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Arranjar em seqüência De Maxam Gilbert

 

Como o DNA é arranjado em seqüência

Dna que arranja em seqüência usando o método de Maxam-Gilbert

Maxam-Gilbert que arranja em seqüência com este método do DNA que arranja em seqüência em vez de synthesizing o DNA em vitro e de parar as reações da síntese com terminais chain, este método começa com DNA full-length, extremidade etiquetado e cleaves o com os reagents específicos baixos. Assim como este método trabalha com bases do guanine, mas o mesmo princípio aplica-se a todas as quatro bases; Primeiramente nós extremidade-etiquetamos um fragmento que do DNA nós queremos arranjar em seqüência.

Este pode ser 5’- ou 3’- termina etiquetar. Em seguida, nós modificamos um tipo da base. Aqui nós usamos o sulfate dimethyl (DMS) methylate guanines. (realmente, este reagent methylates também adenines, mas não em uma maneira aquele conduz ao cleavage da costa do DNA.) Como no método chain da terminação, nós não queremos afetar cada guanine, ou nós produziremos somente os fragmentos minúsculos que não permitirão que nós determinem a seqüência’do DNA s. Conseqüentemente, nós fazemos o methylation sob as circunstâncias suaves que conduzem a uma média de somente um guanine methylated por a costa do DNA. Em seguida, nós usamos um reagent (piperidine) que faça duas coisas: causa a perda da base methylated, então ele quebra a espinha dorsal do DNA no local da base perdida (o local apurinic). Neste caso, o G no meio da seqüência methylated, assim que a ruptura da costa ocorreu lá, produzindo um trimer etiquetado.

Em uma outra molécula do DNA, o primeiro G não poderia methylated, causando um phosphate etiquetado (a base e o açúcar seriam perdidos nos cleavages químicos). Finalmente, nós electrophorese os produtos e detectamo-los pelo autoradiography, apenas como no método da corrente-terminação. Naturalmente, nós necessitamos funcionar outras três reações que cleave em outras três bases. Há diversas maneiras de fazer isto. Para o exemplo, nós podemos enfraquecer as ligações do glycoside à adenina e ao guanine com ácido; então o piperidine causará a ruptura do depurination e da costa após ambos como e o Gs. Se nós electrophorese isto reação de A + de G ao lado da reação de G somente, nós pudermos obter como pela comparação. Similarmente, o hydrazine abre anéis do thymine e do cytosine, e o piperidine pode então remover estas bases e quebrar a costa do DNA nos locais resultantes do apyrumidine. Na presença do NaCl do 1M, o hydrazine é específico para o cytosine somente, assim que nós podemos funcionar esta reação ao lado da reação de C+T e obter os ts pela comparação.

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