Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatyka, protokoły, DNA, RNA Białko Proteomika

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Strona główna Biologia protokoły bioinformatycznych narzędzi Biologia Forum Biologii Molekularnej Encyklopedia Biologii Molekularnej Obrazy Bookmark Us!

home > protein > bioinformatics > subcellularlocalization > index.php Strona główna> białka> bioinformatyka> subcellularlocalization> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Biologii Molekularnej Strona główna Wiadomości Nauka Nauka filmy DNA, RNA Białko Proteomika Badania BETA! Bioinformatics Lab Equipment Techniki Biologii Molekularnej Biologii Molekularnej produkty i usługi związane Biologia Linki

Molecular Biology Blog Biologii Molekularnej Blog

Send this page to a friend Wyślij tę stronę znajomemu

Intracellular Stations Stacje wewnątrzkomórkowa

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Przeciwciało Botanika Wspólnej Zderzaki Zderzaki Alfabetyczna Księgarnia Biologii Komórki i Kultury elektroforeza Histologii Microarrays Immunologia Spektrometrii Mas Mikrobiologii obrazowanie molekularne Peptide Proteomika Protein Microarray Chips PCR, Real-Time PCR RNAi i SiRNA Stem Cell Biology Transfekcja Western Blot

Protein Protocols Protein Protocols

Protein Encyclopedia Białko Encyklopedia

Protein Bioinformatics Protein Bioinformatics

Protein Science Forum Protein Science Forum

Protein Blog Białko Blog

DNA News DNA Aktualności

Protein Subcellular Localization Białko Subcellular Lokalizacja

Protein localization is important as protein function may be localized to specific areas inside the cell or within cellular organelles. Białko lokalizacja jest bardzo ważna jak funkcja białka mogą być zlokalizowane na określonych obszarach wewnątrz komórek lub organelli komórkowych wewnątrz. These bioinformatic programs and databases contain information and are able to predict where a protein may be localized based on signal sequences or localization sequences contained within the protein. Te programy bioinformatycznych i baz danych zawiera informacje i są w stanie przewidzieć, gdzie białka mogą być zlokalizowane w oparciu o sygnał sekwencje lub sekwencje lokalizacja zawartych w białko. Also see our Link Directory - category Protein Subcellular Localization Bioinformatic Tools Zobacz również nasz link Directory - kategoria białka Subcellular Lokalizacja bioinformatycznych narzędzi

Interesting protein localization papers: Predicting protein subcellular localization: past, present, and future. Ciekawe białka lokalizacja kart: Przewidywanie białka subcellular localization: przeszłości, teraźniejszości i przyszłości.

Protein Subcellular Localization Databases and Subcellular Prediction for: Białko Subcellular Lokalizacja bazy danych i Subcellular Prognoza na:

Eukaryotes Eukaryotes

Mouse (Mus Muscularis) Mysz (Mus Muscularis)

Plants (Arabidopsis) Rośliny (Arabidopsis)

Bacteria (Prokaryotes - Gram positive and Negative) Bakterie (prokariotach - Gram dodatnich i ujemnych)

Also see our Link Directory - category Protein Subcellular Localization Zobacz również nasz link Directory - kategoria białka Subcellular Lokalizacja

General Eukaryotic Protein Subcellular localization Databases: Białko ogólne eukariotycznych Subcellular localization Bazy danych:

DBSubLoc - Database of Protein Subcellular Localization DBSubLoc - Baza białka Subcellular Lokalizacja

ESLPred (Bhasin and Raghava, 2004) uses Support Vector Machine and PSI-BLAST to assign eukaryotic proteins to the nucleus, mitochondrion, cytoplasm, or extracellular space. ESLPred (Bhasin i Raghava, 2004) wykorzystuje Support Vector Machine i PSI-BLAST, aby przypisać eukariotycznych białek do jądra, mitochondrion, cytoplazmy, lub zewnątrzkomórkowej przestrzeń.

