Localização Subcellular da proteína

A localização da proteína é importante porque a função da proteína pode ser localizada às áreas específicas dentro da pilha ou dentro dos organelles celulares. Estes programas e bases de dados bioinformatic contêm a informação e podem prever onde uma proteína pode ser localizada baseou nas seqüências do sinal ou nas seqüências da localização contidas dentro da proteína. Igualmente veja nosso diretório da ligação - ferramentas Subcellular de Bioinformatic da localização da proteína da categoria

Papéis interessantes da localização da proteína: Localização subcellular de predição da proteína: após, presente, e futuro.

Bases de dados Subcellular da localização da proteína e predição Subcellular para:

Eukaryotes

Rato (Mus Muscularis)

Plantas (Arabidopsis)

Bactérias (Prokaryotes - grama - positivos e negativos)

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Bases de dados Subcellular da localização da proteína Eukaryotic geral:

DBSubLoc - base de dados da localização Subcellular da proteína

Máquina do vetor da sustentação dos usos de ESLPred (Bhasin e Raghava, 2004) e PSI-BLAST para atribuir proteínas eukaryotic ao núcleo, ao mitochondrion, ao citoplasma, ou ao espaço extracellular.

Base de dados de LOCHom das predições subcellular da localização baseadas no homology da seqüência.  Prevê atualmente a localização Subcellular das proteínas da seguinte base de dados: Proteínas de SWISS-PROT, thaliana de Arabidopsis (planta), elegans de Caenorhabditis (sem-fim), melanogaster da drosófila (mosca), musculus de Mus (rato), e de proteína do Homosapiens bases de dados subcellular (humanas) da localização.

HSLpred (Bhasin e outros, 2005) é uma ferramenta da predição da localização para proteínas humanas que utilize a máquina do vetor da sustentação e o PSI-BLAST para gerar predições para 4 locais da localização.

LOCSVMPSI (Xie e outros, 2005, NAR na imprensa) é um método eukaryotic da predição da localização que incorpore a informação evolucionária em suas predições. O método usa PSI-BLAST e máquina do vetor da sustentação para gerar predições para até 12 locais da localização.

Base de dados de LOC3d da localização subcellular prevista para correntes eukaryotic do PDB. A localização Subcellular é prevista atualmente usando quatro métodos diferentes: predictNLS (sinal nuclear da localização), LOChom (que usam o homology), LOCkey (que usam palavras-chaves) e LOC3d (predição baseada da rede neural). A localização relatada é baseada no método que prevê a localização de uma proteína dada com a confiança a mais elevada.

LOCtree (Nair e Rost, 2005). LOCtree é uma ferramenta eukaryotic e prokaryotic da predição da localização disponível no local CÚBICO. As bases de dados das predições da localização feitas por server CÚBICOS estão igualmente disponíveis e são descritas abaixo.

NucPred (Heddad e outros, 2004) usa a presença de sinais nucleares da localização identificados com um algoritmo de programação genético como a base de seu método da classificação.

Predotar é projetado prever a presença de mitochondrial e de plastid que alvejam peptides em seqüências da planta.

o predictNLS (Cokol e outros, 2000) usa motivos nucleares do sinal da localização para prever se uma proteína pôde ser localizada ao núcleo

PSLT (Scott e outros, 2004) é um método network-based Bayesian que prever a localização humana da proteína baseada na co-ocorrência do motivo/domínio. A ferramenta não é ainda acessível em linha, porém suas predições para 9793 proteínas humanas em SWISS-PROT estão disponíveis para transferência do local de PSLT.

os usos do pSLIP (Sarda e outros, 2005) suportam a máquina do vetor e propriedades physiochemical múltiplas dos ácidos aminados para atribuir uma proteína eukaryotic a um de seis locais da localização.

