruitflies). Culegere Browser este constant actualizată pentru a include cel mai recent disponibile sequenced genomes (în prezent: om, câine, mouse, șobolan, pui, broasca doi pufferfish (Fugu și Tetraodon), zebrafish, și 6 fruitflies). Ovcharenko, MA Nobrega, GG Loots, and L. Stubbs ECR Browser: a tool for visualizing and accessing data from comparisons of multiple vertebrate genomes Nucleic Acids Research, 32, W280-W286 (2004) Ovcharenko, MA Nobrega, GG Loots, și L. Stubbs Culegere Browser: un instrument de accesare a datelor și de lipsă de la comparații de mai multe vertebrate genomes Nucleic Acids Research, 32, W280-W286 (2004)

ECRbase is the Database of Evolutionary Conserved Regions (ECRs), Promoters, and Transcription Factor Binding Sites in Vertebrate Genomes created using ECR Browser alignments ECRbase este baza de date a Evolutionary conservate Regiunilor (ECRs), Promoteri, și Transcrierea obligatorii Element de site-uri în vertebrate genomes creat folosind Culegere Browser alinieri

Bioinformatics Forum Bioinformatics Forum

Discuss and post questions about protein expression in the Bioinformatics Forum . Discutați și post întrebări despre proteine expresie în Bioinformatics Forum.