Pathway Do Fate Da Pilha De Haste Descoberto
Como uma pilha de haste se decide o que especializou a identidade para adotar - ou para remanescer simplesmente uma pilha de haste? Um estudo novo sugere que a vista convencional, que supõe que as pilhas "estão instruídas" para progredir ao longo do prescrito sinalizar pathways, é demasiado simplistic. Instead, suporta a idéia que as pilhas diferenciam com o comportamento coletivo de genes múltiplos em uma rede que conduza finalmente apenas a alguns endpoints - apenas enquanto um mármore em um hilltop pode viajar um número quase infinito de trajetos descendentes, only para chegar no mesmo vale.
Quando exposta a um fator do crescimento, uma pilha de haste do sangue, representada por um mármore azul, cai em um estado novo de “attractor, ” descrito como um vale em uma paisagem, para transformar-se uma pilha de sangue vermelha. As influências diferentes, tais como fatores do differentiation, pilhas de haste da ligação da lata ao mesmo estado do attractor, mas cada pilha podem fazer exame de trajetos muito diferentes embora a paisagem para começar lá (apenas enquanto um mármore pôde fazer exame de um trajeto diferente cada vez que rola abaixo um monte).Crédito: Graham Paterson, Hospital Boston De Children’s
Os findings, publicados na introdução maio de 22 da natureza, dão um glimpse em como esse comportamento coletivo trabalha, e mostram que as populações da pilha mantêm um variability interno que a natureza possa aproveitarar para a mudança sob as circunstâncias direitas. Os findings ajudam também explicar porque o processo de diferenciar pilhas de haste em lineages específicos no laboratório foi altamente inefficient.
Conduzido por Sui Huang, por MD, por PhD, por um professor de associado visitando no programa vascular da biologia de Boston do hospital das crianças (agora também na faculdade da universidade de Calgary), e por Hannah Chang, um estudante de MD/PhD no programa vascular da biologia das crianças, os investigadores examinou como as pilhas de haste do sangue "se decidem" assentar bem nos progenitors brancos da pilha de sangue ou nos progenitors da pilha de sangue vermelha.
Começaram examinando populações de pilhas de haste seemingly idênticas do sangue, e encontraram que um marcador da pilha do "stemness," uma proteína chamada Sca-1, estava realmente atual em quantidades altamente variáveis da pilha à pilha - no fato, encontraram uma escala 1,000-fold. Se pôde pensar de que as pilhas Sca-1 baixas são simplesmente aquelas pilhas que se diferenciaram espontâneamente. Entretanto, quando Huang e Chang dividiram as pilhas que expressam o ponto baixo, os níveis médios e elevados de Sca-1 e cultivaram-no, cada descendente a população da pilha que recapitulated a mesma escala larga dos níveis Sca-1 sobre nove dias ou mais, não obstante que níveis começaram com.
"nós então pedimos, somos estas pilhas também biològica diferentes?" diz Huang, autor sênior do papel. "e girou-os para fora era dramàtica diferente no differentiation."
Pilhas de haste do sangue com níveis baixos de Sca-1 diferenciado em progenitors da pilha de sangue vermelha sete vezes mais frequentemente do que a elevação das pilhas em Sca-1 quando exposto ao erythropoietin, um fator do crescimento que promova a produção da pilha de sangue vermelha. Inversamente, quando as pilhas de haste foram expostas ao fator colônia-estimulando do granulocyte-granulocyte-macrophage, que estimula a formação branca da pilha de sangue, aqueles que eram as mais elevados em Sca-1 eram os mais prováveis transformar-se pilhas brancas. Ainda, em ambas as experiências, todos os três grupos das pilhas retiveram características de pilhas de haste.
Huang e Chang olharam então as proteínas GATA1 e PU.1, os fatores da transcrição que favorecem normalmente o differentiation em pilhas de sangue vermelhas e brancas, respectivamente. As pilhas de haste do sangue que eram baixas em Sca-1 (e as mais prone para se transformar pilhas de sangue vermelhas) tiveram muito mais GATA1 do que a elevação e as pilhas medium-Sca-1. As pilhas de haste elevadas em Sca-1 (e menos prone para se transformar pilhas de sangue vermelhas) tiveram os níveis os mais elevados de PU.1.
Mas o mais importante, as diferenças em Sca-1, os níveis GATA1 e PU.1 através dos três grupos da pilha tornou-se o tempo excedente mais menos pronunciado, como o variability no propensity das pilhas se diferenciar, sugerindo que as diferenças são transientes.
