Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatyka, protokoły, DNA, RNA Białko Proteomika

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Strona główna Biologia protokoły bioinformatycznych narzędzi Biologia Forum Biologii Molekularnej Encyklopedia Biologii Molekularnej Obrazy Bookmark Us!

home > protein > bioinformatics > protein-motifs > index.php Strona główna> białka> bioinformatyka> białka motywy> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Biologii Molekularnej Strona główna Wiadomości Nauka Nauka filmy DNA, RNA Białko Proteomika Badania BETA! Bioinformatics Lab Equipment Techniki Biologii Molekularnej Biologii Molekularnej produkty i usługi związane Biologia Linki

Molecular Biology Blog Biologii Molekularnej Blog

Send this page to a friend Wyślij tę stronę znajomemu

Intracellular Stations Stacje wewnątrzkomórkowa

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Przeciwciało Botanika Wspólnej Zderzaki Zderzaki Alfabetyczna Księgarnia Biologii Komórki i Kultury elektroforeza Histologii Microarrays Immunologia Spektrometrii Mas Mikrobiologii obrazowanie molekularne Peptide Proteomika Protein Microarray Chips PCR, Real-Time PCR RNAi i SiRNA Stem Cell Biology Transfekcja Western Blot

Protein Protocols Protein Protocols

Protein Encyclopedia Białko Encyklopedia

Protein Bioinformatics Protein Bioinformatics

Protein Science Forum Protein Science Forum

Protein Blog Białko Blog

DNA News DNA Aktualności

Protein Motif and Protein Domain Prediction Motyw białka i białka domeny Prediction

Also See Our Link Database of Protein Motif Bioinformatic Tools Zobacz także naszej bazy danych białka bioinformatycznych narzędzi Motif

Protein motifs and domains are important as they provide clues as to posible functions of the protein, and possible interactions of the protein. Białko motywy i domen są ważne, ponieważ wskazówki co do posible funkcji białka i możliwe interakcje z białka. If the protein for example has a domain for DNA binding, you would predict that that protein may act by binding to DNA sequences. Jeśli na przykład białka ma domeny wiążącej DNA, można byłoby przewidzieć, że może działać przez białka wiążące się do sekwencji DNA.

A note on protein motif and protein domain database searches: Most proteins are modular with several domains.  If your protein or unknown proteni is most similar to a protein kinase, this does not necessarily mean that it is a kinase - it is possible the two proteins share several other domains (ie. several SH3 domains). Uwaga na białko motywem i białka domeny bazy danych wyszukiwań: Większość białek są modułowe z wielu dziedzin. Jeśli białka lub nieznane proteni jest najbardziej podobna do białka kinazy, niekoniecznie musi to oznaczać, że jest to kinazy - możliwe jest dwóch białek akcji kilka innych domen (np. SH3 kilka domen).

See Our Link Database of Protein Motif Bioinformatic Tools Zobacz naszej bazy danych białka bioinformatycznych narzędzi Motif

Protein Motif Databases: Białko Motif Bazy danych:

CDD The Conserved Domain Database. CDD zachowane w bazie danych domeny. Proteins often contain several modules or domains, each with a distinct evolutionary origin and function. Białka często zawiera kilka modułów lub domen, z których każda posiada odrębny ewolucyjne pochodzenie i funkcja. NCBI's Conserved Domain Database is a collection of multiple sequence alignments for ancient domains and full-length proteins. NCBI zachowane w domenie Baza danych jest zbiorem wielu sekwencji regulacji dla starożytnych domen i pełnej długości białka. The CD-Search service may be used to identify the conserved domains present in a protein query sequence. CD-Serwis może być używany do identyfikacji domen zachowane obecne w sekwencji białka zapytanie.

CDD Keyword Search Search the Conserved Domain Database by Keyword at Entrez Pubmed. CDD słów kluczowych Szukaj w bazie danych domeny zachowane przez słowa kluczowe w Entrez Pubmed.

