Bioinformatics, Protocolos, Proteína Proteomics do RNA do Dna

Os Protocolos Home Bioinformatic Da Biologia Dirigem O Encyclopaedia Que Molecular Da Biologia Dos Forums Da Biologia As Imagens Molecular Da Biologia Bookmark Nos!

home > proteína > bioinformatics > proteína-protein-motifs > index.php

Pesquisa Home De Proteomics Da Proteína do RNA do Dna De Videos Da Ciência Da Notícia Da Ciência Da Biologia Molecular BETA! Das técnicas molecular da biologia do equipamento do laboratório de Bioinformatics produtos molecular da biologia e ligações relacionadas da biologia dos serviços

Biologia Molecular Blog

Emita esta página a um amigo

Estações Intracellular

Dos amortecedores comuns dos amortecedores do botany do antibody microplaquetas molecular alfabéticas PCR PCR real-Time RNAi de Microarray da proteína de Proteomics do peptide da imagem latente do microbiology do spectrometry maciço do immunology de Microarrays do histology da biologia da pilha da livraria e do electrophoresis do gel da cultura e borrão ocidental de Transfection da biologia da pilha de haste de SiRNA

 

Protocolos Da Proteína

Enciclopédia Da Proteína

Proteína Bioinformatics

Forum Da Ciência Da Proteína

Proteína Blog

Notícia do Dna

 

Motif da proteína e predição do domínio da proteína

Veja também nossa base de dados da ligação de ferramentas de Bioinformatic do motif da proteína

Os motifs e os domínios da proteína são interações importantes porque fornecem indícios a respeito das funções posible da proteína, e possíveis da proteína. Se a proteína para o exemplo tivesse um domínio para o emperramento do DNA, você prediria aquele que a proteína pode agir ligando às seqüências do DNA.

Uma nota no motif da proteína e na base de dados do domínio da proteína procurara: A maioria de proteínas são modulares com diversos domínios.  Se seu proteína ou proteni desconhecido forem a mais similar a um kinase de proteína, esta não significa necessariamente que é um kinase - é possível as duas proteínas compartilha de diversos outros domínios (IE diversos domínios SH3).

Veja nossa base de dados da ligação de ferramentas de Bioinformatic do motif da proteína

Bases de dados Do Motif Da Proteína:

CDD A Base de dados Conservada Do Domínio. As proteínas contêm frequentemente diversos módulos ou domínios, cada um com uma origem evolucionária distinta e função. A base de dados conservada NCBI's do domínio é uma coleção de alinhamentos múltiplos da seqüência para domínios antigos e proteínas full-length. O serviço de CD-Search pode ser usado identificar os domínios conservados atuais em uma seqüência da pergunta da proteína.

Busca da busca de keyword de CDD a base de dados conservada do domínio por Keyword em Entrez Pubmed.

CDART: Ferramenta Conservada Da Recuperação Da Arquitetura Do Domínio

InterPro InterPro é uma base de dados das famílias da proteína, dos domínios e dos locais funcionais em que as características identifiable encontradas em proteínas sabidas podem ser aplicadas às seqüências desconhecidas da proteína.

PROSite PROSITE é uma base de dados de famílias e de domínios da proteína. Consiste nos locais, nos testes padrões e nos perfis biològica significativos que ajudam identificar confiantemente a que família sabida da proteína (se algum) uma seqüência nova pertence.

Pfam Pfam é uma coleção grande de alinhamentos múltiplos da seqüência e dos modelos escondidos de Markov que cobrem muitos domínios comuns da proteína. A versão 7.7b de Pfam (outubro 2002) contem os alinhamentos e os modelos para 4832 famílias da proteína, baseados no Swissprot 40 e SP-TrEMBL-TrEMBL

Base de dados Do Domínio Da Proteína De ProDom

PairsDB o algoritmo automático do decomposition do domínio (ADDA) é usado gerar uma base de dados de famílias do domínio da proteína com cobertura completa de todas as seqüências da proteína. As seqüências são rachadas em domínios e os domínios são agrupados em famílias do domínio da proteína em um processo completamente automatizado. A base de dados atual contem domínios para mais de 1.5 milhão seqüências em mais de 40 000 famílias do domínio. No detalhe, há 3828 famílias do domínio da novela que não sobrepõem com curated bases de dados Pfam, SCOP e InterPro do domínio. Dados isfreely disponíveis para downloading e perguntar através de uma relação do Web. Veja também:
Busca Das Famílias Do Domínio De PairsDB
As Famílias Do Domínio De PairsDB Browse

AS CÓPIAS das CÓPIAS são um compêndio de impressões digitais da proteína. Uma impressão digital é um grupo dos motifs conservados usados caracterizar uma família da proteína; sua potência diagnóstica é refinada pela exploração iterativa de um composto de SWISS-PROT/TrEMBL. Geralmente os motifs não sobrepõem, mas são separados ao longo de uma seqüência, embora podem ser contíguos em 3D-space. As impressões digitais podem codificar dobras e funcionalidades da proteína mais flexìvel e poderosa do que pode escolhir motifs, potency diagnóstico cheio que se deriva do contexto mútuo fornecido por vizinhos do motif.

