Deteção Da Característica Da Seqüência

Os ACMES (motor combinando satisfeito avançado para seqüências) são um server que possa ser usado procurarar por repeats curtos (entre 3 e 10 000 bases) através da espécie múltipla. Os usuários podem limitar resultados de uma busca por buscas de keyword. - [lido mais ACMES]

Alinha Elementos Conservados Do Ácido Nucleic; usa o recognition de teste padrão encontrar elementos conservados em um jogo de seqüências do DNA; livre para o uso non-commercial com acordo de licença. - [lido mais AlignACE]

A extração do grupo e a análise das regiões cis-cis-Regulatory (BEARR) fazem exame de uma lista de identificadores do gene (tais como RefSeq e Unigene IDs), de testes padrões do consenso, e (opcionalmente) de uma matriz do peso da posição como a entrada e os retornos uma lista dos fósforos para os testes padrões no bot - [lido mais BEARR]

BioMart é um sistema interativo da integração dos dados que facilita perguntas em grande escala dos dados. Pode ser instalado e usado in-house, ou com uma das origens dos dados de existentes a que é tem sido aplicado já (IE UniProt, Ensembl). - [lido mais BioMart]

Server que varreduras rio acima dos genes no mesmo conjunto da expressão do gene para motifs regulatory da seqüência usando uma estratégia de amostragem de Gibbs. O modelo do fundo de Markov é usado para bases do non-non-motif, melhorando o specificity de posições preditas do motif. - [lido mais BioProspector]

Índice do GC do achado e freqüência do uso do codon para algum organismo que tiver uma seqüência em GenBank. - [lido mais base de dados do uso de Codon]

O server que tenta identificar todos os motifs relacionou-se aos genes preditos aos elementos regulatory da parte. Altera a amostragem de Gibbs com as buscas inclinando para seqüências conservadas através das espécies múltiplas. - [lido mais CompareProspector]

Detecte locais obrigatórios do fator da transcrição em seqüências genomic usando footprinting phylogenetic e perfis obrigatórios experimental-confirmados. - [lido mais Consite]

A NATA (explorador Cis-cis-Regulatory do módulo para o genome humano) é uma ferramenta para identificar e visualizar os módulos cis-cis-regulatory para um jogo dado dos genes que potencial co-são expressados ou co-regulados. Faz exame como a entrada de uma lista de números de ascensão, e os re - [lido mais NATA]

Base de dados dos locais obrigatórios do fator da transcrição criados do curation da literatura e da anotação sistemáticos do genome de pegadas do dNase I para a drosófila. - [lido mais base de dados da pegada do dNase I da drosófila]

Este local fornece diversas ferramentas do software do bioinformatics empacotadas junto para a instalação fácil em computadores de MacOSX. O software inclui ferramentas de NCBI, GRAVA-AS, ClustalW, Staden, T-Café e Primer3. - [lido mais eBioinformatics]

Suite diverso das ferramentas para a análise da seqüência; muitos programas analagous a GCG; ajuda context-sensitive para cada ferramenta. - [lido mais GRAVE]

Eponine é um método probabilistic para detectar locais do começo da transcrição (TSS) na seqüência genomic mammalian, com specificity bom e exatidão posicional excelente. - [lido mais Eponine]

VENTILE (análise da impressão digital de seqüências do nucleotide) seqüências do nucleotide das buscas de encontro à base de dados das CÓPIAS, uma coleção das impressões digitais da proteína usadas atribuir seqüências uncharacterised às famílias conhecidas e daqui infer funções tentative. - [lido mais VENTILADOR]

O primeiro finder de Exon (FirstEF) é um programa terminal da predição do exon 5' e do promoter. Consiste nas funções discriminant diferentes estruturadas como uma árvore da decisão. - [lido mais FirstEF]

Respresentação gráfica da polarização do codon - [lido mais GCUA: Analisador Gráfico Do Uso De Codon]

Esta ferramenta permite que você identifique motifs ou regiões conservadas na proteína ou nas seqüências do DNA. - [lido mais sampler do motif de Gibbs]

O harvester fornece o acesso rápido às bases de dados e aos server bioinformatic públicos para proteínas humanas. Os resultados são retornados como um único HTML page que contenha a saída cached e cross-linked do seguinte databases/servers: Uniprot/SWISSprot, ensEMBL, - [lido mais harvester]

Server extensivo que possui uma escala larga das ferramentas para a descoberta do teste padrão em seqüências do DNA e da proteína as.well.as no texto. As ferramentas para o alinhamento múltiplo da seqüência, a descoberta do gene, a anotação da proteína, e as outras aplicações existem também neste server. Um detalhe - [lido mais IBM Bioinformatics e grupo da descoberta do teste padrão]

IslandPath ajuda à deteção genomic do console em seqeunces prokaryotic do genome, usando características tais como a polarização do dinucleotide, G+C, posição de genes do tRNA, anotações de genes da mobilidade, etc.. Os consoles de Genomic são definidos aqui como regiões genomic do horizonta potencial - [lido mais IslandPath]

IsoFinder é uma ferramenta para a predição dos isochores para uma seqüência user-supplied. - [lido mais IsoFinder]

JASPAR é um non-redundante, curated a coleção de perfis obrigatórios do fator da transcrição. Cada perfil é gerado dos locais obrigatórios publicados, experimental definidos do fator eukaryotic da transcrição. - [lido mais JASPAR]

LowComplexity é uma ferramenta que procurare por regiões baixas da complexidade de seqüências do DNA ou da proteína. Usando LowComplexity você pode procurarar seqüências longas (chromosomes, genomes) ou um jogo de seqüências alinhadas. Este recurso contem também as ligações a outros algoritmos f - [lido mais LowComplexity]

O browser do genome de Ensembl EnsMart (MartView) é uma ferramenta para a mineração da recuperação de dados e dos dados que integra dados de Ensembl. Através da relação do Web MartView permite que você aplique uma série dos filtros para criar as séries de dados feitas sob encomenda que podem ser convertidas a s - [lido mais MartView]

MaskerAid é um realce a RepeatMasker que pode efetuar sobre um aumento 30-fold na velocidade de RepeatMasker ao manter a sensibilidade. - [lido mais MaskerAid]

Busca para locais obrigatórios do fator potencial da transcrição em suas próprias seqüências usando matrizes de TRANSFAC; livre para o uso non-commercial. - [lido mais MatInspector]

Os statistics chain dos usos do server da predição do promoter de Markov (McPromoter) para predizer locais eukaryotic do começo da transcrição do DNA. - [lido mais McPromoter]

O server projetou localizar locais da interação proteína-Protein-DNA no nível baixo do par. Os usos Microplaqueta-põem os dados, a enumeração da palavra e a matriz posição-específica do peso atualizando para procurarar pelos motifs que representam estes locais da interação. - [lido mais MDscan]

Analisa um jogo de seqüências do DNA ou da proteína para similaridades entre elas e produz uma descrição (motif) para cada teste padrão que descobre. - [lido mais MEME]

Cría o modelo escondido de Markov do motif da saída de MEME e procurara a base de dados da seqüência por fósforos a este motif. - [lido mais meta-MEME-MEME]