CDART: Conserved Domain Architecture Retrieval Tool CDART: zachowane domeny Architektura Retrieval Tool

InterPro InterPro is a database of protein families, domains and functional sites in which identifiable features found in known proteins can be applied to unknown protein sequences. InterPro InterPro jest w bazie białka rodzin, domen i funkcjonalnych witryn, w których rozpoznawalne cechy znaleźć w znanych białek mogą być stosowane do nieznanej sekwencji białkowych.

PROSite PROSITE is a database of protein families and domains. PROSite PROSITE jest w bazie białka rodzin i domen. It consists of biologically significant sites, patterns and profiles that help to reliably identify to which known protein family (if any) a new sequence belongs. Składa się z biologicznie znaczących miejsc, wzorców i profili, które pomagają w celu rzetelnego rozpoznania, do których wiadomo, białka rodziny (jeśli występują) nową sekwencję należy.

Pfam Pfam is a large collection of multiple sequence alignments and hidden Markov models covering many common protein domains. Pfam Pfam jest duży zbiór wielu sekwencji regulacji i ukrytych modeli Markowa obejmujących wiele dziedzin białka. Pfam version 7.7b (October 2002) contains alignments and models for 4832 protein families, based on the Swissprot 40 and SP-TrEMBL Pfam wersji 7.7b (październik 2002) zawiera regulacji dla modeli 4832 oraz białka rodziny, opartej na Swissprot 40 i SP-TrEMBL

ProDom Protein Domain Database ProDom Domena białka Database

PairsDB The Automatic Domain Decomposition Algorithm (ADDA) is used to generate a database of protein domain families with complete coverage of all protein sequences. PairsDB automatyczne Domain Decomposition Algorytm (ADDA) jest używany do generowania bazy danych białka domeny z rodzin pełnych wszystkich sekwencji białkowych. Sequences are split into domains and domains are grouped into protein domain families in a completely automated process. Sekwencje są podzielone na domeny i domen są pogrupowane w domenie białka rodzin w pełni zautomatyzowany proces. The current database contains domains for more than 1.5 million sequences in more than 40 000 domain families. Obecnie baza danych zawiera więcej niż domen do 1,5 milionów w sekwencji ponad 40 000 domen rodzin. In particular, there are 3828 novel domain families that do not overlap with the curated domain databases Pfam, SCOP and InterPro. W szczególności, nie są nowe domeny, 3828 rodzin, które nie pokrywają się z kuratorem domeny Pfam baz danych, SCOP i InterPro. Data isfreely available for downloading and querying via a web interface. Dane isfreely dostępne do pobrania i zapytań za pośrednictwem interfejsu sieciowego. See also: Zobacz także:
PairsDB Domain Families Search Rodziny PairsDB Domain Search
PairsDB Domain Families Browse PairsDB domeny Rodziny Ludzie

PRINTS PRINTS is a compendium of protein fingerprints. GRAFIKA GRAFIKA stanowi kompendium białka odciski palców. A fingerprint is a group of conserved motifs used to characterise a protein family; its diagnostic power is refined by iterative scanning of a SWISS-PROT/TrEMBL composite. A odcisków palców jest grupa zachowane motywy wykorzystane do scharakteryzowania białka rodziny, jego moc jest diagnostycznych rafinowane przez iteracyjny skanowania z SWISS-PROT/TrEMBL kompozytowych. Usually the motifs do not overlap, but are separated along a sequence, though they may be contiguous in 3D-space. Zwykle motywy nie pokrywają się, lecz są rozdzielane wzdłuż sekwencji, choć mogą one być ciągły w przestrzeni 3D. Fingerprints can encode protein folds and functionalities more flexibly and powerfully than can single motifs, full diagnostic potency deriving from the mutual context provided by motif neighbours. Odciski palców mogą kodować białka folds funkcjonalności i bardziej elastycznego i silniej niż pojedyncze motywy może, pełnej diagnostyki siły wynikające z wzajemnego kontekście przedstawionych przez motywem sąsiadów.

