Ferramentas de Bioinformatic do Microarray

A base de dados da informação do clone da disposição (ÁCIDO) é um recurso procurado para a informação sobre o ser humano, o rato, e os clone do cDNA do rato. Cada clone contem a informação sobre os conjuntos atribuídos de UniGene, posição no transcrito completo, atribuído o gene Ontário - [lido mais ÁCIDO]

Permite a correlação de resultados da disposição de GeneChip com projeto da disposição e informação da anotação; fornece o acesso à informação do índice da disposição, incluindo seqüências da ponta de prova e anotações do gene; o registo livre é exigido. - [Lido mais centro de análise de Affymetrix NetAffx]

O repositório público para o microarray baseou dados da expressão de gene; contem diversas séries de dados curated da expressão de gene. - [Lido mais ArrayExpress]

ArrayPipe permite que os usuários personalizem um encanamento de processamento para a análise de dados do microarray. Inclui métodos para a avaliação de qualidade das corrediças, do visualização dos dados, da normalização, e da deteção de genes diferencial expressados. A saída consiste no repor - [lido mais ArrayPipe]

ArrayProspector é um jogo de associações funcionais previstas entre os genes que foram pressupor dos dados da expressão do microarray da base de dados do Microarray de Standford. Os usuários podem procurarar pelos genes lig para perguntar ou pelas ligações entre dois genes. - [Lido mais ArrayProspector]

ArrayXPath é um serviço com suporte na internet para perfis de harmonização da gene-expressão do microarray com caminhos biológicos conhecidos. A entrada é um perfil aglomerado da gene-expressão em um formato de texto aba-limitado. A saída inclui diagramas do caminho. - [Lido mais ArrayXPath]

Análise Bayesian de níveis da expressão de gene (BAGEL). Este software foi usado para estudos proeminentes numerosos, incluindo dois publicados na ciência, e dois publicados em PNAS. Jeffrey Townsend. - [Análise mais bayesian lida de níveis da expressão de gene (BAGEL)]

Trate a extração e a análise das regiões cis-Reguladoras (BEARR) toma uma lista de identificadores do gene (tais como IDs de RefSeq e de Unigene), de testes padrões do consenso, e (opcionalmente) de uma matriz do peso da posição como a entrada e os retornos uma lista de fósforos para os testes padrões no bot - [lido mais BEARR]

Bioconductor é uma fonte aberta e um projeto de software aberto do desenvolvimento que aponte fornecer o acesso a uma escala larga de métodos estatísticos e gráficos poderosos para a análise de dados genomic. - [Lido mais Bioconductor]

Server que varreduras rio acima dos genes no mesmo conjunto da expressão de gene para motivos reguladores da seqüência usando uma estratégia de amostragem de Gibbs. O modelo Markov do fundo é usado para bases do não-motivo, melhorando a especificidade de posições previstas do motivo. - [Lido mais BioProspector]

O MGuide (versão 2.0). Os laboratórios de Brown terminam o guia a microarraying para o biólogo molecular. - [Lido mais configuração seu próprio arrayer]

Informação, disponibilidades e perícia de contato de centros canadenses do microarray; inclui os laboratórios que fornecem o cDNA ou disposições manchadas oligonucleotide e outros serviços, e os laboratórios que podem analisar RNA com Affymetrix lascam-se. - [Recursos mais canadenses lidos do Microarray]

O server que analisa o microarray e os dados da seqüência do promotor associou com uma resposta a um estímulo específico. Após a análise uma rede reguladora transcriptional potencial é criada. CARRIE igualmente determina que fatores da transcrição eram invol provável - [lido mais CARRIE]

O centro para a base de dados da expressão de gene da biologia da informação (CIBEX) é um repositório público para dados experimentais da expressão de gene. O sistema de base de dados é complacente com o padrão de MIAME. - [Lido mais CIBEX]

