Welcome to Molecular Station! Zapraszamy do Molekularnej Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Musisz się zarejestrować zanim będziesz mógł umieścić na naszym forum lub skorzystać z zaawansowanych funkcji. Register Now! Zarejestruj się teraz! Its Free and Fast! Jego Darmowy i Fast!

Already registered? Już zarejestrowany? Login now below. Zaloguj się poniżej.

User Name: Nazwa użytkownika:

Password: Hasło:

Remember Me? Remember Me?

Already registered and Forgot your password? Już zarejestrowany i Zapomniałeś hasła? Click below to recover it. Kliknij poniżej, aby ją odzyskać.

Recover Lost Password Odzyskaj Nie pamiętam hasła

Join now - it's fast and free! Dołącz teraz - szybko i za darmo!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molekularnej Station to największa sieć badaczy, naukowców i miłośników nauki w dowolnym miejscu!

Recent Forum Posts Recent Forum Posts

RNA Protocols RNA Protokoły

RNA Encyclopedia RNA Encyklopedia

RNA Bioinformatics RNA Bioinformatyka

RNA Forum RNA Forum

RNA Blog RNA Blog

RNA News RNA Aktualności

RNA Gels RNA Żele

Copyright 2007 - Molecular Station Copyright 2007 - Molekularnej Station

History of RNA Gel Electrophoresis Historia RNA elektroforeza

RNA Gels have been used for decades to separate out and qualitatively assess the quality of RNA isolated from samples. Żele RNA zostały wykorzystane przez dziesięciolecia wydzielić i jakościowe oceny jakości RNA wyizolowany z próbki. If you are not sure what RNA is checkout: Jeśli nie masz pewności, co jest RNA realizacji:

AUDIO AUDIO Listen to a detailed RNA Explanation ! Słuchaj szczegółowe RNA Wyjaśnienie! and see our RNA encyclopedia article. i zobaczyć nasze RNA encyklopedia artykułu.

RNA Gel Electrophoresis - Background Information Elektroforeza RNA - Informacje

After isolation of RNA samples, the quality of the isolated RNA preparation is usually assessed by electrophoresis on a denaturing agarose gel. Po izolacji RNA próbek, jakości wyizolowanego RNA preparat jest zazwyczaj oceniana przez elektroforezy na żelu agarozowym denaturacji. Although the results are mainly qualitative, you can get some information about the yield of the RNA as well. Chociaż rezultaty są przede wszystkim jakościowe, można uzyskać pewne informacje na temat wydajności, jak również w RNA.

Denaturing gels are used because RNA tends to fold upon itself and form extensive and stable secondary structure via intramolecular base pairing. Denaturacja żele są wykorzystywane, ponieważ skłania do RNA-krotnie po sobie formę i szerokie i stabilne struktury wtórnym za pośrednictwem intramolecular base pairing. This secondary structure of RNA prevents it from migrating mainly according to its size. To wtórne struktury RNA zapobiega migracji głównie w zależności od jego rozmiaru.

Make sure that you include an RNA positive control on the gel, in the case that you get unusual results you can then determine whether the problem was with the gel or was a problem with the RNA you are analyzing. Upewnij się, że zawierają RNA pozytywne kontroli na żel, w przypadku, że można uzyskać niezwykłe wyniki można następnie określić, czy problem został rozwiązany w żelu lub był problem z RNA jest analizowanie. You can also use RNA molecular weight markers, an RNA sample known to be intact, or both, can be used for this purpose. Możesz także użyć RNA masie cząsteczkowej markerów, RNA próbki wiadomo, że są nienaruszone, lub oba mogą być użyte do tego celu.

RNA gels are visualized with ethidium bromide staining as ethidium bromide intercalates between the secondary structure of the RNA molecules and allows RNA to be seen under UV light. RNA żele są wizualizowane w bromku etydyny barwienia w bromku etydyny intercalates między konstrukcji z cząsteczek RNA i RNA pozwala być postrzegana w świetle UV.