HITS Motif Scan Hits is a free database devoted to protein domains. HITS Motif Scan Hits jest bezpłatne bazy danych poświęcone białka domen. It is also a collection of tools for the investigation of the relationships between protein sequences and motifs described on them. Jest to także zbiór narzędzi do badania zależności między sekwencji białka i motywy opisane w nich. These motifs are defined by an heterogeneous collection of predictors, which currently includes regular expressions, generalized profiles and hidden Markov models Te motywy są zdefiniowane przez heterogeniczny zbiór prognozę, która obecnie obejmuje wyrażeń regularnych, ogólnych profili i ukrytych modeli Markowa

SMART Simple Modular Architecture Research Tool.  Goal: to allow automatic identification and annotation of domains in user-supplied protein sequences. SMART Modular Architektura prostego narzędzia badawcze. Bramki: w celu umożliwienia automatycznej identyfikacji i adnotacji domen użytkownika dostarczone w sekwencji białka.

PROClass The ProClass database is a non-redundant protein database organized according to family relationships as defined collectively by ProSite patterns and PIR superfamilies. PROClass W ProClass baza danych jest nie-zbędne białka bazy danych zorganizowane według relacji rodziny, jak określono wspólnie przez ProSite wzorców i PIR superfamilies. The ProClass database can facilitate protein family information retrieval, unveil domain and family relationships, and classify multi-domained proteins, by combining global and motif similarities into a single family organization scheme. W ProClass baza danych może ułatwić wyszukiwanie informacji białka rodziny, poznać domeny i stosunków rodzinnych, klasyfikowanie i wielo-domained białek, łącząc globalne i motyw podobieństwa do jednego systemu organizacji rodziny.

ExPASY SWISS PROT Searchable index Molecular Biology Server of the University of Geneva: contains searchable index of SWISS-PROT. ExPASY SWISS PROT Wyszukiwanie indeksu Server Biologii Molekularnej na Uniwersytecie Genewa: zawiera wyszukać indeksu Swiss-Prot.

ExPASY PROSITE PROSITE is a database of protein families and domains. ExPASY PROSITE PROSITE jest w bazie białka rodzin i domen. It consists of biologically significant sites, patterns and profiles that help to reliably identify to which known protein family (if any) a new sequence belongs. Składa się z biologicznie znaczących miejsc, wzorców i profili, które pomagają w celu rzetelnego rozpoznania, do których wiadomo, białka rodziny (jeśli występują) nową sekwencję należy.

SYSTERS Protein Family Database by Motifs SYSTERS białka Rodzina bazy danych przez Motywy

TIGRFAM Database are protein families based on Hidden Markov Models or HMMs. TIGRFAM bazy danych są białka rodzin w oparciu o ukryte modele Markowa lub HMMs.

eMotif Search The eMOTIFS are derived from the multiple sequence alignments in the BLOCKS+ database. eMotif Search eMOTIFS pochodzą z wielu regulacji w sekwencji bloków + baza danych.

MOTIF : Can search multiple databases including: PROSITE Pattern, PROSITE Profile, BLOCKS, ProDom, PRINTS, Pfam, Pfam_fs for fragments, and a user-defined profile library. MOTIF: Czy wyszukiwanie wielu baz danych, w tym: PROSITE Pattern, PROSITE Profil, bloki, ProDom, GRAFIKA, Pfam, Pfam_fs na fragmenty, a także zdefiniowanych przez użytkownika profilu biblioteki.

HMM Search - Motif Search of a Protein Sequence using the Pfam-A Database of Protein Domains - Sanger Centre (UK). Hmm Szukaj - Motif Szukaj w sekwencji białka za pomocą Pfam-A Database białka Domeny - Centrum Sanger (Wielka Brytania).

HMM Search - Motif Search of a Protein Sequence using the Pfam-A Database of Protein Domains - WUSTL (US). Hmm Szukaj - Motif Szukaj w sekwencji białka za pomocą Pfam-A Database białka Domeny - WUSTL (USA).

MAST - Motif Alignment and Search Tool - Pasteur Inst (France). MAST - Motif ustawianie i narzędzia wyszukiwania - Instytut Pasteura (Francja).

MEME - Multiple EM for Motif Elicitation - Pasteur Institute (France). Meme - Multiple EM dla Motif Elicitation - Instytut Pasteura (Francja).

MOTIF - Pattern Search Service - Iowa State U (US) . MOTIF - Pattern Szukaj Service - Iowa State U (USA).

