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Localization Subcellular Da Proteína

O localization da proteína é importante porque a função da proteína pode ser localizada às áreas específicas dentro da pilha ou dentro dos organelles celulares. Estes programas e bases de dados bioinformatic contêm a informação e podem predizer onde uma proteína pode ser localizada baseou nas seqüências do sinal ou nas seqüências do localization contidas dentro da proteína. Veja também nosso diretório da ligação - ferramentas subcellular de Bioinformatic do localization da proteína da categoria

Papéis interessantes do localization da proteína: Localization subcellular predizendo da proteína: após, presente, e futuro.

Bases de dados subcellular do localization da proteína e predição subcellular para:

Eukaryotes

Rato (Mus Muscularis)

Plantas (Arabidopsis)

Bactérias (Prokaryotes - grama positivo e negativo)

Veja também nosso diretório da ligação - localization subcellular da proteína da categoria

Bases de dados do localization do general Eukaryotic Proteína Subcellular:

DBSubLoc - base de dados do localization subcellular da proteína

Máquina do vetor da sustentação dos usos de ESLPred (Bhasin e Raghava, 2004) e PSI-BLAST para atribuir proteínas eukaryotic ao núcleo, ao mitochondrion, ao cytoplasm, ou ao espaço extracellular.

Base de dados  de LOCHom das predições subcellular do localization baseadas no homology da seqüência.  Prediz atualmente o localization subcellular das proteínas da seguinte base de dados: Proteínas de SWISS-PROT, thaliana de Arabidopsis (planta), elegans de Caenorhabditis (sem-fim), melanogaster da drosófila (mosca), musculus de Mus (rato), e de proteína de Homosapiens bases de dados subcellular (humanas) do localization.

HSLpred (Bhasin et al, 2005) é uma ferramenta da predição do localization para proteínas humanas que utilize a máquina do vetor da sustentação e o PSI-BLAST para gerar predições para 4 locais do localization.

LOCSVMPSI (Xie et al, 2005, NAR na imprensa) é um método eukaryotic da predição do localization que incorpore a informação evolucionária em suas predições. O método usa PSI-BLAST e máquina do vetor da sustentação gerar predições para até 12 locais do localization.

Base de dados  de LOC3d do localization subcellular predito para correntes eukaryotic de PDB. O localization subcellular é predito atualmente usando quatro métodos diferentes: predictNLS (sinal nuclear do localization), LOChom (que usam o homology), LOCkey (que usam keywords) e LOC3d (predição baseada da rede neural). O localization relatado é baseado no método que prediz o localization de uma proteína dada com a confiança a mais elevada.

LOCtree (Nair e Rost, 2005). LOCtree é uma ferramenta eukaryotic e prokaryotic da predição do localization disponível no local CÚBICO. As bases de dados das predições do localization feitas por server de CUBIC's estão também disponíveis e são descritas abaixo.

NucPred (Heddad et al, 2004) usa a presença dos sinais nucleares do localization identificados com um algoritmo de programação genetic como a base de seu método da classificação.

Predotar é projetado predizer a presença de mitochondrial e do plastid que alvejam peptides em seqüências da planta.

os predictNLS (Cokol et al, 2000) usam motifs nucleares do sinal do localization predizer se uma proteína pôde ser localizada ao núcleo

PSLT (Scott et al, 2004) é um método rede-baseado bayesian que prediga o localization humano da proteína baseado no co-co-occurence de motif/domain. A ferramenta não é em linha ainda disponível, porém suas predições para 9793 proteínas humanas em SWISS-PROT estão disponíveis para o download do local de PSLT.

os usos do pSLIP (Sarda et al, 2005) suportam a máquina do vetor e propriedades physiochemical múltiplas dos aminos-ácido para atribuir uma proteína eukaryotic a um de seis locais do localization.