RNA is separated out by gel electrophoresis (usually agarose gel electrophoresis). RNA jest oddzielone przez elektroforeza (zazwyczaj elektroforezy na żelu agarozowym). After running an RNA gel you can conduct a northern blot with subsequent transfer to membrane, hybridization with probe, and finally detection. Po prowadzeniu RNA żel można prowadzić Hybrydyzacja northern z późniejszego przekazania do membrany, hybrydyzacja z sondą, w końcu i wykrywania. Or simply (and much quicker), stain for RNA using ethidium bromide or SYBR (or similar dye - better as it is non-toxic and safer). Albo po prostu (i znacznie szybciej), do barwienia RNA przy użyciu bromku etydyny lub SYBR (lub podobnego barwnika - lepiej jak jest nietoksyczny i bezpieczniejsze).

Applications of RNA Gels Wnioski z RNA Żele

As northern blots are much more tedious to complete than RNA gels and real-time PCR, they are not used as much as RNA gels. W północnej blots są znacznie bardziej trudne i mozolne niż do ukończenia RNA żele i PCR w czasie rzeczywistym, nie są one używane, jak żele RNA.

The RNA gel electrophoresis and its variations are used in molecular biology research to: W elektroforeza RNA i jego odmiany są używane w biologii molekularnej do badań:

• detect RNA wykrywania RNA
• assay for quality of RNA isolated do oznaczania jakości wyizolowanego RNA
• allow for general determination of RNA quantity or yield pozwala na ogólne określenie ilości RNA lub plon
• assay for RNA degradation w teście degradacji RNA

Disadvantages of RNA Gels Wady RNA Żele

The disadvantages of using RNA gel electrophoresis includes: Niedogodności wykorzystania elektroforeza RNA zawiera:

• RNA gels are not very quantitative. RNA żele nie są bardzo ilościowych. You cannot determine precisely the RNA yield or amount even with standards. Nie można precyzyjnie ustalić wysokość plonów lub RNA, nawet z normami. Radioactive methods such as northern blotting or dot blots are much more accurate. Metody takie jak promieniotwórcze północnej blotting lub kropka blots są znacznie bardziej dokładne.
• Often ethidium bromide is used to detect the RNA. Często Bromek etydyny jest używany do wykrywania RNA. Ethidium bromide is a biohazard as it is mutagenic and toxic. Bromek etydyny jest biohazard jak to mutagenne i toksyczne.
• RNA gels allow for a quick determination of RNA yield however are not as fast as UV spectrophotometry or other methods. RNA żele pozwalają na szybkie określenie RNA plon jednak nie tak szybko jak Spektrofotometria UV lub innych metod.

Advantages of RNA Gels Zalety RNA Żele

The advantages of RNA Gels include: Korzyści płynące z RNA Żele obejmują:

• It is a widely accepted method Jest to powszechnie akceptowane metody
• RNA gels are very quick and easy to perform RNA żele są bardzo szybkie i łatwe do wykonania
• You can assay for RNA quality within 1-2 hours Można do oznaczania RNA jakości w ciągu 1-2 godzin
• If you use SYBR or another non-toxic stain (ie you do not use Ethidium Bromide), RNA Gels are quite safe. Jeśli używasz SYBR lub innego nietoksycznego plam (tzn. nie używasz Bromek etydyny), RNA Żele są bardzo bezpieczne.

RNA Gel Protocol RNA Gel Protokół

To verify the integrity of your RNA you should do a " Northern blot " analysis. Aby sprawdzić integralność swojego RNA należy zrobić "Hybrydyzacja northern" analizy. In order to accomplish this you must run a denaturing gel. W tym celu należy uruchomić denaturacji żel.

For Mini-gels to Midi-gels of RNA use: Make 50 mL-100mL Do Mini-żele żele do Midi-RNA użycia: 50 ml Make-100ml

For Mega-gels Make 400 mL. Dla Mega-żele Marka 400 ml.

For 100mL Gel (most commonly run) you need to add 1g of agarose to make 1% agarose solution. Do 100 ml żel (najczęściej uruchamiane) musimy dodać 1g z agarozy do 1% roztwór agarozy.

