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Ferramentas de análise do alinhamento da seqüência
| ACMES - http://acmes.rnet.missouri.edu/ Os ACMES (motor de harmonização satisfeito avançado para seqüências) são um server que possa ser usado para procurarar por repetições curtas (entre 3 e 10 000 bases) através da espécie múltipla. Os usuários podem limitar resultados de uma busca por buscas de palavra-chave. - [Lido mais ACMES] |
| Agenda - http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/agenda/ A agenda é uma ferramenta do Web que compare as seqüências genomic dos organismos evolutionarily relacionados a fim fazer predições do gene. Toma pares de seqüências genomic como a entrada, alinha as seqüências, e faz as predições baseadas em sinais da tala, começo e - [lido mais agenda] |
| ASmodeler - http://genome.ewha.ac.kr/ECgene/ASmodeler/ Gene que modela o server que se centra sobre a modelagem da emenda alternativa. É baseado no alinhamento do mRNA, do EST e das seqüências da proteína e combina o conjunto genoma-baseado da aglomeração e do transcrito. Suporta genomas do ser humano, do rato e do rato. - [Lido mais ASmodeler] |
| ConSurf - http://consurf.tau.ac.il/ O server de ConSurf permite que se trace níveis de proteína conhecida da conservação do ácido aminado estrutura áreas de estudo da importância funcional potencial na superfície da proteína. Uma lima do PDB é exigida como a entrada, e uma seqüência múltipla alignmen - [lido mais ConSurf] |
| CRASP - http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/crasp/ A análise de correlação das substituições do ácido aminado nas seqüências da proteína (CRASP) toma alinhamentos múltiplos de seqüências de ácido aminado como a entrada, e detecta substituições coordenadas do resíduo. Estas substituições podem sugerir a evolução dependente de funcional - [lido mais CRASP] |
| Navegador do ECR - http://ecrbrowser.dcode.org/ O navegador do ECR (regiões conservadas evolucionárias) é uma ferramenta com suporte na internet para visualizar e navegar com os alinhamentos inteiros do genoma de diversas espécies vertebradas. Os usuários podem igualmente submeter seqüências para o alinhamento com um dos genomas representados. - [Lido mais navegador do ECR] |
| eShadow - http://eshadow.dcode.org/ Uma ferramenta para o sombreamento phylogenetic de seqüências múltiplas das espécies estreitamente relacionadas. Isto análises de alinhamentos múltiplos da seqüência pode ser usado para prever elementos funcionais putativos. - [Lido mais eShadow] |
| Cálice - http://goblet.molgen.mpg.de/ O cálice permite que o usuário SOPRE um ou vário seqüências da proteína ou de nucleotide de encontro às bases de dados que têm as seqüências traçadas aos termos do Ontology do gene (VÁ). Os resultados podem ser vistos para seqüências individuais, ou como estatísticas do exame para o grupo se mais de um s - [lido mais cálice] |
| Godzilla - http://pipeline.lbl.gov/ O encanamento a.k.a. Godzilla do genoma de Berkeley, fornece lotes precomputed de VISTA da conservação da seqüência entre pares de ser humano, rato ou genomas do rato. - [Lido mais Godzilla] |
| LowComplexity - http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/low_complexity/ LowComplexity é uma ferramenta que procurare por baixas regiões da complexidade de seqüências do ADN ou da proteína. Usando LowComplexity você pode procurarar seqüências longas (cromossomas, genomas) ou um jogo de seqüências alinhadas. Este recurso igualmente contem as ligações a outros algoritmos f - [lido mais LowComplexity] |
| MAVL/StickWRLD - http://www.microbial-pathogenesis.org/stickwrld/ O Linker múltiplo da variação do alinhamento (MAVL) examina um jogo pre-alinhado de seqüências do nucleotide ou da proteína e detecta correlações positivas e negativas do interpositional. Os resultados podem então ser vistos como uma respresentação de StickWRLD. - [Lido mais MAVL/StickWRLD] |
| PDA - http://pda.uab.es/ PDA (análise da diversidade do encanamento) é um server que procurare por seqüências polymorphic em grandes bases de dados, e estima sua diversidade genética. Os resultados contêm os alinhamentos da seqüência (gerados por ClustalW) e incluem estatísticas no polimorfismo, synonymo - [lido mais PDA] |
| PipMaker - http://bio.cse.psu.edu/ PipMaker computa alinhamentos de regiões similares em duas seqüências do ADN. MultiPipMaker permite que o usuário ver relacionamentos entre mais de duas seqüências. - [Lido mais PipMaker] |
| Viscoso - http://viscose.ifg.uni-muenster.de/ A viscose (visualização e comparação de seqüências de consenso) é uma ferramenta baseada Web que tome um jogo das seqüências (alinhadas ou unaligned) e calcule uma seqüência de consenso e as taxas da conservação para o alinhamento da seqüência, produzindo um fácil ao interpre - [mais viscosos lidos] |
| VISTA - http://www-gsd.lbl.gov/vista/ Jogo das ferramentas para a genómica comparativa; permite o visualização de alinhamentos longos da seqüência do ADN de 2 ou mais espécies com informação da anotação; capaz de combinar a busca de base de dados do local obrigatório do fator da transcrição com a análise comparativa da seqüência. - [Lido mais VISTA] |
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