Comparação 3-D da predição da estrutura da proteína

Reconhecimento da dobra da proteína usando os perfis da seqüência 1d e 3d acoplados com estrutura secundária e informação do potencial do solvation. - [Lido mais 3D-pssm]

BioInfo3D é uma coleção das ferramentas para a análise estrutural das proteínas, incluindo ferramentas para alinhamentos e a predição estruturais de interações da proteína. - [Lido mais BioInfo3D]

BSDD (dispositivo de indicador do segmento das biomoléculas) procurara por e indica motivos definidos pelo utilizador da seqüência em estruturas conhecidas da proteína. Esta ferramenta baseada Web incorpora o pacote de gráficos de RASMOL para o visualização. - [Lido mais BSDD]

CaspR é uma ferramenta do Web para construir modelos estruturais para seqüências da proteína usando a modelagem molecular da recolocação e do homology. O software executa uma aproximação automatizada que use T-COFFEE para produzir alinhamentos, MODELADOR para produzir modelos do homology, e - [lido mais CaspR]

Base de dados da classificação automatizada da estrutura da proteína de acordo com a classe (c), arquitetura (a), topologia (T) e superfamília Homologous (h). - [Lido mais catedral]

Um server múltiplo do alinhamento da estrutura da proteína que crie todo-à-todo por pares alinhamento usando um programa combinatório da extensão e então usando Monte - métodos da optimização de Carlo conduz uma optimização global iterativa. Os resultados são formatados usando JO - [lido mais CE-MC]

ClusPro é uma ferramenta para automaticamente computar o embarcadouro de duas estruturas da proteína fornecidas pelo usuário (ou como IDs do PDB). O jogo do resultado é uma lista classificada de complexos putativos, requisitada aglomerando propriedades. - [Lido mais ClusPro]

COLORADO-3D permite que você colora suas estruturas da proteína para indicar a presença de erros potenciais na estrutura da proteína (detectada por ANOLEA, por PROSAII, PARA PROVAR ou por VERIFY3D), em resíduos enterrados, e em conservação da seqüência. O server retorna uma lima PDB-formatada - [lido mais COLORADO-3D]

Calcula alinhamentos estruturais entre duas correntes da proteína; ou entre uma única corrente e o banco de dados inteiro da proteína. - [Extensão mais combinatória lida do trajeto óptimo]

O server do consenso alinha uma seqüência a um molde estrutural usando um consenso de 5 métodos diferentes do alinhamento. Uma medida da confiabilidade é produzida para cada posição do alinhamento a fim prever a conformidade das regiões para a modelagem comparativa. - [Lido mais server do consenso]

ConSeq é uma ferramenta para prever funcional e estrutural resíduos importantes do ácido aminado em seqüências da proteína. As predições são baseadas nas suposições que os resíduos da importância funcional são conservados frequentemente e solvente-acessíveis, e naquelas de - [lido mais ConSeq]

O server de ConSurf permite que se trace níveis de proteína conhecida da conservação do ácido aminado estrutura áreas de estudo da importância funcional potencial na superfície da proteína. Uma lima do PDB é exigida como a entrada, e uma seqüência múltipla alignmen - [lido mais ConSurf]

ElNemo (o modelo de rede elástico) é uma ferramenta para prever os movimentos possíveis (IE. mudanças conformational e outras mudanças estruturais) das macromoléculas. Esta ferramenta permite que os usuários computem, visualizem, e analisem modalidades normais de baixa frequência de um prot - [lido mais ElNemo]

FATCAT fornece os meios comparar duas estruturas da proteína do PDB-formato, ou procurará-las pelas estruturas similares a uma estrutura dada do PDB. O usuário pode fornecer uma identificação do PDB ou transferir arquivos pela rede uma lima da estrutura. O web server de FATCAT emprega o alinhamento flexível da estrutura - [lido mais FATCAT]

FoldMiner alinha uma estrutura user-supplied ou identificada da pergunta a uma base de dados de únicos alvos do domínio para descobrir vizinhos estruturais e motivos característicos. As estruturas da pergunta podem igualmente ser alinhadas a umas ou várias estruturas especificadas pelo utilizador usando o LOC - [lido mais FoldMiner e FECHAMENTO 2]

o server do iMOT (motivo de interação) é projetado procurarar por motivos espacial de interação entre as proteínas que compartilham de 3 estruturas dimensionais similares. - [Lido mais iMOT]

Programa para indicar a informação 3D estrutural em um alinhamento múltiplo da seqüência. - [Lido mais ALEGRIA]

Homology ou modelagem comparativa de estruturas da proteína 3D. - [Lido mais modelador]

Curso a trabalhar excelente do Suíço-PdbViewer/profundamente da vista; um must-do antes de tentar usar o Suíço-PdbViewer. - [Modelagem mais molecular lida para novatos]

O server que permite que os usuários convertam limas do PDB em PQR arquiva adicionando átomos faltantes, aperfeiçoando o hidrogênio que lig e que atribui parâmetros atômicos da carga e de raio. A lima resultante de PQR pode ser usada para os cálculos eletrostáticos que podem dar a introspecção - [lido mais server de PDB2PQR]

PDBSiteScan toma uma lima do PDB como a entrada, e procurara-a por fósforos stuctural com o jogo de PDBSite de locais funcionais conhecidos. - [Lido mais PDBSiteScan]

PepBuild é uma ferramenta que facilite a construção, da seqüência conhecida e estruturas secundárias/terciárias, de proteínas tampadas ou destampadas. A saída gerada está no formato do PDB. - [Lido mais PepBuild]

Persistência de visão Raytracer; uso conjuntamente com o Suíço-PdbViewer criar gráficos para a apresentação e a publicação. - [Lido mais POV-Raio]

ProteinDBS toma uma identificação do PDB ou uma estrutura como a entrada, e procurara-os por estruturas terciárias da proteína similar usando técnicas do visualização do computador. O superposition das estruturas e do componente alinhado da seqüência pode então ser visto sobre o Web. - [Lido mais ProteinDBS]

Os ProteMiner-SSM procuraram o PDB por proteínas com as subestruturas terciárias similares a uma especific pelo usuário. Um processo de filtração é usado para acelerar significativamente a análise. - [Lido mais ProteMiner-SSM]

o pvSOAR toma uma identificação do PDB ou uma lima da estrutura como a entrada, e procurara-os por outras proteínas com regiões de superfície que são similares à estrutura da pergunta. - [Lido mais pvSOAR]

O server de Robetta fornece a exploração da alanina das ferramentas e da relação da predição da estrutura da proteína. A predição da estrutura é realizada pelo comparativo que modela ou o método da inserção do fragmento de de novo Rosetta. A exploração da alanina da relação é emplo - [lido mais Robetta]

SA-Procurare é uma ferramenta que converta primeiramente uma lima da estrutura do PDB em uma respresentação de uma dimensão usando um alfabeto estrutural, e procurara então por similaridades usando métodos padrão para o alinhamento da seqüência. - [Lido mais SA-Procurare]

SCit é um jogo das ferramentas que facilitam a análise e a edição de conformações chain laterais da proteína. Usando uma lima do PDB como a entrada, as ferramentas permitem que o usuário execute tarefas como a lista e/ou a alteração dos valores dos ângulos de diedro, alistando o structurall - [lido mais SCit]

Classificação estrutural das proteínas - base de dados criada por uma combinação de inspeção manual e de métodos automatizados. - [Lido mais SCOP]