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Ferramentas e software da bioinformática da reconstrução do Phylogeny em linha.
| CIPRes - http://www.phylo.org/ O Cyberinfrastructure para que os alvos Phylogenetic do projeto da pesquisa (CIPRes) desenvolvam uma infra-estrutura computacional para o systematics. Outros objetivos do projeto incluem o fornecimento de um recurso central permitindo o systematics e instrução e traini computacionais - [lido mais CIPRes] |
| Base de dados do uso do Codon - http://www.kazusa.or.jp/codon/ Índice do GC do achado e freqüência do uso do codon para algum organismo que tiver uma seqüência em GenBank. - [Lido mais base de dados do uso do Codon] |
| Local de Joes - programas do Phylogeny - http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html Lista detalhada de pacotes do phylogeny, compilada por Joe Felsenstein, criador de Phylip. - [Lido mais local de Joes - programas do Phylogeny] |
| MEGA - http://www.megasoftware.net/ MEGA (análise evolucionária molecular da genética) é um pacote de software para a análise phylogenetic com uma interface de utilizador gráfica. Reserva ideia e editar dos dados alinhados da seqüência de entrada e fornece muitas ferramentas para ana phylogenetic e estatística - [MAIS MEGA lidos] |
| Mesquite - http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html O Mesquite é um projeto do software livre projetado tratar os dados comparativos sobre organismos e análises evolucionárias. O Mesquite contem os módulos para a análise phylogenetic, as genéticas de população, e a análise múltipla não-phylogenetic. - [Lido mais Mesquite] |
| Base de dados da taxonomia de NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy Classificação Taxonomic de todos os organismos com seqüências em GenBank. - [Lido mais base de dados da taxonomia de NCBI] |
| NJplot - http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html NJplot é uma ferramenta para visualizar árvores binárias tais como as árvores phylogenetic output dos programas de PHYLIP. Availiable para diversas plataformas que incluem Windows, o MacOS, o linux e os solaris. - [Lido mais NJplot] |
| Serviço de pesquisa de Orthologue - http://dove.embl-heidelberg.de/Blast2e/ SOPRE uma seqüência da proteína a seguir execute a análise phylogenetic automatizada para detectar seqüências orthologous. - [Lido mais serviço de pesquisa de Orthologue] |
| PHYLIP - http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html Jogo detalhado dos programas para análises phylogenetic; disponível para o PC e o Mac; código fonte disponível para a compilação fácil em UNIX. - [Lido mais PHYLIP] |
| PhyloBLAST - http://www.pathogenomics.bc.ca/phyloBLAST/ SOPRE uma seqüência da proteína, a seguir execute a análise phylogenetic automatizada em batidas ou em seqüências transferidas arquivos pela rede; análises PHYLIP-baseadas. - [Lido mais PhyloBLAST] |
| PHYML - http://atgc.lirmm.fr/phyml/ Phyml é um programa que construa árvores phylogenetic dos alinhamentos da seqüência usando o método da probabilidade máxima. - [Lido mais PHYML] |
| Puzzleboot - http://hades.biochem.dal.ca/Rogerlab/Software/software.html#puzzleboot Puzzleboot é um certificado de escudo de UNIX que facilita a análise da tira de bota usando TREE-PUZZLE e PHYLIP. Realça TREE-PUZZLE permitindo que se analise séries de dados múltiplas, e pode ser usado para a análise da tira de bota da proteína e da distância do ADN. - [Lido mais Puzzleboot] |
| Projeto Ribosomal da base de dados - http://rdp.cme.msu.edu/ Base de dados altamente curated de seqüências alinhadas e anotadas do rRNA com acompanhamento de phylogenies; dados disponíveis para transferência. - [Projeto mais ribosomal lido da base de dados] |
| Árvore de vida - http://phylogeny.arizona.edu/ projeto Multi-sido o autor que tenta representar em linha o phylogeny inteiro da vida na terra. - [Lido mais árvore de vida] |
| TREE-PUZZLE - http://www.tree-puzzle.de/ o Árvore-enigma é um programa que construa árvores phylogenetic dos alinhamentos da seqüência usando o método da probabilidade máxima. - [Lido mais TREE-PUZZLE] |
| TreeJuxtaposer - http://olduvai.sourceforge.net/ TreeJuxtaposer é uma ferramenta de software livre que permita uma comparação visual de duas árvores no formato de Newick (phylogenies, taxonomias, árvores do gene, etc.). Pode trabalhar com as árvores que têm até 500.000 nós, e automaticamente calcula e marca as diferenças. - [Lido mais TreeJuxtaposer] |
| TreeView - http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html Gera gráficos agradáveis das árvores; lê formatos de arquivo múltiplos da árvore; disponível para transferência ao Mac ou ao PC. - [Lido mais TreeView] |
| Asa do Phylogeny de UCMP - http://www.ucmp.berkeley.edu/exhibit/phylogeny.html A “Phylogeny-Diversidade da vida com o tempo” é uma exibição em linha no museu da Universidade do Califórnia do Web site da paleontologia. Há uma introdução ao phylogenetics e ao cladistics, e você pode navegar através de uma árvore phylogenetic muito informativa r - [lido mais asa do Phylogeny de UCMP] |
| Evolução compreensiva - http://evolution.berkeley.edu/evosite/evohome.html local fantástico para evolução de ensino/compreensiva - [lido mais evolução compreensiva] |
| Weighbor - http://www.t10.lanl.gov/billb/weighbor/index.html Weighbor é uma ferramenta para construir árvores phylogenetic das matrizes de distância. Emprega uma versão tornada mais pesada do método dejunta em que umas distâncias mais longas na matriz são dadas menos peso. - [Lido mais Weighbor] |
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