LOCHom database of subcellular localization predictions based on sequence homology.  Currently Predicts Subcellular Localization of proteins from the following database: SWISS-PROT proteins, Arabidopsis thaliana (plant), Caenorhabditis elegans (worm), Drosophila melanogaster (fly), Mus musculus (mouse), and Homosapiens (human) subcellular protein localization databases. LOCHom baza subcellular localization prognozy oparte na sekwencji homology. Obecnie Predicts Subcellular Lokalizacja białka z następujących baz danych: SWISS-PROT białek, Arabidopsis thaliana (roślinnych), Caenorhabditis elegans (robak), Drosophila melanogaster (fly), Mus musculus (mysz) I Homosapiens (człowieka) białko subcellular localization baz danych.

HSLpred (Bhasin et al, 2005) is a localization prediction tool for human proteins which utilizes support vector machine and PSI-BLAST to generate predictions for 4 localization sites. HSLpred (Bhasin et al, 2005) jest lokalizacja narzędzie do przewidywania ludzkich białek, która wykorzystuje wsparcie wektora maszyny i PSI-BLAST do generowania prognoz dla 4 lokalizacji witryny.

LOCSVMPSI (Xie et al, 2005, NAR in press) is a eukaryotic localization prediction method that incorporates evolutionary information into its predictions. LOCSVMPSI (Xie i wsp., 2005, Nar w prasie) jest eukariotycznych lokalizacja metody przewidywania, że zawiera informacje na jego ewolucyjny prognoz. The method uses PSI-BLAST and support vector machine to generate predictions for up to 12 localization sites. Metoda używa PSI-BLAST i wsparcie wektora maszyna do generowania prognoz do 12 lokalizacja witryn.

LOC3d database of predicted subcellular localization for eukaryotic PDB chains. LOC3d baza przewidywane subcellular localization eukariotycznych WPB na łańcuchach. Subcellular localization is currently predicted using four different methods: predictNLS (nuclear localization signal), LOChom ( using homology ), LOCkey (using keywords) and LOC3d (neural network based prediction). Subcellular localization jest obecnie przewidywane za pomocą czterech różnych metod: predictNLS (sygnał lokalizacji jądrowej), LOChom (za pomocą homology), lockey (za pomocą słów kluczowych) i LOC3d (sieć neuronowa oparta przewidywania). The reported localization is based on the method which predicts localization of a given protein with the highest confidence. Przedstawione lokalizacja jest w oparciu o metodę, która przewiduje lokalizację danego białka o najwyższej wiarygodności.

LOCtree (Nair and Rost, 2005). LOCtree (Nair i Rost, 2005). LOCtree is a eukaryotic and prokaryotic localization prediction tool available at the CUBIC site. LOCtree jest eukariotycznych i prokariotycznych lokalizacja przewidywania narzędzie dostępne na stronie CUBIC. Databases of localization predictions made by CUBIC's servers are also available and are described below. Bazy danych z lokalizacją prognoz dokonanych przez CUBIC serwerach są także dostępne i są opisane poniżej.

NucPred (Heddad et al, 2004) uses the presence of nuclear localization signals identified through a genetic programming algorithm as the basis of its classification method. NucPred (Heddad et al, 2004) korzysta z obecności sygnałów jądrowych lokalizacja zidentyfikowane za pomocą algorytmu genetycznego programowania w oparciu o jego metodę klasyfikacji.

Predotar is designed to predict the presence of mitochondrial and plastid targeting peptides in plant sequences. Predotar jest zaprojektowane do przewidzenia obecności mitochondrialnego Plastyd kierowania i roślin w sekwencji peptydów.

predictNLS (Cokol et al, 2000) uses nuclear localization signal motifs to predict whether a protein might be localized to the nucleus predictNLS (Cokol et al, 2000) wykorzystuje motywy sygnał lokalizacji jądrowej do przewidzenia, czy białka mogą być zlokalizowane na jądro

PSLT (Scott et al, 2004) is a Bayesian network-based method that predicts human protein localization based on motif/domain co-occurence. PSLT (Scott i wsp., 2004) jest oparty na sieci Bayesa metoda przewiduje, że ludzkie białko lokalizacja w oparciu o motyw / domeny współpracy occurence. The tool is not yet available online, however its predictions for 9793 human proteins in SWISS-PROT are available for download from the PSLT site. Narzędzie nie jest jeszcze dostępny online, jednak jego prognozy na 9793 ludzi białek w SWISS-PROT są dostępne do pobrania z witryny PSLT.

pSLIP (Sarda et al, 2005) uses support vector machine and multiple physiochemical properties of amino acids to assign a eukaryotic protein to one of six localization sites. pSLIP (Sarda et al, 2005) wykorzystuje wsparcie wektora maszyny i wiele właściwości fizykochemicznych aminokwasów do białek eukariotycznych przypisać do jednego z sześciu lokalizacji witryny.