Running Buffer Recipe for RNA Gels Kolejny buforowych Recepta na RNA Żele

RNA Denaturing Reagents Denaturacja RNA Odczynniki

To prepare 400ul of RNA denaturing reagent: Aby przygotować 400ul denaturacji RNA odczynnika:

Add the following: Dodaj następujący:

• 80% Foramide-deionized 300ul 80% Foramide-zdejonizowanej 300ul
• 3.7 % formaldehyde 40 ul 3,7% formaldehydu 40 ul
• 1X 50X E buffer 8 ul 1X E 50x bufor 8 ul
• dH2O = 400ul 52ul dH2O = 400ul 52ul

50 XE buffer per liter 50 XE bufor za litr

Add: Dodaj:

• 0.9 M Na2 HPO4 Dibasic 127.8 g 0,9 M Na2 HPO4 Dibasic 127,8 g
• 0.1M NaH2PO4 Monobasic 13.8 g 0.1M NaH2PO4 Monobasic 13,8 g

Protocol: Steps in Preparing an RNA Gel Protokół: Kroki w przygotowaniu RNA Gel

1. put agarose in solutions. umieścić agarozy w rozwiązań.
2. Heat prepared solution in tissue-plugged flask Ciepło przygotowany roztwór w kolbie tkankowej podłączony
3. Let cool to 60°C Niech schłodzić do 60 ° C
4. Add Formaldehyde to equal 0.66M 2.7 ml 4.0 5.3 21.2 Formaldehyd Dodaj do równego 0.66M 2,7 ml 4,0 5,3 21,2
5. (Add Ethidium Bromide if you are using it to flask) (Dodaj Bromek etydyny, jeśli używasz go do kolby)
6. Pour gel (in hood if possible). Pour żelu (w kaptur jeśli to możliwe).
7. Heat 2 ug of RNA at 75°C for 10 min., then quick cool. Heat 2 ug RNA przy 75 ° C przez 10 min., A następnie szybko schłodzić. (this will allow RNA to denature and stay single-stranded). (pozwoli to RNA do denaturacji i pobyt jedno-stranded).
8. Add: 2.5 vol of RNA denaturing reagent Dodaj: 2,5 obj denaturacji RNA odczynnika
9. Add 1/10 vol. Dodaj 1 / 10 obj. of loading dye to samples. załadunku do barwienia próbek.
10. Load samples onto agarose gel wells. Ładowanie próbek na żelu agarozowym studni.
11. Run Gel (usually 100V volts) for 30minutes-2 hours. Uruchom Gel (zwykle 100V V)-2 godziny 30 minuty. (Check RNA running using dye markers) (Indeks RNA uruchomiony za pomocą barwnika markery)

Tips for RNA Gels Porady dla RNA Żele

Always run an agarose gel of your RNA to assess the quality. Zawsze uruchomić żelu agarozowym swojego RNA do oceny jakości. Do not only rely only UV spectrophotometry results. Nie tylko polegać tylko wyniki Spektrofotometria UV.

* Use DEPC treated water and baked glassware for all the steps. * Używaj DEPC traktowane wody i szkła pieczone na wszystkich etapach. The buffers must be Rnase free or use Milipore purified water if you are in a rush. W bufory muszą być wolne Rnase lub wykorzystanie Milipore woda oczyszczona, jeśli się spieszysz. Rnase is everywhere! Rnase jest wszędzie! Wear gloves, use only baked glassware, or virgin plastic. Założyć rękawice, należy użyć tylko pieczone szkła, tworzywa sztucznego lub z pierwszego tłoczenia. DePC treat your water, buffers (except Tris). DePC leczeniu woda, bufory (z wyjątkiem Tris). Be very careful. Trzeba być bardzo ostrożnym.

Troubleshooting RNA Gels Rozwiązywanie problemów RNA Żele

If you currently have a preferred method for running RNA, continue to use it. Jeśli mają obecnie preferowaną metodą na prowadzenie RNA, nadal z niego korzystać.

Discuss and post problems or questions about RNA Gels in the RNA Protocols Forum . Dyskutuj i po problemy lub pytania dotyczące RNA Żele w RNA protokoły forum.

RNA Gel References RNA Gel Referencje