O server subcellular do localization do analista de Proteome (Lu et al, 2004) este server especializado disponível no local do analista de Proteome do PENCE pode classificar proteínas gram-negative, gram-positive, dos fungos, da planta e do animal a muitos locais do localization. Uma base de dados das predições está também disponível e é descrita abaixo.

o pTARGET (Guda e Subramaniam, 2005) usa a composição de amino-ácido e domínios localization-específicos de Pfam atribuir uma proteína eukaryotic a um de nove locais do localization.

O prowler da proteína (Boden e Hawkins, 2005) classifica sinais de escolha de objectivos eukaryotic como secretory, mitochondrion, chloroplast ou outro.

PSORTII

SecretomeP (Bendtsen et al, 2004) prediz as proteínas eukaryotic que secreted através de um mecanismo secretory non-traditional.

SignalP (Bendtsen et al, 2004) prediz peptides tradicionais do sinal do N-terminal em proteínas prokaryotic e eukaryotic.

Os usos de SubLoc (Hua e sol, 2001) suportam a máquina do vetor para atribuir uma proteína prokaryotic aos locais cytoplasmic, periplasmic, ou extracellular, e a uma proteína eukaryotic aos locais cytoplasmic, mitochondrial, nucleares, ou extracellular. Uma versão modificada de SubLoc foi usada em PSORT-B v.1.1 diferenciar proteínas cytoplasmic e non-non-cytoplasmic.

TargetP (Emanuelsson et al, 2000) prediz a presença de peptides do sinal, de peptides do trânsito do chloroplast, e de peptides de escolha de objectivos mitochondrial para proteínas de planta, e da presença de peptides do sinal e de peptides de escolha de objectivos mitochondrial para proteínas eukaryotic.

Bases de dados subcellular do localization da proteína do rato:

LOCALIZE é a curated a base de dados que abriga os dados que descrevem a organização da membrana e o localization subcellular das proteínas do jogo da seqüência da proteína do rato de RIKEN FANTOM3. A organização da membrana é predita pelo elevado-high-throughput, memorando computacional do encanamento. As posições subcellular foram determinadas por um elevado-high-throughput, assay immunofluorescence-baseado e manualmente revendo publicações par-revistas.

Bases de dados subcellular do localization da proteína para plantas (e Arabidopsis):

Base de dados  de LOCHom das predições subcellular do localization baseadas no homology da seqüência.  Prediz atualmente o localization subcellular das proteínas do seguinte thaliana de Arabidopsis (planta).

Base de dados subcellular do localization da proteína da seqüência da planta de PSORT para plantas.

Base de dados SubCellular De Arabidopsis Proteomic (SUBA)

A busca específica da base de dados da planta por Gene Família

Bases de dados subcellular do localization da proteína de Prokaryotic para as bactérias:

PSORT PSLpred (Bhasin et al, 2005) é uma ferramenta da predição do localization para as bactérias gram-negative que utilize a máquina do vetor da sustentação e o PSI-BLAST para gerar predições para 5 locais do localization.

LOCtree (Nair e Rost, 2005). LOCtree é uma ferramenta eukaryotic e prokaryotic da predição do localization disponível no local CÚBICO. As bases de dados das predições do localization feitas por server de CUBIC's estão também disponíveis e são descritas abaixo.

Os usos do CELLO (Yu et al, 2004) suportam a máquina do vetor baseada na composição do n-n-peptide para atribuir uma proteína gram-negative ao cytoplasm, à membrana interna, ao periplasm, à membrana exterior ou ao espaço extracellular.

Os usos de SubLoc (Hua e sol, 2001) suportam a máquina do vetor para atribuir uma proteína prokaryotic aos locais cytoplasmic, periplasmic, ou extracellular, e a uma proteína eukaryotic aos locais cytoplasmic, mitochondrial, nucleares, ou extracellular. Uma versão modificada de SubLoc foi usada em PSORT-B v.1.1 diferenciar proteínas cytoplasmic e non-non-cytoplasmic.

SignalP (Bendtsen et al, 2004) prediz peptides tradicionais do sinal do N-terminal em proteínas prokaryotic e eukaryotic.