Proteome Analyst's Subcellular Localization Server (Lu et al, 2004) This specialized server available at the PENCE Proteome Analyst site is able to classify Gram-negative, Gram-positive, fungi, plant and animal proteins to many localization sites. Proteome Analyst's Subcellular Lokalizacja Server (Lu i wsp., 2004) to specjalistyczne serwerze dostępne na stronie Pence Proteome analityków jest w stanie zaklasyfikować bakterie Gram-ujemne, Gram-dodatnie, grzyby, białka roślinnego i zwierzęcego do wielu lokalizacji witryny. A database of predictions is also available and is described below. A baza prognoz jest również dostępna i jest opisany poniżej.

pTARGET (Guda and Subramaniam, 2005) uses amino acid composition and localization-specific Pfam domains to assign a eukaryotic protein to one of nine localization sites. pTARGET (Guda i Subramaniam, 2005) wykorzystuje skład aminokwasowy i lokalizacja specyficznych domen Pfam przypisać eukariotycznego białka do jednej z dziewięciu lokalizacji witryny.

Protein Prowler (Boden and Hawkins, 2005) classifies eukaryotic targeting signals as secretory, mitochondrion, chloroplast or other. Białko Prowler (Boden i Hawkins, 2005) klasyfikuje eukariotycznych kierowania sygnałów w secretory, mitochondrion, ani chloroplastu.

PSORTII PSORTII

SecretomeP (Bendtsen et al, 2004) predicts eukaryotic proteins which are secreted via a non-traditional secretory mechanism. SecretomeP (Bendtsen et al, 2004) przewiduje eukariotycznych białek, które są wydzielany przez nietradycyjnych secretory mechanizm.

SignalP (Bendtsen et al, 2004) predicts traditional N-terminal signal peptides in both prokaryotic and eukaryotic proteins. SignalP (Bendtsen et al, 2004) przewiduje tradycyjne N-terminal sygnał peptydów w obu prokariotycznych i eukariotycznych białek.

SubLoc (Hua and Sun, 2001) uses Support Vector Machine to assign a prokaryotic protein to the cytoplasmic, periplasmic, or extracellular sites, and a eukaryotic protein to the cytoplasmic, mitochondrial, nuclear, or extracellular sites. SubLoc (Hua i Sun, 2001) wykorzystuje Support Vector Machine przypisać prokariotycznych białka do cytoplasmic, periplasmic lub zewnątrzkomórkowej witryn i eukariotycznego białka do cytoplasmic, mitochondrialnego, jądrowej, lub zewnątrzkomórkowej witryn. A modified version of SubLoc was used in PSORT-B v.1.1 to differentiate cytoplasmic and non-cytoplasmic proteins. Zmodyfikowaną wersję SubLoc został wykorzystany w PSORT-B V.1.1 celu odróżnienia cytoplasmic i non-cytoplasmic białek.

TargetP (Emanuelsson et al, 2000) predicts the presence of signal peptides, chloroplast transit peptides, and mitochondrial targeting peptides for plant proteins, and the presence of signal peptides and mitochondrial targeting peptides for eukaryotic proteins. TargetP (Emanuelsson et al, 2000) przewiduje obecność sygnału peptydy, tranzytowego chloroplastu peptydy i mitochondrialnego do kierowania peptydy białka roślinnego, oraz obecności sygnału peptydy i mitochondrialnego do kierowania peptydy białek eukariotycznych.

