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Genomics - Bioinformatics Comparativos

Introdução Comparativa De Genomics

O genomics comparativo é o estudo dos relacionamentos entre os genomes de espécies diferentes ou tensões. O genomics comparativo é uma tentativa de fazer exame da vantagem da informação fornecida pelas assinaturas da seleção para compreender a função e os processos evolucionários que ajam em genomes. Quando for ainda um campo novo, prende a promessa grande de render introspecções em muitos aspectos da evolução da espécie moderna. A quantidade de informação sheer contida nos genomes modernos (diversos gigabytes no exemplo dos seres humanos) necessita que os métodos do genomics comparativo são na maior parte computacionais na natureza. Encontrar do gene é uma aplicação importante do genomics comparativo, como é descoberta de novo, elementos funcionais do non-non-coding do genome.

O genomics comparativo explora similaridades e diferenças nas proteínas, no RNA, e nas regiões regulatory de organismos diferentes para infer como a seleção agiu em cima destes elementos. Aqueles elementos que são responsáveis para similaridades entre espécies diferentes devem ser conservados com o tempo (seleção se estabilizando), quando aqueles elementos responsáveis para diferenças entre espécies deverem ser divergent (seleção positiva). Finalmente, aqueles elementos que são sem importância ao sucesso evolucionário do organismo serão unconserved (a seleção é neutra).

Identificar os mecanismos da evolução eukaryotic do genome pelo genomics comparativo é um dos objetivos importantes do campo. Entretanto é complicado frequentemente pelo multiplicity dos eventos que ocorreram durante todo o history de lineages individuais, saindo traços somente distorcidos e sobrepostos no genome de cada organismo vivo. Para estudos comparativos deste genomics da razão de organismos modelo pequenos (para o fermento do exemplo) seja da importância grande para avançar nossa compreensão de mecanismos gerais da evolução.

Vindo longe de seu uso inicial de encontrar proteínas funcionais, o genomics comparativo está concentrando agora em encontrar regiões regulatory e moléculas do siRNA. Recentemente, descobriu-se que os estiramentos conservados longos da parte distante relacionada da espécie frequentemente do DNA que não parecem codificar para nenhuma proteína. É desconhecido neste tempo que função tais regiões ultra-conservadas servem.

As aproximações computacionais à comparação do genome têm-se transformado recentemente um tópico comum da pesquisa na informática de. O desenvolvimento de matemática computer-assisted (usando produtos tais como Mathematica ou Matlab) ajudou a coordenadores, matemáticos e cientistas de computador começar operar-se neste domínio, e uma coleção pública de estudos e de demonstrações de caso é crescer, variando das comparações inteiras do genome à análise da expressão do gene. Isto aumentou a introdução de idéias diferentes, including conceitos dos sistemas e o controle, a teoria de informação, a análise de cordas e a mineração dos dados. Antecipa-se que as aproximações computacionais se transformarão e se remanescerão um tópico padrão para a pesquisa e o ensino, quando os estudantes fluent em ambos os tópicos começarem ser dados forma nos cursos múltiplos criados no passado poucos anos.

Região Conservada Evolucionária Bioinformatics

As regiões conservadas evolucionárias ECRs também chamado para o short são regiões da seqüência (geralmente DNA) que foi traçado para alinhar com outros genomes e são conservadas.

ECRs dentro dos alinhamentos dos genomes são apresentados neste browser gráfico, que descreve e os cor-códigos ECRs com relação aos genes sabidos que foram anotados no genome baixo. ' agarre característica do ECR ' permite que os usuários extraiam ràpidamente as seqüências que correspondem a todo o ECR, para visualizar alinhamentos subjacentes da seqüência e/ou para identificar locais obrigatórios conservados do fator da transcrição.

O browser do ECR é uma ferramenta dinâmica nova da navegação do inteiro-whole-genome para o visualization e o estudo de relacionamentos evolucionários entre vertebrados e genomes do non-vertebrado. O browser do ECR está sendo atualizado constantemente para incluir os genomes arranjados em seqüência o mais recentemente disponíveis (atualmente: ser humano, cão, rato, rato, galinha, pufferfish da râ dois (Fugu e Tetraodon), zebrafish, e 6 fruitflies). Ovcharenko, M.A. Nobrega, G.G. Loots, e L. Stubbs ECR Browser: uma ferramenta para visualizar e alcançar dados das comparações da pesquisa vertebrate múltipla dos ácidos nucleic dos genomes, 32, W280-W286 (2004)

ECRbase é a base de dados das regiões conservadas evolucionárias (ECRs), dos promoters, e de locais obrigatórios do fator da transcrição nos genomes vertebrate criados usando alinhamentos do browser do ECR

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