Motivo da proteína e predição do domínio da proteína

Igualmente veja nossa base de dados da ligação de ferramentas de Bioinformatic do motivo da proteína

Os motivos e os domínios da proteína são interações importantes como fornecem indícios a respeito das funções posible da proteína, e possíveis da proteína. Se a proteína tem por exemplo um domínio para o emperramento do ADN, você preveria aquele que a proteína pode actuar ligando às seqüências do ADN.

Uma nota no motivo da proteína e nas buscas de base de dados do domínio da proteína: A maioria de proteínas são modulares com diversos domínios. Se seu proteína ou proteni desconhecido são a mais similar a uma quinase de proteína, esta não significa necessariamente que é uma quinase - é possível as duas proteínas compartilha de diversos outros domínios (IE. diversos domínios SH3).

Veja nossa base de dados da ligação de ferramentas de Bioinformatic do motivo da proteína

Bases de dados do motivo da proteína:

CDD a base de dados conservada do domínio. As proteínas contêm frequentemente diversos módulos ou domínios, cada um com uma origem evolucionária distinta e função. A base de dados conservada do domínio de NCBI é uma coleção de alinhamentos múltiplos da seqüência para domínios antigos e proteínas completos. CD-Procurare o serviço pode ser usado para identificar os domínios conservados atuais em uma seqüência da pergunta da proteína.

Busca da busca de palavra-chave de CDD a base de dados conservada do domínio por Palavra-chave em Entrez Pubmed.

CDART: Ferramenta conservada da recuperação da arquitetura do domínio

InterPro InterPro é uma base de dados das famílias da proteína, dos domínios e dos locais funcionais em que as características identificáveis encontradas em proteínas conhecidas podem ser aplicadas às seqüências desconhecidas da proteína.

PROSite PROSITE é uma base de dados de famílias e de domínios da proteína. Consiste nos locais, nos testes padrões e nos perfis biològica significativos que ajudam a identificar confiantemente a que família conhecida da proteína (eventualmente) uma seqüência nova pertence.

Pfam Pfam é uma grande coleção de alinhamentos múltiplos da seqüência e dos modelos Markov escondidos que cobrem muitos domínios comuns da proteína. A versão 7.7b de Pfam (outubro 2002) contem os alinhamentos e os modelos para 4832 famílias da proteína, baseados no Swissprot 40 e SP-TrEMBL

Base de dados do domínio da proteína de ProDom

PairsDB o algoritmo automático da decomposição do domínio (ADDA) é usado para gerar uma base de dados de famílias do domínio da proteína com cobertura completa de todas as seqüências da proteína. As seqüências são separação em domínios e os domínios são agrupados em famílias do domínio da proteína em um processo completamente automatizado. A base de dados atual contem domínios para mais de 1.5 milhão seqüências em mais de 40 000 famílias do domínio. Em particular, há 3828 famílias novas do domínio que não sobrepor com as bases de dados curated Pfam, SCOP e InterPro do domínio. Dados isfreely disponíveis para a transferência e a pergunta através de uma relação do Web. Veja igualmente:
Busca das famílias do domínio de PairsDB
As famílias do domínio de PairsDB consultam

AS CÓPIAS das CÓPIAS são um compêndio de impressões digitais da proteína. Uma impressão digital é um grupo de motivos conservados usados para caracterizar uma família da proteína; sua potência diagnóstica é refinada pela exploração iterativa de um composto de SWISS-PROT/TrEMBL. Geralmente os motivos não sobrepor, mas são separados ao longo de uma seqüência, embora podem ser contíguos em 3D-space. As impressões digitais podem codificar dobras e funcionalidades da proteína mais flexìvel e poderosa do que pode escolhir motivos, potência diagnóstica cheia que se deriva do contexto mútuo fornecido por vizinhos do motivo.

As batidas da varredura do motivo das BATIDAS são uma base de dados livre devotada aos domínios da proteína. É igualmente uma coleção das ferramentas para a investigação dos relacionamentos entre as seqüências da proteína e os motivos descritos neles. Estes motivos são definidos por uma coleção heterogênea dos predictors, que inclua atualmente expressões regulares, perfis generalizados e modelos Markov escondidos

Ferramenta modular simples ESPERTA da pesquisa da arquitetura. Objetivo: para permitir a identificação e a anotação automáticas dos domínios em seqüências user-supplied da proteína.