O server que tenta identificar todos os motivos relacionou-se aos genes previstos aos elementos reguladores da parte. Altera a amostragem de Gibbs com da polarização de buscas para seqüências conservadas através das espécies múltiplas. - [Lido mais CompareProspector]

O inventor conservado do local obrigatório do fator da transcrição (CONFAC) toma uma lista de nomes humanos e de identificadores do gene como a entrada, e compara-os com seus orthologues do rato para identificar locais obrigatórios conservados do fator da transcrição. Informações adicionais de t - [lido mais CONFAC]

Este Web site contem o software de análise do microarray (Argus e Z-associação), uma base de dados Endothelial da expressão da pilha, e outros recursos relativos à pesquisa vascular do Endothelium. Veja os sumários de PubMed para mais informação. - [Lido mais programas Transcriptional de definição no Endothelium vascular]

Doelan é uma ferramenta projetada monitorar a qualidade da produção do microarray do ADN. - [Lido mais Doelan]

O Profiler da expressão é uma plataforma baseada Web para a análise de dados do microarray desenvolvida no EBI. Este recurso é integrado com a base de dados de ArrayExpress, um repositório público para dados do microarray. - [Lido mais Profiler da expressão]

O analisador dos dados da expressão de gene (GEDA) é uma ferramenta para descobrir a expressão de gene diferencial em um subconjunto dos pacientes. É costurado aos estudos cancro-relacionados do microarray e oferece opções extensivas para o visualização, a classificação e a normalização. - [Lido mais analisador dos dados da expressão de gene]

GenMAPP (Profiler do caminho do MicroArray do gene) é uma ferramenta do visualização dos dados da expressão do microarray, permitindo que os dados sejam vistos nos mapas que representam agrupamentos do gene e caminhos biológicos. - [Lido mais GenMAPP]

Repositório de dados da disposição da expressão e da hibridação de gene; recurso em linha para a recuperação de dados da expressão de gene de alguma organismo ou fonte artificial. - [Lido mais GEO - Omnibus da expressão de gene]

A série da análise de teste padrão da expressão de gene (GEPAS) é uma coleção das ferramentas para a análise dos dados do microarray que incluem o pre-processing dos dados, aglomerando-se, comparação da amostra, mineração de dados baseada sobre VAI termos (FatiGO), e annnotation. Igualmente são incluídas as ferramentas - [lido mais GEPAS]

O descobridor integrado funcional do genoma (GFINDer) toma uma lista de IDs do gene/clone com informação da classificação como a entrada, e permite que o usuário caracterize as classes diferentes do gene na lista usando anotações de vários tipos de diversos diferentes - [lido mais GFINDer]

O léxico automatizado Ontology do gene (OBJETIVO) é uma ferramenta para a análise funcional dos dados do SÁBIO e das experiências do microarray. Os termos do Ontology do gene são usados como a base para a análise estatística. - [Lido mais OBJETIVO]

GoMiner organiza e permite o visualização de grandes jogos dos genes baseados em classificações do Ontology do gene. - [Lido mais GoMiner]

GoSurfer é uma ferramenta para visualizar e comparar jogos do gene traçando os na informação do Ontology do gene (VÁ) sob a forma de uma árvore hierárquica. É útil para investigar os resultados de análises do microarray ou de computações genoma-largas. - [Lido mais GoSurfer]

Software para a análise de imagem do microarray. - [Lido mais GridGrinder]

A KARMA (gerente e Annotator da disposição de Keck) permite-o compara e anota seus próprios microarrays de encontro a outras disposições disponíveis. A comparação das disposições pode ser conseguida dentro da mesma espécie assim como através da espécie (a comparação da disposição é baseada em UniGene Clu - [lido mais KARMAS]

MatchMiner é uma ferramenta para comparar e converter identificadores do gene. Os usuários podem traduzir único ou lista de identificadores de um formulário a outro, ou compare duas lista de identificadores para referências comuns do gene. - [Lido mais MatchMiner]