Interações e caminhos da proteína

A deteção e a validação automatizadas da interação por Co-Evolução (CONSELHO) tomam uma lista de seqüências da proteína ou de pares da seqüência como a entrada e usam seqüências orthologous para avaliar a similaridade na história evolucionária das proteínas. É t sugerido - [lido mais CONSELHO]

Fornece diversas ferramentas que incluem WIT2, EMP, MPW, SENTRA e PatScan; outras ferramentas estão igualmente disponíveis. - [Lido mais laboratório nacional de Argonne - bases de dados computacionais da biologia]

ArrayXPath é um serviço com suporte na internet para perfis de harmonização da gene-expressão do microarray com caminhos biológicos conhecidos. A entrada é um perfil aglomerado da gene-expressão em um formato de texto aba-limitado. A saída inclui diagramas do caminho. - [Lido mais ArrayXPath]

Descrições cheias das lojas das interações, de complexos moleculars e de caminhos; os investigadores podem submeter novos recorda. - [Lido mais LIGAMENTO - a base de dados de rede biomolecular da interação]

inclui: TRANSFAC - base de dados do fator da transcrição; DB de Patho - formulários transformados dos fatores da transcrição e dos locais obrigatórios que são patològica relevantes; DB de S/MARt - base de dados da transação da matriz do andaime; TRANSPATH - base de dados reguladora do caminho do gene. - [Lido mais bases de dados regulamentares do gene de BIOBASE]

Informação sobre a função do gene, caminhos proteomic, e troca do reagente; diagramas muito desobstruídos do caminho; pode procurarar por caminhos pelo título ou consultar uma lista organizada. - [Lido mais BioCarta]

BioCyc é uma coleção de bases de dados do caminho/genoma derivou-se ou da literatura (EcoCyc e MetaCyc) ou computacionalmente (IE. HumanCyc). EcoCyc é usado para visualizar a disposição do gene, reações bioquímicas, e caminhos para o cromossoma de Escherichia Coli; MetaCy - [lido mais biblioteca do conhecimento de BioCyc]

Informação sobre a reação e a especificidade, modificações borne-translational, estrutura, estabilidade, e referências a outras bases de dados; livre para academics. - [Lido mais BRENDA - o sistema de informação detalhado da enzima]

CNplot é uma ferramenta do visualização da rede que possa ser usada para redes em grande escala, enquanto pre-são aglomerados. - [Lido mais CNplot: Visualização de redes Pre-Aglomeradas]

Cytoscape é uma plataforma do visualização para o uso com redes moleculars da interação. Os dados da interação podem ser integrados com outros dados do estado tais como perfis da expressão de gene. A entrada a Cytoscape inclui lista de pares da interação, e delimi da aba/espaço - [lido mais Cytoscape]

A base de dados de proteínas de interação (MERGULHO) permite que os usuários procurarem por proteínas de interação. As lista dos resultados podem ser procuraradas e/ou visualizado (estaticamente ou dinâmicamente). Os usuários podem submeter interações da proteína-proteína e entradas novas da base de dados da actualização. - [Lido mais MERGULHO]

Repositório da informação da nomenclatura da enzima; seleção útil das referências a outras bases de dados; livre para finalidades da pesquisa somente. - [Lido mais ENZIMA - base de dados da nomenclatura da enzima]

O sistema integrado para a análise de dados com informação sobre redes da expressão e do gene, igualmente contem a base de dados reguladora transcriptional das regiões (TRRD). - [Lido mais GeneExpress2.1]

o iHOP (informação Hyperlinked sobre proteínas) é um sistema que permita que se navegue através de uma rede dos genes e das proteínas baseados no índice de sumários de PubMed. Para cada busca do gene, o iHOP relata sentenças dos sumários que associam a com o outro g - [lido mais iHOP]

O objetivo de IntEnz é criar uma única base de dados relacional que contem dados da enzima de três fontes diferentes: a versão oficial da nomenclatura da enzima que compreende recomendações do comitê da nomenclatura da união internacional do bio ch - [lido mais IntEnz: Base de dados relacional integrada da enzima]

