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Os artigos publicados os mais atrasados de Bioinformatics dos jornais de Entrez-Pubmed

A análise de Multimarker e o imputation da plataforma múltipla pooling-basearam o genome... relacionaram artigos

A análise de Multimarker e o imputation da plataforma múltipla pooling-basearam estudos genome-largos da associação.

Bioinformatics. 2008 julho 10;

Autores: Homer N, Tembe WD, Szelinger S, Redman M, Stephan DA, Pearson JV, Nelson SF, Craig D

SUMÁRIO: Para muitos a associação genome-larga (GWA) estuda individualmente genotyping um milhão ou mais SNPs fornece um aumento marginal na cobertura em um custo substancial. Muita da informação ganha é redundante devido à estrutura da correlação inerente no genome humano. Pooling estudos baseados de GWA podia beneficiar-se significativamente utilizando esta redundância para reduzir o ruído, melhorar a exatidão das observações, e para aumentar a cobertura genomic. Nós introduzimos uma medida da correlação entre genotyping individual e pooling, sob a mesma estrutura que r(2) fornecem uma medida do disequilibrium do enlace entre pares de SNPs. Nós relatamos então um método novo dos multi-multi-loci do multimarker do non-haplotype que leverages a estrutura da correlação entre SNPs no genome humano para aumentar o efficacy de pooling estudos baseados de GWA. Nós damos primeiramente uma estrutura e uma derivação teóricas de nosso método do multimarker. Em seguida, nós avaliamos simulações usando esta aproximação do multimarker na comparação escolhir a análise do marcador. Finalmente, nós avaliamos experimental nosso método usando pools diferentes de indivíduos de HapMap no duo de Illumina 450S, no Illumina 550K, e no Affymetrix 5.0 plataformas para um total combinado de 1.333.631 SNPs. Nossos resultados mostram que o uso da análise do multimarker reduz o específico do ruído a pooling estudos baseados, o permite a integração eficiente de plataformas microarray múltiplas, e o fornece umas medidas mais exatas do significado do que a única análise do marcador. Adicionalmente, esta aproximação pode ser estendida para permitir imputing o significado da associação para SNPs observado não diretamente usar SNPs neighboring no disequilibrium do enlace. Este método do multimarker pode agora ser usado terminar os estudos pooling-baseados de GWA com plataformas múltiplas transversalmente sobre um milhão SNPs e impute cost-effectively SNPs neighboring tornados mais pesados para a perda da informação devido a pooling. INFORMAÇÃO SUPLEMENTAR: Os dados suplementares estão disponíveis em Bioinformatics em linha.

PMID: 18617537 [ PubMed - como fornecido pelo publisher ]

Avaliando a linha estabilidade da pilha de CMT pelo gel de polyacrylamide bidimensional eleja... relacionou artigos

Avaliar a linha estabilidade da pilha de CMT pelo electrophoresis bidimensional do gel de polyacrylamide e pelo spectrometry maciço baseou a análise do proteome.

J Proteomics. 2008 julho 21;71(2):160-167

Autores: Zhang K, Wrzesinski K, Fey SJ, Mose Larsen P, Zhang X, Roepstorff P

O electrophoresis bidimensional do gel de polyacrylamide (2-D PÁGINA) seguido pela identificação spectrometric maciça das proteínas nos pontos da proteína transformou-se uma ferramenta central no proteomics. CMT167(H), CMT64(M) e CMT170(L) linhas da pilha, selecionadas de um adenocarcinoma espontâneo do pulmão do rato, com elevação -, o potencial médio ou baixo-metastatic foi caracterizado em vivo. Neste estudo, os perfis detalhados da expressão da proteína das linhas da pilha de CMT foram analisados nas passagens 5, 15 e 35 a fim avaliar a linha estabilidade da pilha. Durante as passagens 5 a 15, os perfis da expressão de pilhas de CMT remanesceram razoavelmente estáveis como evidenciado pela somente 0.7%, 3.9% e 1.1% proteína mudada em CMT167(H), em CMT64(M) e em CMT170(L) respectivamente. Entretanto, o número de proteínas diferencial expressadas foi aumentado consideravelmente na passagem 35 em CMT64(M) e em CMT170(L) quando CMT167(H) remanesceram estável. Baseado em nossos critérios de seleção, 22, 109 e 84 pontos em CMT167(H), em CMT64(M) e em CMT170(L) foram selecionados para a identificação da proteína pelo MS e 99 proteínas originais foram identificadas. A análise de Bioinformatics indicou que a maioria destas proteínas participam no metabolism celular. Na conclusão, o proteomics foi encontrado para ser uma ferramenta útil para avaliar diferenças na linha estabilidade da pilha. Esta aproximação forneceu uma ferramenta para selecionar a mais melhor linha da pilha e o período optimal do subculture para estudos do cancer relacionou fenômenos e para testar o efeito de drogas anticancer potenciais.