O server Subcellular da localização do analista de Proteome (Lu e outros, 2004) este server especializado disponível no local do analista de Proteome das MOEDAS DE UM CENTAVO pode classific proteínas Gram-negative, Gram-positive, dos fungos, da planta e do animal a muitos locais da localização. Uma base de dados das predições está igualmente disponível e é descrita abaixo.

o pTARGET (Guda e Subramaniam, 2005) usa a composição de ácido aminado e domínios localização-específicos de Pfam para atribuir uma proteína eukaryotic a um de nove locais da localização.

O Prowler da proteína (Boden e Hawkins, 2005) classific sinais de escolha de objectivos eukaryotic como secretory, mitochondrion, cloroplastos ou outro.

PSORTII

SecretomeP (Bendtsen e outros, 2004) prevê as proteínas eukaryotic que são segregadas através de um mecanismo secretory não-tradicional.

SignalP (Bendtsen e outros, 2004) prevê peptides de sinal tradicionais do N-terminal em proteínas prokaryotic e eukaryotic.

Os usos de SubLoc (Hua e Sun, 2001) suportam a máquina do vetor para atribuir uma proteína prokaryotic aos locais cytoplasmic, periplásmicos, ou extracellular, e a uma proteína eukaryotic aos locais cytoplasmic, mitochondrial, nucleares, ou extracellular. Uma versão modificada de SubLoc foi usada em PSORT-B v.1.1 para diferenciar proteínas cytoplasmic e não-cytoplasmic.

TargetP (Emanuelsson e outros, 2000) prevê a presença de peptides de sinal, de peptides do trânsito do cloroplastos, e de peptides de escolha de objectivos mitochondrial para proteínas de planta, e da presença de peptides de sinal e de peptides de escolha de objectivos mitochondrial para proteínas eukaryotic.

Bases de dados Subcellular da localização da proteína do rato:

LOCALIZE é uma base de dados curated que abrigue os dados que descrevem a organização da membrana e a localização subcellular das proteínas do jogo de seqüência da proteína do rato de RIKEN FANTOM3. A organização da membrana é prevista pela elevado-produção, memorando computacional do encanamento. As posições subcellular foram determinadas por uma elevado-produção, ensaio imunofluorescência-baseado e manualmente revendo publicações peer-reviewed.

Bases de dados Subcellular da localização da proteína para plantas (e Arabidopsis):

Base de dados de LOCHom das predições subcellular da localização baseadas no homology da seqüência.  Prevê atualmente a localização Subcellular das proteínas do seguinte thaliana de Arabidopsis (planta).

Base de dados subcellular da localização da proteína da seqüência da planta de PSORT para plantas.

Base de dados SubCellular de Arabidopsis Proteomic (SUBA)

A busca de base de dados específica da planta por Gene Família

Bases de dados Subcellular da localização da proteína Prokaryotic para as bactérias:

PSORT PSLpred (Bhasin e outros, 2005) é uma ferramenta da predição da localização para as bactérias Gram-negative que utilize a máquina do vetor da sustentação e o PSI-BLAST para gerar predições para 5 locais da localização.

LOCtree (Nair e Rost, 2005). LOCtree é uma ferramenta eukaryotic e prokaryotic da predição da localização disponível no local CÚBICO. As bases de dados das predições da localização feitas por server CÚBICOS estão igualmente disponíveis e são descritas abaixo.

Os usos do VIOLONCELO (Yu e outros, 2004) suportam a máquina do vetor baseada na composição do n-peptide para atribuir uma proteína Gram-negative ao citoplasma, à membrana interna, ao periplasm, à membrana exterior ou ao espaço extracellular.

Os usos de SubLoc (Hua e Sun, 2001) suportam a máquina do vetor para atribuir uma proteína prokaryotic aos locais cytoplasmic, periplásmicos, ou extracellular, e a uma proteína eukaryotic aos locais cytoplasmic, mitochondrial, nucleares, ou extracellular. Uma versão modificada de SubLoc foi usada em PSORT-B v.1.1 para diferenciar proteínas cytoplasmic e não-cytoplasmic.

SignalP (Bendtsen e outros, 2004) prevê peptides de sinal tradicionais do N-terminal em proteínas prokaryotic e eukaryotic.