PatternFind - Sequence Pattern Search- Pattern Search of several databases including: Swiss-Prot, TrEMBL, Swiss-Prot splice variants, trEST, trGEN, PatternFind - Sequence-Pattern Pattern Szukaj Szukaj kilku baz danych, w tym: Swiss-Prot, TrEMBL, Swiss-Prot zaplata warianty, trEST, trGEN,
trome, Current ENSEMBL peptides for all species, Microbial complete proteomes, RefSeq Release, RefSeq weekly updates, PATTINPROT - Query Sequence Pattern Search - Pole Bio-Informatique Lyonnaise (France), Pratt2.1 - Pattern Discovery Tool, Pratt - U Helsinki (Finland), Pratt - Pasteur Inst (France), Pratt - Inst Informatik-U Bergensis (Norway), Pratt - EBI (UK). trome, peptydy Aktualna ENSEMBL dla wszystkich gatunków bakterii pełną proteomes, RefSeq wydania, RefSeq tygodniowe aktualizacje, PATTINPROT - Query sekwencji Pattern Szukaj - Polak Bio-Lyonnaise Informatique (Francja), Pratt2.1 - Pattern Discovery Tool, Pratt - U Helsinki (Finlandia ), Pratt - Instytut Pasteura (Francja), Pratt - Inst Informatik-U Bergensis (Norwegia), Pratt - EBI (UK).

PROSITE - Profile Motifs Searches of ProSite Database. PROSITE - Profil Motywy wyszukiwań ProSite z bazy danych.

PROSITE Search - Genestream - IGH Montpellier (France). PROSITE Szukaj - Genestream - wewnętrzne Montpellier (Francja).

ScanProsite - Scan a Protein Sequence against the PROSITE DB - ExPASy (Switzerland). ScanProsite - Scan sekwencji białka przed PROSITE DB - ExPASy (Szwajcaria).

Plant Protein Motif Databases: Plant Protein Motif Bazy danych:

PlantP PlantP

PHYTOPROT The general procedure behind PHYTOPROT consists in performing an "all-by-all" comparison of (putative) protein sequences with the BIOFACET software, building clusters of sequences (Mohseni-Zadeh et al., Recomb 2003) based on their similarity and finally displaying à la Prodom the domains shared by the sequences in each cluster PHYTOPROT Ogólne procedury za PHYTOPROT polega na wykonywaniu "wszystkich przez wszystkich" porównanie (domniemane) z sekwencji białka BIOFACET oprogramowania, budowanie klastrów sekwencji (Mohseni-Zadeh et al., Recomb 2003) w oparciu o ich podobieństwo i wreszcie wyświetlaj à la Prodom dziedzin udostępnionego przez sekwencje w każdym klastrze

Integr8 Arabidopsis Thalania Provides information about protein using keyword search. Integr8 Arabidopsis Thalania dostarcza informacji na temat białka wyszukiwania za pomocą słów kluczowych. Contains Domain information within the search. Zawiera informacje w obrębie domeny wyszukiwania.

Pfam Arabidopsis Protein Families Pfam Arabidopsis białka Rodziny

Parasite Protein Motif Databases: Pasożyt białka Motif Bazy danych:

Parasite Motif Search Parasite Motif Database. Pasożyt Motif Szukaj Pasożyt Motif bazy danych. Databases of: All Leishmania, Leishmania major Friedlin, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, All Crithidia, All kinetoplastids, Plasmodium falciparum, All Plasmodium, Toxoplasma gondii, All Apicomplexa, All Schistosoma, All Filarioidea. Bazy danych: Wszystkie Leishmania, Leishmania major Friedlin, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, Wszystkie Crithidia, Wszystkie kinetoplastids, Zarodziec sierpowy, Wszystkie Zarodziec, Toxoplasma gondii, Wszystkie Apicomplexa, Wszystkie Schistosoma, Wszystkie Filarioidea.

Other Species Protein Motif Databases: Inne gatunki białka Motif Bazy danych:

Other Species at Integr8 Inne gatunki w Integr8

Pfam other species Pfam innych gatunków