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Na bioinformática molecular da estação, você encontrará todos os programas que da bioinformática você precisará. Nós temos sobre 800 ferramentas bioinformatic para ferramentas bioinformatic da bioinformática do ADN, da bioinformática do RNA, da bioinformática da proteína, e do Proteomic. Nós igualmente fornecemos databses para cada um destas categorias a fim encontrar facilmente sua seqüência do interesse de diversas bases de dados da seqüência.
Nossa base de dados das ferramentas de Bioinformatic tem todas as ferramentas que bioinformatic você precisará nunca e inclui programas em linha e ferramentas sobre:
Campos aleatórios condicionais escondidos Gramatical-Contidos para aplicações da bioinformática.
Mol do Biol dos algoritmos. 2009 outubro 22; 4 (1): 13
Autores: Fariselli P, Savojardo C, Martelli PL, Casadio R
SUMÁRIO: FUNDO: Os modelos discriminativos são projetados endereçar naturalmente tarefas da classificação. Entretanto, algumas aplicações exigem a inclusão de réguas da gramática, e nestes modelos generative dos casos, tais como modelos Markov escondidos (HMMs) e as gramáticas estocásticas, são aplicadas rotineiramente. RESULTADOS: Nós introduzimos campos aleatórios condicionais escondidos Gramatical-Contidos (GRHCRFs) como uma extensão de campos aleatórios condicionais escondidos (HCRFs). GRHCRFs ao preservar o caráter discriminativo de HCRFs, pode atribuir etiquetas em conformidade com as réguas de produção de uma gramática definida. A novidade principal de GRHCRF é a possibilidade de incluir no conhecimento prévio de HCRFs do problema por meio de uma gramática definida. Nossa execução atual permite réguas regulares da gramática. Nós testamos nosso GRHCRF em um problema de rotulagem do biosequence típico: a predição da topologia de proteínas Prokaryotic da exterior-membrana. CONCLUSÕES: Nós mostramos que em um problema de rotulagem do biosequence típico o GRHCRF executa melhor do que os modelos de CRF da mesma complexidade, indicando que GRHCRFs pode ser ferramentas úteis para aplicações da análise do biosequence. DISPONIBILIDADE: O software de GRHCRF está disponível sob a licença GPLv3 no Web site http://www.biocomp.unibo.it/ savojard/biocrf-0.9.tar.gz.
PMID: 19849839 [PubMed - como fornecido pelo editor]
A identificação e a caracterização funcional dos effectors na seqüência expressada etiquetam dos vários estágios do ciclo de vida do pallida de Globodera do nemátodo do quisto da batata.
Mol da planta Pathol. 2009 novembro; 10 (6): 815-28
Autores: Jones JT, Kumar A, LA de Pylypenko, Thirugnanasambandam A, Castelli L, Chapman S, torneira PJ, Grenier E, Lilley CJ, MS de Phillips, Blok VC
Neste artigo, nós descrevemos a análise sobre de 9000 Tag expressados da seqüência (ESTs) das bibliotecas do cDNA obtidas dos vários estágios do ciclo de vida do pallida de Globodera. Nós identificamos sobre 50 effectors do pallida do G. desta série de dados usando a análise da bioinformática, selecionando clone a fim identificar as proteínas segregadas acima-reguladas após o início do parasitismo e usando a hibridação in situ para confirmar a expressão em pilhas pharyngeal da glândula. As proteínas do pallida Um SPRYSEC da codificação G. da família do gene do substancial foram identificadas. A expressão destes genes é restringida à pilha pharyngeal dorsal da glândula. Os membros diferentes da família de SPRYSEC das proteínas do pallida do G. mostram testes padrões subcellular diferentes da localização nas plantas, com o algum localizado ao citoplasma e a outro ao núcleo e ao nucleole. As diferenças na localização subcellular podem refletir os papéis funcionais diversos para cada proteína individual ou, mais prováveis, a variedade na divisão em compartimentos das proteínas de planta alvejadas pelo nemátodo. Nossos dados são conseqüentemente consistentes com a sugestão que as proteínas de SPRYSEC suprimem defesas do anfitrião, como sugerido previamente, e que consigam esta com a interação com uma escala de alvos do anfitrião.