Mouse Protein Subcellular localization Databases: Mysz białka Subcellular localization Bazy danych:

LOCATE is a curated database that houses data describing the membrane organization and subcellular localization of proteins from the RIKEN FANTOM3 mouse protein sequence set. Zlokalizuj jest kuratorem, że baza danych opisujących domy membrany organizacji i subcellular localization białek z RIKEN FANTOM3 myszy zestaw sekwencji białkowych. The membrane organization is predicted by the high-throughput, computational pipeline MemO. Membranę organizacja jest przewidywane przez wysokiej przepustowości, obliczeniowych rurociągu Memo. The subcellular locations were determined by a high-throughput, immunofluorescence-based assay and by manually reviewing peer-reviewed publications. The subcellular lokalizacje zostały ustalone przez wysokiej przepustowości, opartych na teście immunofluorescencji i ręcznie przeglądu recenzowanych publikacji.

Protein Subcellular Localization Databases for Plants (and Arabidopsis): Białko Subcellular Lokalizacja bazy danych dla Roślin (Arabidopsis):

LOCHom database of subcellular localization predictions based on sequence homology.  Currently Predicts Subcellular Localization of proteins from the following Arabidopsis thaliana (plant). LOCHom baza subcellular localization prognozy oparte na sekwencji homology. Obecnie Predicts Subcellular Lokalizacja białka z następujących Arabidopsis thaliana (roślin).

PSORT plant sequence protein subcellular localization database for plants. PSORT sekwencji białka roślinnego subcellular localization bazy danych dla roślin.

Arabidopsis SubCellular Proteomic Database (SUBA) Arabidopsis SubCellular Proteomic Database (SUBA)

The Plant Specific Database Search by Gene Family Roślin specjalną bazę danych wg Gene Rodzina

Prokaryotic Protein Subcellular Localization Databases for Bacteria: Prokariotycznych białka Subcellular Lokalizacja bazy danych dla Bakterie:

PSORT PSLpred (Bhasin et al, 2005) is a localization prediction tool for Gram-negative bacteria which utilizes support vector machine and PSI-BLAST to generate predictions for 5 localization sites. PSORT PSLpred (Bhasin et al, 2005) jest narzędziem do przewidywania lokalizacja bakterie Gram-ujemne bakterie, które wykorzystuje wsparcie wektora maszyny i PSI-BLAST do generowania prognoz na 5 miejsc lokalizacji.

LOCtree (Nair and Rost, 2005). LOCtree (Nair i Rost, 2005). LOCtree is a eukaryotic and prokaryotic localization prediction tool available at the CUBIC site. LOCtree jest eukariotycznych i prokariotycznych lokalizacja przewidywania narzędzie dostępne na stronie CUBIC. Databases of localization predictions made by CUBIC's servers are also available and are described below. Bazy danych z lokalizacją prognoz dokonanych przez CUBIC serwerach są także dostępne i są opisane poniżej.

CELLO (Yu et al, 2004) uses Support Vector Machine based on n-peptide composition to assign a Gram-negative protein to the cytoplasm, inner membrane, periplasm, outer membrane or extracellular space. WIOLONCZELĘ (Yu i wsp., 2004) wykorzystuje Support Vector Machine opiera się na n-peptydu skład przypisać bakterie Gram-ujemne białka w cytoplazmie, wewnętrzna membrana, periplasm, zewnętrzna z membraną lub zewnątrzkomórkowej przestrzeń.

SubLoc (Hua and Sun, 2001) uses Support Vector Machine to assign a prokaryotic protein to the cytoplasmic, periplasmic, or extracellular sites, and a eukaryotic protein to the cytoplasmic, mitochondrial, nuclear, or extracellular sites. SubLoc (Hua i Sun, 2001) wykorzystuje Support Vector Machine przypisać prokariotycznych białka do cytoplasmic, periplasmic lub zewnątrzkomórkowej witryn i eukariotycznego białka do cytoplasmic, mitochondrialnego, jądrowej, lub zewnątrzkomórkowej witryn. A modified version of SubLoc was used in PSORT-B v.1.1 to differentiate cytoplasmic and non-cytoplasmic proteins. Zmodyfikowaną wersję SubLoc został wykorzystany w PSORT-B V.1.1 celu odróżnienia cytoplasmic i non-cytoplasmic białek.

SignalP (Bendtsen et al, 2004) predicts traditional N-terminal signal peptides in both prokaryotic and eukaryotic proteins. SignalP (Bendtsen et al, 2004) przewiduje tradycyjne N-terminal sygnał peptydów w obu prokariotycznych i eukariotycznych białek.