As batidas da varredura do motif das BATIDAS são uma base de dados livre devotada aos domínios da proteína. É também uma coleção das ferramentas para a investigação dos relacionamentos entre as seqüências da proteína e os motifs descritos neles. Estes motifs são definidos por uma coleção heterogênea dos predictors, que inclua atualmente expressões regulares, perfis generalizados e modelos escondidos de Markov

Ferramenta Modular Simples ESPERTA Da Pesquisa Da Arquitetura.  Objetivo: para permitir a identificação e a anotação automáticas dos domínios em seqüências user-supplied da proteína.

PROClass a base de dados de ProClass é uma base de dados non-redundante da proteína organizada de acordo com relacionamentos da família como definido coletivamente por testes padrões de ProSite e por superfamílias de PIR. A base de dados de ProClass pode facilitar a recuperação de informação da família da proteína, para unveil relacionamentos do domínio e da família, e classificar multi-domained proteínas, combinar global e por similaridades do motif em um único esquema da organização da família.

Server molecular da biologia do deslocamento predeterminado searchable do SUÍÇO PROT de ExPASY da universidade de Genebra: contem o deslocamento predeterminado searchable de SWISS-PROT.

ExPASY PROSITE PROSITE é uma base de dados de famílias e de domínios da proteína. Consiste nos locais, nos testes padrões e nos perfis biològica significativos que ajudam identificar confiantemente a que família sabida da proteína (se algum) uma seqüência nova pertence.

Base de dados da família da proteína de SYSTERS por Motifs

A base de dados de TIGRFAM é famílias da proteína baseadas em modelos escondidos ou em HMMs de Markov.

a busca do eMotif os eMOTIFS é derivada dos alinhamentos múltiplos da seqüência na base de dados de BLOCKS+.

MOTIF: Pode procurarar bases de dados múltiplas including: Teste padrão de PROSITE, perfil de PROSITE, BLOCOS, ProDom, CÓPIAS, Pfam, Pfam_fs para fragmentos, e uma biblioteca user-defined do perfil.

Busca de HMM - busca do motif de uma seqüência da proteína usando a base de dados de Pfam-A de domínios da proteína - centro de Sanger (Reino Unido).

Busca de HMM - busca do motif de uma seqüência da proteína usando a base de dados de Pfam-A de domínios da proteína - WUSTL (E. U.).

MASTRO - ferramenta do alinhamento e da busca do motif - instalação de Pasteur (France).

MEME - EM múltiplo para o motif Elicitation - o instituto de Pasteur (France).

MOTIF - Serviço De Busca Do Teste padrão - Estado U De Iowa (E. U.).

PatternFind - busca do teste padrão da busca do teste padrão da seqüência de diversas bases de dados including: Suíço-Prot, TrEMBL, variants da tala do Suíço-Prot, trEST, trGEN,
trome, peptides atuais para todas as espécies, proteomes completos microbial de ENSEMBL, liberação de RefSeq, updates semanais de RefSeq, PATTINPROT - busca do teste padrão da seqüência da pergunta - Pólo Lyonnaise bio-Informatique-Informatique (France), Pratt2.1 - ferramenta da descoberta do teste padrão, Pratt - U Helsínquia (Finland), instalação de Pratt - de Pasteur (France), Pratt - instalação Informatik-U Bergensis (Noruega), Pratt - EBI (Reino Unido).

PROSITE - buscas dos motifs do perfil da base de dados de ProSite.

Busca de PROSITE - Genestream - IGH Montpellier (France).

ScanProsite - faça a varredura de uma seqüência da proteína de encontro ao DB de PROSITE - ExPASy (Switzerland).

Bases de dados Do Motif Da Proteína De Planta:

PlantP 

PHYTOPROT o procedimento geral atrás de PHYTOPROT consiste em executar "todo-por-toda" comparação de seqüências (putative) da proteína com o software de BIOFACET, construindo conjuntos das seqüências (Mohseni-Zadeh et al., Recomb 2003) baseadas em sua similaridade e finalmente indicando o la Prodom do à os domínios compartilharam pelas seqüências em cada conjunto

Integr8 Arabidopsis Thalania fornece a informação sobre a proteína usando a busca de keyword. Contem a informação do domínio dentro da busca.

Famílias Da Proteína De Pfam Arabidopsis

Bases de dados Do Motif Da Proteína Do Parasite:

Base de dados Do Motif Do Parasite Da Busca Do Motif Do Parasite. Bases de dados de: Todo o Leishmania, Leishmania Friedlin principal, brucei de Trypanosoma, cruzi de Trypanosoma, todo o Crithidia, todos os kinetoplastids, falciparum do plasmodium, todo o plasmodium, gondii do toxoplasma, todo o Apicomplexa, todo o Schistosoma, todo o Filarioidea.

Outras Bases de dados Do Motif Da Proteína Da Espécie:

A outra espécie em Integr8

Pfam a outra espécie