PROClass a base de dados de ProClass é uma base de dados non-redundant da proteína organizada de acordo com relacionamentos de família como definido coletivamente por testes padrões de ProSite e por superfamílias de PIR. A base de dados de ProClass pode facilitar a pesquisa documental da família da proteína, revelar relacionamentos do domínio e de família, e classific multi-domained proteínas, pela combinação global e pelas similaridades do motivo em um único esquema de organização da família.

Server procurado da biologia molecular do deslocamento predeterminado do SUÍÇO PROT de ExPASY da universidade de Genebra: contem o deslocamento predeterminado procurado de SWISS-PROT.

ExPASY PROSITE PROSITE é uma base de dados de famílias e de domínios da proteína. Consiste nos locais, nos testes padrões e nos perfis biològica significativos que ajudam a identificar confiantemente a que família conhecida da proteína (eventualmente) uma seqüência nova pertence.

Base de dados da família da proteína de SYSTERS por Motivo

A base de dados de TIGRFAM é famílias da proteína baseadas em modelos Markov escondidos ou em HMMs.

a busca do eMotif o eMOTIFS é derivada dos alinhamentos múltiplos da seqüência na base de dados de BLOCKS+.

MOTIVO: Pode procurarar incluir múltiplo das bases de dados: Teste padrão de PROSITE, perfil de PROSITE, BLOCOS, ProDom, CÓPIAS, Pfam, Pfam_fs para fragmentos, e uma biblioteca definida pelo utilizador do perfil.

Busca de HMM - busca do motivo de uma seqüência da proteína usando a base de dados de Pfam-A de domínios da proteína - centro de Sanger (Reino Unido).

Busca de HMM - busca do motivo de uma seqüência da proteína usando a base de dados de Pfam-A de domínios da proteína - WUSTL (E.U.).

MASTRO - ferramenta do alinhamento e da busca do motivo - Pasteur Inst (France).

MEME - EM múltiplo para a obtenção do motivo - instituto de Pasteur (France).

MOTIVO - serviço de pesquisa do teste padrão - estado U de Iowa (E.U.).

PatternFind - busca do teste padrão da busca do teste padrão da seqüência de incluir de diversas bases de dados: Suíço-Prot, TrEMBL, variações da tala do Suíço-Prot, trEST, trGEN,
trome, peptides atuais para todas as espécies, proteomes completos microbianos de ENSEMBL, liberação de RefSeq, actualizações semanais de RefSeq, PATTINPROT - busca do teste padrão da seqüência da pergunta - Bio-Informatique Lyonnaise de Pólo (France), Pratt2.1 - ferramenta da descoberta do teste padrão, Pratt - U Helsínquia (Finlandia), Pratt - Pasteur Inst (France), Pratt - Inst Informatik-U Bergensis (Noruega), Pratt - EBI (Reino Unido).

PROSITE - Buscas dos motivos do perfil da base de dados de ProSite.

Busca de PROSITE - Genestream - IGH Montpellier (France).

ScanProsite - faça a varredura de uma seqüência da proteína de encontro ao DB de PROSITE - ExPASy (Switzerland).

Bases de dados do motivo da proteína de planta:

PlantP

PHYTOPROT o procedimento geral atrás de PHYTOPROT consiste em executar “todo-por-toda” comparação de seqüências (putativos) da proteína com o software de BIOFACET, construindo conjuntos de seqüências (Mohseni-Zadeh e outros, Recomb 2003) baseadas em sua similaridade e finalmente indicando o la Prodom do à os domínios compartilharam pelas seqüências em cada conjunto

Integr8 Arabidopsis Thalania fornece a informação sobre a proteína usando a busca de palavra-chave. Contem a informação do domínio dentro da busca.

Famílias da proteína de Pfam Arabidopsis

Bases de dados do motivo da proteína do parasita:

Base de dados do motivo do parasita da busca do motivo do parasita. Bases de dados de: Todo o Leishmania, Leishmania Friedlin principal, brucei de Trypanosoma, cruzi de Trypanosoma, todo o Crithidia, todos os kinetoplastids, falciparum do Plasmodium, todo o Plasmodium, gondii do Toxoplasma, todo o Apicomplexa, todo o Schistosoma, todo o Filarioidea.