PMID: 18617143 [ PubMed - como fornecido pelo publisher ]

A marca de FLXtrade do sequencer do genome Sistema-Mais longa lê, mais aplicações, st... relacionou artigos

A marca de FLXtrade do sequencer do genome Sistema-Mais longa lê, mais aplicações, bioinformatics direto e séries de dados de mais completas.

J Biotechnol. 2008 junho 21;

Autores: Droege M, Monte B

O sistema do sequencer FLX do genome (GS FLX), powered por 454 que arranjam em seqüência, é um DNA next-generation que arranja em seqüência a tecnologia que caracteriza uma mistura original de longo lê, exatidão excepcional, e throughput ultra-high. Provou-se ser o mais versátil de todas as tecnologias arranjando em seqüência next-generation atualmente disponíveis, suportando muitos estudos do elevado-perfil dentro sobre sete categorias das aplicações. Os usuários do GS FLX perseguiram a pesquisa inovativa em de novo que arranja em seqüência, re-arranjando em seqüência de genomes inteiros e de regiões do DNA do alvo, metagenomics, e análise do RNA. 454 arranjar em seqüência é uma ferramenta poderosa para a pesquisa humana do genetics, recentemente re-arranjando em seqüência o genome de um ser humano individual, re-arranjando em seqüência atualmente o exome humano completo e alvejando regiões genomic usando o processo da captação da seqüência de NimbleGen, e detectando os mutations somatic low-frequency ligados ao cancer.

PMID: 18616967 [ PubMed - como fornecido pelo publisher ]

[ a predição das proteínas exteriores da membrana que usam a máquina do vetor da sustentação com comb... relacionou artigos

[ predição de proteínas exteriores da membrana usando a máquina do vetor da sustentação com características combinadas ]

Gongo Cheng Xue Bao De Sheng Wu. 2008 Apr;24(4):651-8

Autores: Zou L, Wang Z, Wang Y

As proteínas exteriores da membrana (OMPs) são encaixadas na membrana exterior das bactérias, dos mitochondria, e de chloroplasts gram-negative. A posição celular e a diversidade funcional de OMPs fazem-lhes uma classe importante da proteína. Pesquisa na predição de OMPs por métodos do bioinformatics pode trazer metodologias úteis para identificar OMPs das seqüências genomic e para a predição bem sucedida de suas estruturas secundárias e tertiary. Neste papel, três classes da característica foram calculadas das seqüências da proteína: composições de amino-ácido, composições do dipeptide e coeficientes de correlação tornados mais pesados do deslocamento predeterminado do amino-ácido. Então, três classes da característica foram combinadas e inputted em uma máquina do vetor da sustentação (SVM) baseou o predictor para identificar OMPs de outros tipos dobrando-se de proteínas. Os resultados da discriminação que usam diversas características combinadas including quatro categorias do deslocamento predeterminado do amino-ácido foram calculados, e a influência na exatidão da discriminação usando coeficientes de correlação diferentes com ordens e pesos diferentes foi discutida. Em testes cruz-validados e em testes independentes para identificar OMPs de uma série de dados de 1087 proteínas que pertencem a todos os tipos diferentes de proteínas globular e da membrana, o método que usa características combinadas obtem uma exatidão total de 96.96% e de 97.33% respectivamente. E estes resultados outperform aquele de outros métodos na literatura. Usando este método, os specificities elevados são mostrados dos resultados de identificar OMPs em cinco genomes bacterianos, e sobre 99% OMPs com estruturas tridimensionais sabidas na base de dados de PDB é discriminado corretamente. Estes resultados indicam que o método é uma ferramenta poderosa para a discriminação de OMPs nos genomes.

PMID: 18616178 [ PubMed - no processo ]

[ a deteção rápida do aernginosa dos pseudomonas pelo fluorescence T quantitative... relacionou artigos

[ deteção rápida do aernginosa dos pseudomonas pelo assay quantitative de TaqMan PCR do fluorescence que targetting o gene de ETA ]

Gongo Cheng Xue Bao De Sheng Wu. 2008 Apr;24(4):581-5

Autores: Xiao X, Zhang J, Gongo J, Bandeja Y, Yu Y, Yang X, Wu H

O aernginosa dos pseudomonas (PA) é um dos pathogens os mais universais no diagnóstico clínico, e assay convencional da deteção tem muitas desvantagens. Nesta pesquisa, um par de primers específicos e um TaqMan que a ponta de prova fluorescente foi projetada na região conservadora do gene de ETA pelo método da análise do bioinformatics, o método de deteção para o PA foram desenvolvidos com sucesso. As concentrações diferentes do gradient do DNA do PA e do vário DNA do pathogen foram amplificadas pelo fluorescence PCR quantitative (FQ-PCR) para confirmar o specificity e a sensibilidade do método desenvolvido. Os resultados mostraram que o assay desenvolvido da deteção é mais sensible e específico pela comparação ao método convencional de FQ-PCR, e é valioso para prospetos da pesquisa e da aplicação.

PMID: 18616166 [ PubMed - no processo ]