Base de dados dos orthologs da proteína que interagem (interologs) e proteínas com os relacionamentos reguladores conservados através das espécies (regulogs). Contem dados para elegans, drosófila, Arabidopsis, e fermento do C. - [Lido mais base de dados de Interolog/Regulog]

InterWeaver é uma ferramenta que emprega duas aproximações para detectar interações potenciais da proteína procurarando por e interpretando a evidência disponível das bases de dados em linha. A primeira aproximação encontra homólogos para uma seqüência e procurara-os por sócios de interação - [lido mais InterWeaver]

Mapas do caminho, catálogos moleculars, mapas do genoma e catálogos do gene que capturam o conhecimento sobre interações nos termos de caminhos da informação. KEGG compreende diversas bases de dados, incluindo BRITE (interações da proteína-proteína), o CAMINHO (redes da interação para - [lido mais KEGG: Enciclopédia de Kyoto dos genes e dos genomas]

A base de dados de Curated com um foco em dados moleculars experimental verific da interação coletou da literatura científica. Ênfase em organismos mamíferos. - [Lido mais HORTELÃ - uma base de dados molecular das interações]

O centro de informação de Munich para projetos das seqüências da proteína inclui: análise fungosa do genoma, bioinformática do genoma da planta, anotação estrutural da genómica, do proteomics e do genoma. Os projetos e as bases de dados incluem: CYGD, MNCDB, NGFN, MPPI, SIMAP, QUIPOS, MATDB, M - [lido mais MIPS]

PathBLAST é uma ferramenta para a comparação cross-species de redes da interação da proteína. PathBLAST toma um trajeto curto da interação da proteína como a entrada e procurara-o de encontro a uma rede disponível do interation da proteína-proteína especific pelo usuário. - [Lido mais PathBLAST]

Análise do Shortest-Path dos usos da ferramenta do caçador do caminho (PHT) para reconstruir e visualizar caminhos bioquímicos. O usuário pode encontrar o Shortest-Path entre dois metabolitos, ou encontre todos os produtos ou educts reachable para um metabolito dado. - [Lido mais ferramenta do caçador do caminho]

O mineiro do caminho é uma ferramenta para procurarar lista de genes por associações em dados conhecidos do caminho de KEGG, de BioCarta, e de GenMAPP. Igualmente fornece análises estatísticas. - [Lido mais mineiro do caminho]

A lista do recurso do caminho (PRL) é uma base de dados das ligações 150+ aos recursos para interações da proteína-proteína, metabólica e sinalizando caminhos, fator da transcrição e redes da interação, diagramas do caminho, seqüências da proteína, e proteína-composto genéticos - [lido mais lista do recurso do caminho]

Reactome é uma base de dados de caminhos humanos e dos processos biológicos que variam dos processos básicos de metabolismo aos caminhos reguladores complexos. Os dados curated por biólogos e peer-reviewed subseqüentemente para a exatidão e a consistência. Referências w - [lido mais Reactome - uma base de conhecimentos de processos biológicos]

A base de dados da enzima da limitação, uma coleção de informação sobre enzimas da limitação e proteínas relacionadas. - [Lido mais REBASE]

A CORDA (ferramenta da busca para a recuperação de genes/proteínas de interação) é uma base de dados da interação/associação da proteína-proteína. As interações conhecidas e previstas são incluídas. As interações são derivadas das origens de dados e literatura e franco existentes - [lido mais CORDA]

Taverna é uma ferramenta para criar e funcionar trabalhos da bioinformática. - [Lido mais Taverna]

Base de dados de interações genéticas e físicas; contem dados da interação dos diversos genoma/proteome largo-estuda, a base de dados dos MIPS, e LIGAMENTO; fornece um sistema poderoso do visualização olhando interações gràfica. - [Mais lido A GRADE - repositório geral para séries de dados da interação]

Pedido para gràfica representar interações biológicas físicas e genéticas; é acoplado com o repositório geral de séries de dados da interação (A GRADE); disponível para Unix e Windows. - [Mais lido o sistema do visualização da rede do Osprey]