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Predição secundária da estrutura do RNA. a estrutura 2' de usar-se do RNA M-Dobra-se, mfold, ferramentas bioinformatic em linha e software para predizer laços da dobradura e do hairpin do RNA.
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CARNAC -
http://bioinfo.lifl.fr/carnac O server que prediz conservou elementos secundários da estrutura de RNAs homologous. A entrada de um jogo de seqüências do RNA não é requerida para ser alinhada previamente. - [lido mais CARNAC] |
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DEQOR -
http://cluster-1.mpi-cbg.de/Deqor/deqor.html Ferramenta que ajuda no controle do projeto e de qualidade de RNAs interferindo pequeno (siRNAs) para a interferência do RNA (RNAi) e silenciar do gene. Avalía o potency inhibitory de seqüências potenciais do siRNA as.well.as identificar as regiões do gene que têm um sil elevado - [lido mais DEQOR] |
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ERPIN -
http://tagc.univ-mrs.fr/erpin/ As tomadas de ERPIN (identificação fácil do perfil do RNA) como a entrada um alinhamento da seqüência do RNA e uma anotação secundária da estrutura e identificarão uma variedade larga de motifs sabidos do RNA (tais como tRNAs, rRNAs 5S, snoRNAs da caixa do RNA de SRP, do C/D, motifs do hammerhead, miRNAs e othe - [lido mais ERPIN] |
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ILM - http://cic.cs.wustl.edu/RNA/ O server que fornece iterou o laço que combina e o máximo tornaram mais pesados algoritmos combinando para o pseudoknot que contem a predição secundária da estrutura do RNA. Os algoritmos podem aplicar a informação thermodynamic e comparativa, e assim podem ser usados para ou alinhado ou - [lido mais ILM] |
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Kinefold -
http://kinefold.u-strasbg.fr/ Kinefold calcula (e animates) o kinetics dobrando-se de seqüências do RNA including pseudoknots. - [lido mais Kinefold] |
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Mfold -
http://www.bioinfo.rpi.edu/applications/mfold/old/rna/ Prediga a estrutura secundária do RNA da seqüência; não prediz pseudoknots - veja PKNOTS. - [lido mais Mfold] |
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MolMovDB - http://molmovdb.org/ A base de dados de movimentos macromolecular (MolMovDB) contem uma coleção da proteína e de estruturas animated do RNA para ajudar na exploração da flexibilidade macromolecular. O software para a análise da estrutura está também disponível. - [lido mais MolMovDB] |
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MOLPROBITY -
http://kinemage.biochem.duke.edu/molprobity/main.php?use_king=1 MOLPROBITY é uma análise da estrutura e um programa do validation que possa calcular e indicar steric, uma H-ligação, e umas interações de camionete der Waals para estruturas sabidas das proteínas, de ácidos nucleic, e de complexos. - [lido mais MOLPROBITY] |
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PKNOTS -
http://www.genetics.wustl.edu/eddy/software/#pk Prediga estruturas do pseudoknot na seqüência do RNA; código de fonte somente. - [lido mais PKNOTS] |
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RDfolder -
http://rna.cbi.pku.edu.cn:1977/rna/index.php Um programa secundário que executasse dois métodos, um da predição da estrutura do RNA baseou no empilhamento aleatório e no outro baseado em distribuições helicoidais da região. - [lido mais RDfolder] |
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RNAfold -
http://www.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi Prediga a estrutura secundária do RNA da seqüência; anote o limite do comprimento da seqüência. - [lido mais RNAfold] |
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RNAsoft - http://www.rnasoft.ca/ Software para a predição e o projeto secundários da estrutura de RNA/DNA - [lido mais RNAsoft] |
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Sfold -
http://sfold.wadsworth.org Server com as três ferramentas para o projeto racional de RNAs interferindo pequeno (Sirna), de oligonucleotides do antisense (Soligo), e de transporte-trans-cleaving ribozymes (Sribo). Uma quarta ferramenta, Srna, retorna a saída including características dobrando-se gerais. - [lido mais Sfold] |
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siDirect - http://design.RNAi.jp/ Server para computar as seqüências interferindo pequenas do RNA (siRNA) que são servidas melhor para a interferência mammalian do RNA (RNAi). O local aceita uma seqüência como a entrada e retorna uma lista de candidatos do siRNA. - [lido mais siDirect] |
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server da seleção do siRNA -
http://jura.wi.mit.edu/bioc/siRNA Server que ajuda ao projeto de RNAs interferindo curto (siRNAs) fornecendo a informação na estabilidade, no SNPs e no specificity de um siRNA potencial. - [lido mais server da seleção do siRNA] |
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siRNAdb - http://sirna.cgb.ki.se/ Este recurso inclui o siSearch, o AOSearch, e um siRNAdb que forneça uma plataforma minando uma base de dados do siRNA, e procurarar por fósforos non-specific a seu siRNA (RNAs interferindo pequeno). - [lido mais siRNAdb] |
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SStructView -
http://smi-web.stanford.edu/projects/helix/sstructview/ Applet secundário do visor da estrutura do RNA; deve ser integrado no Web page a ser executado; pode ligar a computacional múltiplo backends. - [lido mais SStructView] |
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PISADO -
http://www.cellbio.unige.ch/RNAi.html Dae (dispositivo automático de entrada) do desenhador de T7 RNAi Oligo (PISADO) no projeto de oligonucleotides do DNA para a síntese interferindo curta do RNA (siRNA) com o polymerase do RNA T7. Faz exame de uma entrada de uma seqüência do DNA e outputs uma lista de oligos do DNA para requisitar. - [lido MAIS PISADO] |
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Pacote do RNA de Viena -
http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/ Compreende uma biblioteca do código de C e diversos programas autônomos para a predição e a comparação de estruturas secundárias do RNA. - [lido mais pacote do RNA de Viena] |
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