Em uma etapa final, Huang e Chang usaram microarrays olhar o genome inteiro das pilhas. Outra vez, encontraram o variability tremendo dentro da população aparentemente uniforme da pilha: mais de 3.900 genes foram expressados diferencial ("on" girado ou "off") entre o ponto baixo e as pilhas high-Sca-1. E outra vez, este variability era dinâmico: as diferenças diminuíram sobre o tempo, com atividade do gene as pilhas em ponto baixo e em high-Sca-1 que transformam-se mais como aquela no grupo médio.
Junto, os findings fazem o caso que uma flutuação ou dar um ciclo lento da atividade do gene tendem a manter pilhas em um estado estável, ao também as aprontar para se diferenciar quando as circunstâncias são direitas.
"uniforme se as pilhas forem oficialmente genetically idênticas e pertencerem ao mesmo clone, os membros individuais dessa população são completamente diferentes em toda a hora dada," diz Huang. "este heterogeneity tem sido visto geralmente como o ruído aleatório da medida do `, ' e, mais recentemente, como o ruído da expressão do gene do `.' Mas gira para fora para ser muito importante, e é a base para o multipotency de pilhas de haste - sua abilidade de diferenciar-se em lineages múltiplos."
a "natureza criou uma maneira incredibly elegante e simples de criar o variability, e mantê-lo em um nível constante, permitindo pilhas de responder às mudanças em seu ambiente em uma maneira sistemática, controlada," adiciona Chang, primeiro autor no papel.
Praticamente falando, o trabalho sugere que os biólogos da pilha de haste podem necessitar mudar sua aproximação a diferenciar pilhas de haste no laboratório para aplicações therapeutic.
"assim distante o processo foi altamente inefficient - os somente 10 a 50 por cento das pilhas respondem ao hormone ou o que quer que é dado para as fazer se diferenciar," Huang diz. "que é por causa do heterogeneity inerente das pilhas. Os povos têm encontrado cocktails mais e mais sofisticados do stimulator, mas nós poderíamos fazer o processo mais eficiente aproveitarando o heterogeneity e identificando as pilhas que já poised altamente para se diferenciar."
Chang tem feito já as experiências da continuação que mostram que o differentiation da pilha de haste pode ser feito dramàtica mais eficiente escolhendo a subpopulação direita de pilhas de haste e estimulando as prontamente, quando forem as mais apt se diferenciar. "eu não estou fazendo qualquer coisa complicado - apenas usando-se que natureza tem já," diz.
Mas os findings desafiam também biólogos mudar como pensam sobre processos biológicos. O trabalho suporta a idéia dos sistemas biológicos que movem-se para do "um estado estável attractor," um conceito pedido da física. Neste caso, as pilhas de haste do sangue tendem a remanescer pilhas de haste do sangue, contudo experimentam flutuações inerentes na atividade do gene e na produção da proteína que podem às vezes ser bastantes para derrubar o contrapeso e para fazer com que caiam em outros estados do attractor - a saber, progenitors vermelhos ou brancos da pilha de sangue. Os fatores específicos do crescimento podem derrubar o contrapeso, mas estes fatores são parte de uma paisagem total essa pilhas das guias para destinies diferentes. Uma vontade em declive indo do mármore termina eventualmente acima em um vale, mas de que o vale que caia em depende da forma da paisagem.
do "os fatores crescimento ou do differentiation aumentam meramente a probabilidade que uma pilha crescerá ou se diferenciará," dizem Donald Ingber, MD, PhD, um co-autor no papel que, com Huang, serviu como o mentor de Chang no projeto. da "o differentiation pilha é uma propriedade do ensemble, um comportamento coletivo, inerentes na arquitetura e no jogo do sistema de interações regulatory."
Um estudo precedente por Huang estabeleceu, para a primeira vez, que uma pilha dada pode exibir um teste padrão muito diferente da atividade do gene do seu vizinho, fazendo exame de um trajeto muito diferente com a paisagem, contudo termina acima no mesmo vale. E seus colegas expuseram pilhas do precursor a duas drogas completamente diferentes (DMSO e ácido retinoic) e monitoraram pròxima a expressão do gene das pilhas. Ambos os grupos das pilhas diferenciadas eventualmente para transformar-se neutrophils (um tipo da pilha de sangue branca), mas os trajetos que molecular fizeram exame e seus testes padrões da expressão do gene eram completamente diferentes até o dia sete, quando convergiram finalmente.
A analogia da paisagem e a "tomada de decisão coletiva" são conceitos estranhos aos biólogos, que têm tendem a focalizar nos únicos genes que agem em pathways lineares. Isto fêz o trabalho inicialmente difícil de publicar, anota Huang. "é duro para biólogos mover-se de pensar sobre únicos pathways para pensar sobre uma paisagem, que seja o manifestation matemático da totalidade de todos os pathways possíveis," ele diz. "um único pathway não é uma maneira boa compreender um processo inteiro. Nosso objetivo foi compreender a força dirigindo atrás dele."