PMID: 19849787 [PubMed - no processo]
Do avirulence bacteriano os genes ao effector funcionam através do sistema de entrega do hrp: uma vista geral de 25 anos de progresso em nossa compreensão da imunidade inata da planta.
Mol da planta Pathol. 2009 novembro; 10 (6): 721-34
Autores: Mansfield JW
Clonar o primeiro gene do avirulence (avr) conduziu não somente a uma compreensão mais profunda de interações do gene-para-gene na doença de planta, mas igualmente às introspecções fundamentais na supressão de defesas básicas de encontro ao ataque microbiano. Este artigo (que focaliza em syringae dos Pseudomonas) faz um mapa do desenvolvimento das idéias e do progresso da pesquisa sobre os 25 anos que seguem a descoberta conseguida por Staskawicz e por colegas de trabalho. Os avanços na tecnologia do clonagem de gene sustentaram a identificação de genes do avr e do hrp, o último que estão sendo exigidos para a ativação da reação hypersensitive defensiva (hora) e parogenicidade. A entrega de proteínas do Avr através do tipo maquinaria do secretion de III codificada por conjuntos do gene do hrp foi demonstrada, e a atividade das proteínas dentro das pilhas da planta enquanto os elicitors da hora foram confirmados. Os papéis chaves para genes do avr na aptidão patogénico têm sido estabelecidos agora. Rebranding de proteínas do Avr como effectors, as proteínas que suprimem a hora e a pilha parede-baseou defesas, conduziu à busca em curso para seus alvos, e está gerando introspecções novas na coordenação da resistência da planta de encontro aos micróbios diversos. a análise Bioinformática-conduzida da distribuição do gene do effector nos genomas forneceu uma ideia notável do intercâmbio dos effectors e igualmente de seus domínios funcionais, porque a raça de braços do ataque e da defesa conduz a evolução da parogenicidade microbiana. A aplicação de nosso conhecimento resultado para o desenvolvimento de estratégias do controlo de enfermidades é considerada.
PMID: 19849780 [PubMed - no processo]
Aproximações genomic funcionais para o estudo desenvolvimento fetal/placental nos suínos com ênfase especial em genes imprimidos.
Soc Reprod Fertil Suppl. 2009; 66: 245-64
Autores: SÉNIOR de Bischoff, Tsai S, Hardison N, Motsinger-Reif AA, VAGABUNDOS de Freking, Piedrahita JA
Este capítulo descreve a aplicação de aproximações genomic funcionais ao estudo de genes imprimidos nos suínos. Quando houver umas definições variadas “da genómica funcional”, no general centram-se sobre a aplicação de microarrays do ADN, únicas disposições do polimorfismo do nucleotide (SNP), e outras análises genomic da cobertura elevada, e sua combinação com os métodos a jusante da modificação do gene tais como o silêncio do RNA (siRNA) e do transfection viral e não-viral. Entre a manipulação genética por aquisição de dados e real inicial do sistema encontra-se a bioinformática, onde as quantidades maciças de dados são analisadas para extrair a informação significativa. Esta área está no fluxo constante com uma ênfase aumentada na deteção de caminhos e de processos afetados um pouco do que a geração de lista afetadas simples do gene. Nós expandiremos em cada um destes pontos e descreveremos como nós usamos estas tecnologias para o estudo de genes imprimidos nos suínos. Primeiramente nós introduziremos a pergunta biológica para fornecer o contexto para o exame das aproximações genomic funcionais e dos tipos de informação que geram.
PMID: 19848292 [PubMed - no processo]
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